SAXSdb — 4wwc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HTH-type transcriptional repressor YvoA

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(PCPAPGPTPGPGPTPCPTPAPGPAPCPCPAPCPTPGP*G)-3') ; × 2 1,2-ETHANEDIOL × 7 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YVOA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–246； UniProt 1–243 作者链 B； PDB构建体 4–246； UniProt 1–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4wwc
沉积日期 deposition_date	2014-11-10
结构标题 title	Crystal structure of full length YvoA in complex with palindromic operator DNA
关键词 keywords	;Transcription, Repressor, Bacterial transcription regulation, Transcription factor, GntR/HutC family, Winged helix-turn-helix motif, N-acetylglucosamine utilization, DNA-binding, Operator-binding ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4wwc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4wwc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4wwc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.21 Å
Rg（电子密度）	26.92 Å
总 Rg	27.73 Å
原子数	4331
残基数	482
排除体积	74662 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4wwc__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HTH-type transcriptional repressor YvoA
分子量 formula_weight	27823.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4350

GSHMNINKQSPIPIYYQIMEQLKTQIKNGELQPDMPLPSEREYAEQFGISRMTVRQALSNLVNEGLLYRLKGRGTFVSKPKMEQALQGLTSFTEDMKSRGMTPGSRLIDYQLIDSTEELAAILGCGHPSSIHKITRVRLANDIPMAIESSHIPFELAGELNESHFQSSIYDHIERYNSIPISRAKQELEPSAATTEEANILGIQKGAPVLLIKRTTYLQNGTAFEHAKSVYRGDRYTFVHYMDRLS

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPAPGPTPGPGPTPCPTPAPGPAPCPCPAPCPTPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	5845.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

CAGTGGTCTAGACCACTGG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4wwcA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4wwcA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1410 — Chorismate lyase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chorismate lyase-like

结构域编号 domain_id	4wwcB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4wwcB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1410 — Chorismate lyase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chorismate lyase-like

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晶胞边长 a length_a	79.979 Å
晶胞边长 b length_b	79.979 Å
晶胞边长 c length_c	239.963 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.903 Å
最低分辨率 resolution_low	34.277 Å
R 因子 r_factor	0.2336
R_work r_work	0.2296
R_free r_free	0.2787

Crystal structure of full length YvoA in complex with palindromic operator DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HTH-type transcriptional repressor YvoA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wwc__assembly_1__model_1

4wwc__assembly_1__model_1 | I(q)

4wwc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of full length YvoA in complex with palindromic operator DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HTH-type transcriptional repressor YvoA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wwc__assembly_1__model_1

4wwc__assembly_1__model_1 | I(q)

4wwc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)