4wg2

P411BM3-CIS T438S I263F regioselective C-H amination catalyst

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 120.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase

Bacillus megaterium

UniProt P14779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–464 链 B; UniProt 2–464 链 C; UniProt 2–464 突变:V78A, F87V, P142S, T175I, A184V, S226R, H236Q, E252G, I263F, T268A, A290V, L353V, I366V, C400S, T438S, E442K SO4 SULFATE ION × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.1 M Tris/HCl pH = 7, 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate 12 mg/ml protein 分辨率 2.66 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 168 个其他 PDB 条目、311 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXB_BACME
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464 作者链 B; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464 作者链 C; PDB构建体 1–463; UniProt 2–464

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4wg2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4wg2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4wg2
沉积日期 deposition_date2014-09-17
结构标题 titleP411BM3-CIS T438S I263F regioselective C-H amination catalyst
关键词 keywordsP411BM3-CIS, engineering, catalysis, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.32
零角强度 I(0) i0348935000.00
分子量 molecular_weight154310.0 kDa
排除体积 excluded_volume193590 ų
包络体积 envelope_volume254400 ų
水化壳体积 shell_volume54208 ų
包络直径 envelope_diameter122.9
壳层 Rg shell_rg45.09
包络 Rg envelope_rg38.40
形状 Rg shape_rg39.31
总 Rg total_rg39.70
总原子数 total_atoms10881
残基数 n_residues1372
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.7
Rg (实空间) rg_real39.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80
I(0) (实空间) i0_real3.4890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.86
I(0) (倒空间) i0_reciprocal349000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8412
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.3
偏度 Skewness skewness0.111
峰度 Kurtosis kurtosis-0.742
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha60050000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.977; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4wg2a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd4wg2a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4wg2b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd4wg2c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4wg2A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4wg2B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4wg2C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)