SAXSdb — 4wnl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SWI5-dependent HO expression protein 2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	SWI5-dependent HO expression protein 3 × 2 （B5VE90） GLYCEROL × 2 SULFATE ION × 2 ISOPROPYL ALCOHOL × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	SWI5-dependent HO expression protein 3 × 2 （B5VE90） GLYCEROL × 4 SULFATE ION × 2 ISOPROPYL ALCOHOL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHE2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–234； UniProt 6–239 作者链 B； PDB构建体 1–234； UniProt 6–239 作者链 C； PDB构建体 1–234； UniProt 6–239 作者链 D； PDB构建体 1–234； UniProt 6–239

SWI5-dependent HO expression protein 3

物种未注明

UniProt B5VE90

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	SWI5-dependent HO expression protein 2 × 2 （P36068） GLYCEROL × 2 SULFATE ION × 2 ISOPROPYL ALCOHOL × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	SWI5-dependent HO expression protein 2 × 2 （P36068） GLYCEROL × 4 SULFATE ION × 2 ISOPROPYL ALCOHOL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHE3_YEAS6
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–33； UniProt 342–374 作者链 F； PDB构建体 1–33； UniProt 342–374 作者链 G； PDB构建体 1–33； UniProt 342–374 作者链 H； PDB构建体 1–33； UniProt 342–374

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4wnl
沉积日期 deposition_date	2014-10-13
结构标题 title	The X-ray structure of a RNA-binding protein complex
关键词 keywords	RNA-binding, mRNA transport, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4wnl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4wnl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4wnl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.69 Å
Rg（电子密度）	28.78 Å
总 Rg	29.51 Å
原子数	3837
残基数	474
排除体积	68972 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4wnl__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4wnl__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SWI5-dependent HO expression protein 2
分子量 formula_weight	26721.2 kDa
突变 mutation	C14S, C68S, C180S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,B,D
原子数 atom_count	7576

DIKVTPGTSELVEQILALLSRYLSSYIHVLNKFISHLRRVATLRFERTTLIKFVKKLRFYNDSVLSYNASEFINEGKNELDPGADSFDKVILPIASMFVKCVETFDLLNYYLTQSLQKEILSKTLNEDLTLTAESILAIDDTYNHFVKFSQWMIESLRIGSNLLDLEVVQFAIKSADEDGTNIGETDNIFLQEILPVNSEEEFQTLSAAWHSILDGKLGALDEEFDVVATKWHD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SWI5-dependent HO expression protein 3
分子量 formula_weight	3423.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

RSFYTASPLLSSGSIPKSASPVLPGVKRTASVR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4wnlA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — She2 domain

结构域编号 domain_id	4wnlB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — She2 domain

结构域编号 domain_id	4wnlC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — She2 domain

结构域编号 domain_id	4wnlD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — She2 domain

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晶胞边长 a length_a	175.620 Å
晶胞边长 b length_b	64.670 Å
晶胞边长 c length_c	116.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	59.692 Å
R 因子 r_factor	0.2143
R_work r_work	0.2123
R_free r_free	0.2543

The X-ray structure of a RNA-binding protein complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SWI5-dependent HO expression protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SWI5-dependent HO expression protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wnl__assembly_1__model_1

4wnl__assembly_1__model_1 | I(q)

4wnl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

The X-ray structure of a RNA-binding protein complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SWI5-dependent HO expression protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SWI5-dependent HO expression protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wnl__assembly_1__model_1

4wnl__assembly_1__model_1 | I(q)

4wnl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)