SAXSdb — 4wfd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome complex exonuclease RRP6

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） ATP-dependent RNA helicase DOB1 × 1 （P47047） YTTRIUM (III) ION × 8 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） ATP-dependent RNA helicase DOB1 × 1 （P47047） YTTRIUM (III) ION × 7 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） ATP-dependent RNA helicase DOB1 × 1 （P47047） YTTRIUM (III) ION × 7 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRP6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–115； UniProt 1–111 作者链 D； PDB构建体 5–115； UniProt 1–111 作者链 G； PDB构建体 5–115； UniProt 1–111

Exosome complex protein LRP1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38801

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） ATP-dependent RNA helicase DOB1 × 1 （P47047） YTTRIUM (III) ION × 8 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） ATP-dependent RNA helicase DOB1 × 1 （P47047） YTTRIUM (III) ION × 7 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） ATP-dependent RNA helicase DOB1 × 1 （P47047） YTTRIUM (III) ION × 7 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LRP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 E； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 H； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

ATP-dependent RNA helicase DOB1

物种未注明

UniProt P47047

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） YTTRIUM (III) ION × 8 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） YTTRIUM (III) ION × 7 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） YTTRIUM (III) ION × 7 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTR4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–19； UniProt 1–19 作者链 F； PDB构建体 1–19； UniProt 1–19 作者链 I； PDB构建体 1–19； UniProt 1–19

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4wfd
沉积日期 deposition_date	2014-09-14
结构标题 title	Structure of the Rrp6-Rrp47-Mtr4 interaction
关键词 keywords	Rrp6-Rrp47 complex, nuclear exosome, RNA degradation, RNA processing, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4wfd__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4wfd__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4wfd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.72 Å
Rg（电子密度）	18.55 Å
总 Rg	19.46 Å
原子数	1531
残基数	194
排除体积	27600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4wfd__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4wfd__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4wfd__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease RRP6
分子量 formula_weight	12862.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	4711

GPDSMTSENPDVLLSRVINVVRAASSLASQDVDFYKNLDRGFSKDLKSKADKLADMANEIILSIDEHHESFELKEEDISDLWNNFGNIMDNLLEMSDHSLDKLNCAINSKSRGSD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Exosome complex protein LRP1
分子量 formula_weight	12023.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H

MEDIEKIKPYVRSFSKALDELKPEIEKLTSKSLDEQLLLLSDERAKLELINRYAYVLSSLMFANMKVLGVKDMSPILGELKRVKSYMDKAKQYDNRITKSNEK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase DOB1
分子量 formula_weight	2314.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

MDSTDLFDVFEETPVELPTK

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	YTTRIUM (III) ION
分子量 formula_weight	88.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	129

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晶胞边长 a length_a	142.745 Å
晶胞边长 b length_b	142.745 Å
晶胞边长 c length_c	63.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 3 1 2
空间群编号 int_tables_number	149
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	47.420 Å
R 因子 r_factor	0.2028
R_work r_work	0.2007
R_free r_free	0.2426

Structure of the Rrp6-Rrp47-Mtr4 interaction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome complex exonuclease RRP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome complex protein LRP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATP-dependent RNA helicase DOB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wfd__assembly_2__model_1

4wfd__assembly_2__model_1 | I(q)

4wfd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Structure of the Rrp6-Rrp47-Mtr4 interaction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome complex exonuclease RRP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex protein LRP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP-dependent RNA helicase DOB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wfd__assembly_2__model_1

4wfd__assembly_2__model_1 | I(q)

4wfd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)