SAXSdb — 4x0p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase theta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(PCPGPGPCPTPGPTPCPAPTPTPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPGPTPTPGPAPAPTPGPAPCPAPGPCPCPGPCPG)-3') ; × 1 GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 1 ;2',3'-dideoxyadenosine triphosphate ; × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(PCPGPGPCPTPGPTPCPAPTPTPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPGPTPTPGPAPAPTPGPAPCPAPGPCPCPGPCPG)-3') ; × 1 GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 1 ;2',3'-dideoxyadenosine triphosphate ; × 1	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(PCPGPGPCPTPGPTPCPAPTPTPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPGPTPTPGPAPAPTPGPAPCPAPGPCPCPGPCPG)-3') ; × 1 GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 1 ;2',3'-dideoxyadenosine triphosphate ; × 1	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(PCPGPGPCPTPGPTPCPAPTPTPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPGPTPTPGPAPAPTPGPAPCPAPGPCPCPGPCPG)-3') ; × 1 GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 1 ;2',3'-dideoxyadenosine triphosphate ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLQ_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–799； UniProt 1792–2590 作者链 B； PDB构建体 1–799； UniProt 1792–2590 作者链 C； PDB构建体 1–799； UniProt 1792–2590 作者链 D； PDB构建体 1–799； UniProt 1792–2590

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4x0p
沉积日期 deposition_date	2014-11-21
结构标题 title	Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog
关键词 keywords	DNA Polymerase Alternative End-joining Translesion DNA Synthesis Cancer, Transferase-DNA complex; Transferase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4x0p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4x0p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4x0p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.29 Å
Rg（电子密度）	27.66 Å
总 Rg	28.43 Å
原子数	5589
残基数	655
排除体积	97998 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4x0p__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4x0p__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4x0p__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4x0p__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase theta
分子量 formula_weight	89585.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	22448

GFKDNSPISDTSFSLQLSQDGLQLTPASSSSESLSIIDVASDQNLFQTFIKEWRCKKRFSISLACEKIRSLTSSKTATIGSRFKQASSPQEIPIRDDGFPIKGCDDTLVVGLAVCWGGRDAYYFSLQKEQKHSEISASLVPPSLDPSLTLKDRMWYLQSCLRKESDKECSVVIYDFIQSYKILLLSCGISLEQSYEDPKVACWLLDPDSQEPTLHSIVTSFLPHELPLLEGMETSQGIQSLGLNAGSEHSGRYRASVESILIFNSMNQLNSLLQKENLQDVFRKVEMPSQYCLALLELNGIGFSTAECESQKHIMQAKLDAIETQAYQLAGHSFSFTSSDDIAEVLFLELKLPPNREMKNQGSKKTLGSTRRGIDNGRKLRLGRQFSTSKDVLNKLKALHPLPGLILEWRRITNAITKVVFPLQREKCLNPFLGMERIYPVSQSHTATGRITFTEPNIQNVPRDFEIKMPTLVGESPPSQAVGKGLLPMGRGKYKKGFSVNPRCQAQMEERAADRGMPFSISMRHAFVPFPGGSILAADYSQLELRILAHLSHDRRLIQVLNTGADVFRSIAAEWKMIEPESVGDDLRQQAKQICYGIIYGMGAKSLGEQMGIKENDAACYIDSFKSRYTGINQFMTETVKNCKRDGFVQTILGRRRYLPGIKDNNPYRKAHAERQAINTIVQGSAADIVKIATVNIQKQLETFHSTFKSHGHREGMLQSDQTGLSRKRKLQGMFCPIRGGFFILQLHDELLYEVAEEDVVQVAQIVKNEMESAVKLSVKLKVKVKIGASWGELKDFDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPGPCPTPGPTPCPAPTPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	3958.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H,J,L

GCGGCTGTCATTC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPTPTPGPAPAPTPGPAPCPAPGPCPCPGPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5541.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G,I,K

CGTTGAATGACAGCCGCG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;2',3'-dideoxyadenosine triphosphate ;
分子量 formula_weight	475.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4x0pA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	4x0pA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	4x0pB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	4x0pB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	4x0pC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	4x0pC04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	4x0pD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	4x0pD04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

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晶胞边长 a length_a	126.921 Å
晶胞边长 b length_b	136.971 Å
晶胞边长 c length_c	247.991 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.911 Å
最低分辨率 resolution_low	29.994 Å
R 因子 r_factor	0.2438
R_work r_work	0.2407
R_free r_free	0.3016

Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase theta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4x0p__assembly_1__model_1

4x0p__assembly_1__model_1 | I(q)

4x0p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase theta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4x0p__assembly_1__model_1

4x0p__assembly_1__model_1 | I(q)

4x0p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)