SAXSdb — 4wc6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly A polymerase

Aquifex aeolicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	RNA (75-mer) × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O66728_AQUAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–383； UniProt 443–824

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4wc6
沉积日期 deposition_date	2014-09-04
结构标题 title	Structure of tRNA-processing enzyme complex 4
关键词 keywords	RNA Nucleotidyltransferase, CCA-adding enzyme, A-adding enzyme, TRANSFERASE-RNA complex; TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4wc6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4wc6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4wc6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.16 Å
Rg（电子密度）	30.88 Å
总 Rg	31.35 Å
原子数	4678
残基数	442
排除体积	78432 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4wc6__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Poly A polymerase
分子量 formula_weight	46550.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4678

MVGQIAKEMGLRAYIVGGVVRDILLGKEVWDVDFVVEGNAIELAKELARRHGVNVHPFPEFGTAHLKIGKLKLEFATARRETYPRPGAYPKVEPASLKEDLIRRDFTINAMAISVNLEDYGTLIDYFGGLRDLKDKVIRVLHPVSFIEDPVRILRALRFAGRLNFKLSRSTEKLLKQAVNLGLLKEAPRGRLINEIKLALREDRFLEILELYRKYRVLEEIIEGFQWNEKVLQKLYALRKVVDWHALEFSEERIDYGWLYLLILISNLDYERGKHFLEEMSAPSWVRETYKFMKFKLGSLKEELKKAKENYEVYRLLKPLHTSVLLLLMLEEELKEKIKLYLEKLRKVKLPKEKIEELKKQGLKGKELGERIEELKREIMNKIKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA (75-mer)
分子量 formula_weight	24155.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GGCCAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACUGGACUGAAAAUCCAGGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCCCCUGGCCACC

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4wc6A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	4wc6A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3090 — cca-adding enzyme, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — cca-adding enzyme, domain 2

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晶胞边长 a length_a	59.220 Å
晶胞边长 b length_b	111.740 Å
晶胞边长 c length_c	127.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.410 Å
最低分辨率 resolution_low	19.872 Å
R 因子 r_factor	0.2700
R_work r_work	0.2670
R_free r_free	0.3273

Structure of tRNA-processing enzyme complex 4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly A polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wc6__assembly_1__model_1

4wc6__assembly_1__model_1 | I(q)

4wc6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of tRNA-processing enzyme complex 4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly A polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wc6__assembly_1__model_1

4wc6__assembly_1__model_1 | I(q)

4wc6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)