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4wlz

Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese and UDP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xyloside xylosyltransferase 1

Mus musculus

UniProt Q3U4G3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 87–392 未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20 mM HEPES, 1.5 M Li2SO4 分辨率 3.03 Å R-free 0.288
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 87–392 未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20 mM HEPES, 1.5 M Li2SO4 分辨率 3.03 Å R-free 0.288
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 87–392 链 B； UniProt 87–392 未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20 mM HEPES, 1.5 M Li2SO4 分辨率 3.03 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4WLZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4WLG crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1, apo form 提交 2014-10-07 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20 mM HEPES, 1.5 M Li2SO4
分辨率 3.00 Å R-free 0.276
4WLG crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1, apo form 提交 2014-10-07 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20 mM HEPES, 1.5 M Li2SO4
分辨率 3.00 Å R-free 0.276
4WLG crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1, apo form 提交 2014-10-07 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
链 B 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20 mM HEPES, 1.5 M Li2SO4
分辨率 3.00 Å R-free 0.276
4WLM Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese 提交 2014-10-07 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20 mM HEPES, 1.5 M Li2SO4
分辨率 3.00 Å R-free 0.287
4WLM Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese 提交 2014-10-07 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20 mM HEPES, 1.5 M Li2SO4
分辨率 3.00 Å R-free 0.287
4WLM Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese 提交 2014-10-07 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
链 B 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20 mM HEPES, 1.5 M Li2SO4
分辨率 3.00 Å R-free 0.287
4WM0 Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with acceptor ligand 提交 2014-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350
分辨率 2.37 Å R-free 0.233
4WMA Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese,acceptor ligand and UDP-Glucose 提交 2014-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350
分辨率 1.62 Å R-free 0.243
4WMB crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, acceptor ligand and UDP 提交 2014-10-08 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.235
4WMI Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, product ligand and UDP (Product complex I) 提交 2014-10-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350
分辨率 1.87 Å R-free 0.226
4WMK Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, product ligand and UDP (Product complex II) 提交 2014-10-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350
分辨率 2.08 Å R-free 0.246
4WN2 Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese, product ligand and UDP (Product complex III) 提交 2014-10-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, and 21% PEG3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.239
4WNH Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese,acceptor ligand and UDP-Xylose 提交 2014-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 87–392（306 aa） 片段：unp residues 87-392
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 UDX URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.224

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XXLT1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–306； UniProt 87–392 作者链 B； PDB构建体 1–306； UniProt 87–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4wlz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4wlz
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4wlz
沉积日期 deposition_date2014-10-08
结构标题 titleCrystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese and UDP
关键词 keywordsglycosyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.78 Å
零角强度 I(0) i073517800.00
分子量 molecular_weight68218.0 kDa
排除体积 excluded_volume85593 ų
包络体积 envelope_volume104460 ų
水化壳体积 shell_volume31722 ų
包络直径 envelope_diameter98.8 Å
壳层 Rg shell_rg34.77 Å
包络 Rg envelope_rg27.88 Å
形状 Rg shape_rg27.75 Å
总 Rg total_rg28.57 Å
总原子数 total_atoms4804
残基数 n_residues576
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.6 Å
Rg (实空间) rg_real28.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real7.3520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal73520000.0000
解质量估计 total_estimate0.8726
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.0 Å
偏度 Skewness skewness0.416
峰度 Kurtosis kurtosis-0.337
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18680000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.921
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)