SAXSdb — 4wol

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYRO protein tyrosine kinase-binding protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 35–67 链 B； UniProt 35–67 链 C； UniProt 35–67	片段：UNP residues 35-67 突变：M21V	K POTASSIUM ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；12.4% w/v PEG 3350, 0.149 M potassium thiocyanate	分辨率 1.77 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4WOL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L34 Structure of the DAP12 transmembrane homodimer 提交 2010-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 35–67（33 aa）片段：UNP RESIDUES 35-67 链 B 35–67（33 aa）片段：UNP RESIDUES 35-67	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.5 (dimer) mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] DAP12 transmembrane peptide-1, 20 mM sodium phosphate-2, 25 mM SDS-3, 250 mM Foscholine-14-4, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 (dimer) mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DAP12 transmembrane peptide-5, 20 mM sodium phosphate-6, 25 mM [U-100% 2H] SDS-7, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-8, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 (monomer) mM [U-100% 15N; U-100% 2H] DAP12 transmembrane peptide-9, 0.5 (monomer) mM [U-100% 13C] DAP12 transmembrane peptide-10, 25 mM [U-100% 2H] SDS-11, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-12, 20 mM sodium phosphate-13, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 (dimer) mM [U-10% 13C] DAP12 transmembrane peptide-14, 25 mM [U-100% 2H] SDS-15, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-16, 20 mM sodium phosphate-17, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2L35 Structure of the DAP12-NKG2C transmembrane heterotrimer 提交 2010-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 35–67（33 aa）链 B 35–66（32 aa）片段：UNP RESIDUES 35-66	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] DAP12-NKG2C TM-1, 0.5-1 mM DAP12 TM-2, 25 mM SDS-3, 250 mM Foscholine-14-4, 20 mM sodium phosphate-5, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM DAP12-NKG2C TM-6, 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] DAP12 TM-7, 25 mM SDS-8, 250 mM Foscholine-14-9, 20 mM sodium phosphate-10, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DAP12-NKG2C TM-11, 0.5-1 mM DAP12 TM-12, 25 mM [U-100% 2H] SDS-13, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-14, 20 mM sodium phosphate-15, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM DAP12-NKG2C TM-16, 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DAP12 TM-17, 25 mM [U-100% 2H] SDS-18, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-19, 20 mM sodium phosphate-20, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 15N; U-100% 2H] DAP12-NKG2C TM-21, 0.5-1 mM [U-10% 13C] DAP12 TM-22, 25 mM [U-100% 2H] SDS-23, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-24, 20 mM sodium phosphate-25, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM [U-10% 13C] DAP12-NKG2C TM-26, 0.5-1 mM [U-100% 15N; U-90% 2H] DAP12 TM-27, 25 mM [U-100% 2H] SDS-28, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-29, 20 mM sodium phosphate-30, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
4WO1 Crystal structure of the DAP12 transmembrane domain in lipid cubic phase 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 35–67（33 aa）片段：UNP residues 35-67 链 D 35–67（33 aa）片段：UNP residues 35-67	突变：M21V 突变：M21V	CA CALCIUM ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.07；293 K；0.1 M bis-tris propane chloride pH 6.07, 19.7 %w/v PEG 3350, 0.27 M calcium chloride	分辨率 2.14 Å R-free 0.296
4WO1 Crystal structure of the DAP12 transmembrane domain in lipid cubic phase 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 35–67（33 aa）片段：UNP residues 35-67 链 C 35–67（33 aa）片段：UNP residues 35-67	突变：M21V 突变：M21V	OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.07；293 K；0.1 M bis-tris propane chloride pH 6.07, 19.7 %w/v PEG 3350, 0.27 M calcium chloride	分辨率 2.14 Å R-free 0.296
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 JJJ 88–107（20 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME	分辨率 2.20 Å R-free 0.266
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 LLL 88–107（20 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME	分辨率 2.20 Å R-free 0.266
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 KKK 88–107（20 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME	分辨率 2.20 Å R-free 0.266
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 GGG 88–107（20 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME	分辨率 2.20 Å R-free 0.266
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 III 88–107（20 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME	分辨率 2.20 Å R-free 0.266
7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 HHH 88–107（20 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME	分辨率 2.20 Å R-free 0.266

共 4 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TYOBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–33； UniProt 35–67 作者链 B； PDB构建体 1–33； UniProt 35–67 作者链 C； PDB构建体 1–33； UniProt 35–67

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4wol
沉积日期 deposition_date	2014-10-16
结构标题 title	Crystal Structure of the DAP12 transmembrane domain in lipidic cubic phase
关键词 keywords	alpha-helix transmembrane signalling, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.97 Å
零角强度 I(0) i0	1446270.00
分子量 molecular_weight	10905.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15014 Å³
包络体积 envelope_volume	16422 Å³
水化壳体积 shell_volume	10099 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.4 Å
壳层 Rg shell_rg	19.57 Å
包络 Rg envelope_rg	15.50 Å
形状 Rg shape_rg	14.93 Å
总 Rg total_rg	16.48 Å
总原子数 total_atoms	766
残基数 n_residues	94
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	45.2 Å
Rg (实空间) rg_real	15.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3850e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3680e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1446000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6551
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	15.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.399
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.498
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	5.9690
最高正则化参数 α highest_alpha	166600.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 0.979; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TYRO protein tyrosine kinase-binding protein
分子量 formula_weight	3331.0 kDa
突变 mutation	M21V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	802

CSTVSPGVLAGIVVGDLVLTVLIALAVYFLGRL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	20.775 Å
晶胞边长 b length_b	35.709 Å
晶胞边长 c length_c	101.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.770 Å
最低分辨率 resolution_low	33.669 Å
R 因子 r_factor	0.1873
R_work r_work	0.1833
R_free r_free	0.2228

fit	/app/data/saxs_computation/wo/4wol/4wol.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wo/4wol/4wol.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wo/4wol/4wol.dat

Crystal Structure of the DAP12 transmembrane domain in lipidic cubic phase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYRO protein tyrosine kinase-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction