4wr8

Macrophage Migration Inhibitory Factor in complex with a biaryltriazole inhibitor (3b-180)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 167.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Macrophage migration inhibitory factor

Homo sapiens

UniProt P14174

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–115 链 B; UniProt 2–115 链 C; UniProt 2–115 未记录 SO4 SULFATE ION × 9 3TX 4-[4-(quinolin-2-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293.15 K;2.0M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 7, 3% isopropanol 分辨率 2.60 Å R-free 0.280
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–115 链 E; UniProt 2–115 链 F; UniProt 2–115 未记录 SO4 SULFATE ION × 9 3TX 4-[4-(quinolin-2-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]phenol × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293.15 K;2.0M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 7, 3% isopropanol 分辨率 2.60 Å R-free 0.280
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 2–115 链 H; UniProt 2–115 链 I; UniProt 2–115 未记录 SO4 SULFATE ION × 9 3TX 4-[4-(quinolin-2-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]phenol × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293.15 K;2.0M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 7, 3% isopropanol 分辨率 2.60 Å R-free 0.280
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 2–115 链 K; UniProt 2–115 链 L; UniProt 2–115 未记录 SO4 SULFATE ION × 9 3TX 4-[4-(quinolin-2-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]phenol × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293.15 K;2.0M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 7, 3% isopropanol 分辨率 2.60 Å R-free 0.280
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 2–115 链 N; UniProt 2–115 链 O; UniProt 2–115 未记录 SO4 SULFATE ION × 8 3TX 4-[4-(quinolin-2-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293.15 K;2.0M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 7, 3% isopropanol 分辨率 2.60 Å R-free 0.280
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 2–115 链 Q; UniProt 2–115 链 R; UniProt 2–115 未记录 SO4 SULFATE ION × 9 3TX 4-[4-(quinolin-2-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293.15 K;2.0M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 7, 3% isopropanol 分辨率 2.60 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 117 个其他 PDB 条目、127 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MIF_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 B; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 C; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 D; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 E; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 F; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 G; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 H; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 I; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 J; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 K; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 L; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 M; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 N; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 O; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 P; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 Q; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 R; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4wr8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4wr8
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4wr8
沉积日期 deposition_date2014-10-23
结构标题 titleMacrophage Migration Inhibitory Factor in complex with a biaryltriazole inhibitor (3b-180)
关键词 keywordsCD74 binding, tautomerase, inhibitor, complex, ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex; ISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.88
零角强度 I(0) i0759365000.00
分子量 molecular_weight223440.0 kDa
排除体积 excluded_volume277340 ų
包络体积 envelope_volume367510 ų
水化壳体积 shell_volume65740 ų
包络直径 envelope_diameter179.9
壳层 Rg shell_rg49.21
包络 Rg envelope_rg48.19
形状 Rg shape_rg48.87
总 Rg total_rg48.93
总原子数 total_atoms15619
残基数 n_residues2052
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax167.7
Rg (实空间) rg_real49.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.15
I(0) (实空间) i0_real7.5940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6500e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal759000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8297
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary57.6
偏度 Skewness skewness0.528
峰度 Kurtosis kurtosis-0.120
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha46840000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.482

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_idd4wr8a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8d_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8e_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8f_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8g_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8h_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8i_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8j_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8k_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8l_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8m_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8n_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8o_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8p_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8q_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4wr8r_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id4wr8A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8E00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8F00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8G00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8H00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8I00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8J00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8K00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8L00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8M00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8N00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8O00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8P00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8Q00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4wr8R00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)