4wnh

Crystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese,acceptor ligand and UDP-Xylose

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xyloside xylosyltransferase 1

Mus musculus

UniProt Q3U4G3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 87–392 片段:unp residues 87-392 Coagulation factor IX × 1 (P00740) alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 UDX URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350 分辨率 1.95 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XXLT1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–306; UniProt 87–392

Coagulation factor IX

Homo sapiens

UniProt P00740

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 92–130 片段:unp residues 92-130 Xyloside xylosyltransferase 1 × 1 (Q3U4G3) alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 UDX URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 21% PEG3350 分辨率 1.95 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA9_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 4–42; UniProt 92–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4wnh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4wnh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4wnh
沉积日期 deposition_date2014-10-11
结构标题 titleCrystal structure of mouse Xyloside xylosyltransferase 1 complexed with manganese,acceptor ligand and UDP-Xylose
关键词 keywordsglycolsyltransferase, transferase-protein binding complex; transferase/protein binding
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.68
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.69
零角强度 I(0) i026205600.00
分子量 molecular_weight39170.0 kDa
排除体积 excluded_volume48900 ų
包络体积 envelope_volume56451 ų
水化壳体积 shell_volume23222 ų
包络直径 envelope_diameter71.2
壳层 Rg shell_rg26.93
包络 Rg envelope_rg20.16
形状 Rg shape_rg19.72
总 Rg total_rg20.54
总原子数 total_atoms2753
残基数 n_residues333
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.1
Rg (实空间) rg_real20.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real2.6210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.60
I(0) (倒空间) i0_reciprocal26210000.0000
解质量估计 total_estimate0.7905
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.4
偏度 Skewness skewness0.237
峰度 Kurtosis kurtosis-0.284
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6299000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4wnhd_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)