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4wbe

Crystal structure of the HR-1 domain of human caprin-1 in the C121 space group

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caprin-1

Homo sapiens

UniProt Q14444

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 132–251 片段：unp residues 132-251 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG750MME, 0.1 M Tris, 0.1 M potassium fluoride, 10% glycerol 分辨率 2.05 Å R-free 0.231
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 132–251 链 C； UniProt 132–251 片段：unp residues 132-251 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG750MME, 0.1 M Tris, 0.1 M potassium fluoride, 10% glycerol 分辨率 2.05 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4WBE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4WBP Crystal structure of the HR-1 domain of human caprin-1 in the P3121 space group 提交 2014-09-03 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 132–251（120 aa） 片段：unp residues 132-251
链 B 132–251（120 aa） 片段：unp residues 132-251
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；12% PEG600, 0.1 M Tris, 0.1 M Calcium acetate, 10% glycerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
6TA7 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN G3BP1-NTF2 IN COMPLEX WITH HUMAN CAPRIN1-DERIVED SOLOMON MOTIF 提交 2019-10-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 356–386（31 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris 8.0, 20% w/v PEG 4000 of the Proplex crystallization screen (Molecular Dimensions)
分辨率 1.93 Å R-free 0.252
6TA7 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN G3BP1-NTF2 IN COMPLEX WITH HUMAN CAPRIN1-DERIVED SOLOMON MOTIF 提交 2019-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 356–386（31 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris 8.0, 20% w/v PEG 4000 of the Proplex crystallization screen (Molecular Dimensions)
分辨率 1.93 Å R-free 0.252
8TH7 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the Caprin1 peptide 提交 2023-07-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 360–381（22 aa）
链 D 360–381（22 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1.8M tri-ammonium citrate pH 7.0
分辨率 2.88 Å R-free 0.277
9HFU Caprin1 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 426–442（17 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.204
9HFU Caprin1 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 426–442（17 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.204

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAPR1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–120； UniProt 132–251 作者链 B； PDB构建体 1–120； UniProt 132–251 作者链 C； PDB构建体 1–120； UniProt 132–251

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4wbe

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4wbe
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4wbe
沉积日期 deposition_date2014-09-03
结构标题 titleCrystal structure of the HR-1 domain of human caprin-1 in the C121 space group
关键词 keywordsall alpha helical, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.44 Å
零角强度 I(0) i031100100.00
分子量 molecular_weight42443.0 kDa
排除体积 excluded_volume53066 ų
包络体积 envelope_volume71719 ų
水化壳体积 shell_volume24736 ų
包络直径 envelope_diameter90.5 Å
壳层 Rg shell_rg31.37 Å
包络 Rg envelope_rg25.26 Å
形状 Rg shape_rg25.40 Å
总 Rg total_rg26.28 Å
总原子数 total_atoms2989
残基数 n_residues359
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.0 Å
Rg (实空间) rg_real26.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8851
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.2 Å
偏度 Skewness skewness0.384
峰度 Kurtosis kurtosis-0.281
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha3524000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)