SAXSdb — 4whv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 × 2 （O76064） Polyubiquitin-B × 2 （P0CG47） ZINC ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 × 2 （O76064） Polyubiquitin-B × 2 （P0CG47） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBE2N_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 9–160； UniProt 1–152 作者链 E； PDB构建体 9–160； UniProt 1–152 作者链 H； PDB构建体 9–160； UniProt 1–152 作者链 K； PDB构建体 9–160； UniProt 1–152

E3 ubiquitin-protein ligase RNF8

Homo sapiens

UniProt O76064

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 2 （P61088） Polyubiquitin-B × 2 （P0CG47） ZINC ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 2 （P61088） Polyubiquitin-B × 2 （P0CG47） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNF8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 9–149； UniProt 345–485 作者链 D； PDB构建体 9–149； UniProt 345–485 作者链 I； PDB构建体 9–149； UniProt 345–485 作者链 J； PDB构建体 9–149； UniProt 345–485

Polyubiquitin-B

Homo sapiens

UniProt P0CG47

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 2 （P61088） E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 × 2 （O76064） ZINC ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 2 （P61088） E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 × 2 （O76064） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76 作者链 F； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76 作者链 G； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76 作者链 L； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4whv
沉积日期 deposition_date	2014-09-23
结构标题 title	E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 in complex with Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N and Polyubiquitin-B
关键词 keywords	E3 ligase, E2 conjugating enzyme, ubiquitination, coiled coil, ligase-protein binding complex; ligase/protein binding
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4whv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4whv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4whv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.44 Å
Rg（电子密度）	35.39 Å
总 Rg	35.00 Å
原子数	4992
残基数	711
排除体积	88546 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4whv__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4whv__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
分子量 formula_weight	17968.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19
突变 mutation	C87K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K
原子数 atom_count	9620

GPLGSPEFMAGLPRRIIKETQRLLAEPVPGIKAEPDESNARYFHVVIAGPQDSPFEGGTFKLELFLPEEYPMAAPKVRFMTKIYHPNVDKLGRIKLDILKDKWSPALQIRTVLLSIQALLSAPNPDDPLANDVAEQWKTNEAQAIETARAWTRLYAMNNI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RNF8
分子量 formula_weight	17646.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,I,J

GPLGSPEFQEHWALMEELNRSKKDFEAIIQAKNKELEQTKEEKEKMQAQKEEVLSHMNDVLENELQCIICSEYFIEAVTLNCAHSFCSYCINEWMKRKIECPICRKDIKSKTYSLVLDNCINKMVNNLSSEVKERRIVLIRERKAKRLF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	9291.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,G,L

GPGYQDPMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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晶胞边长 a length_a	341.379 Å
晶胞边长 b length_b	341.379 Å
晶胞边长 c length_c	113.447 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	8.300 Å
最低分辨率 resolution_low	49.274 Å
R 因子 r_factor	0.3298
R_work r_work	0.3293
R_free r_free	0.3374

E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 in complex with Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N and Polyubiquitin-B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E3 ubiquitin-protein ligase RNF8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4whv__assembly_1__model_1

4whv__assembly_1__model_1 | I(q)

4whv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 in complex with Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N and Polyubiquitin-B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RNF8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4whv__assembly_1__model_1

4whv__assembly_1__model_1 | I(q)

4whv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)