4x2t

X-ray crystal structure of the orally available aminopeptidase inhibitor, Tosedostat, bound to the M17 Leucyl Aminopeptidase from P. falciparum

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 209.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M17 leucyl aminopeptidase

Plasmodium falciparum (isolate 3D7)

UniProt Q8IL11

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 85–603 链 B; UniProt 85–603 链 C; UniProt 85–603 链 D; UniProt 85–603 链 E; UniProt 85–603 链 F; UniProt 85–603 片段:UNP residues 85 to 603 突变:N152Q, N515Q, N545Q ZN ZINC ION × 12 TOD (2S)-({(2R)-2-[(1S)-1-hydroxy-2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-4-methylpentanoyl}amino)(phenyl)ethanoic acid × 5 CO3 CARBONATE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 8 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.6;298 K;35% (v/v) PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.6, 0.2 M Li2SO4 分辨率 2.73 Å R-free 0.274
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 85–603 链 H; UniProt 85–603 链 I; UniProt 85–603 链 J; UniProt 85–603 链 K; UniProt 85–603 链 L; UniProt 85–603 片段:UNP residues 85 to 603 突变:N152Q, N515Q, N545Q ZN ZINC ION × 12 TOD (2S)-({(2R)-2-[(1S)-1-hydroxy-2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-4-methylpentanoyl}amino)(phenyl)ethanoic acid × 6 CO3 CARBONATE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 5 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.6;298 K;35% (v/v) PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.6, 0.2 M Li2SO4 分辨率 2.73 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8IL11_PLAF7
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603 作者链 B; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603 作者链 C; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603 作者链 D; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603 作者链 E; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603 作者链 F; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603 作者链 G; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603 作者链 H; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603 作者链 I; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603 作者链 J; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603 作者链 K; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603 作者链 L; PDB构建体 1–519; UniProt 85–603

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4x2t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4x2t
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4x2t
沉积日期 deposition_date2014-11-27
结构标题 titleX-ray crystal structure of the orally available aminopeptidase inhibitor, Tosedostat, bound to the M17 Leucyl Aminopeptidase from P. falciparum
关键词 keywords;M17 LEUCYL-AMINOPEPTIDASE, PROTEASE, INHIBITOR, TOSEDOSTAT, ANTIMALARIAL, PLASMODIUM FALCIPARUM, Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex ;; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier70.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron70.65
零角强度 I(0) i05851810000.00
分子量 molecular_weight668770.0 kDa
排除体积 excluded_volume843330 ų
包络体积 envelope_volume1142400 ų
水化壳体积 shell_volume133670 ų
包络直径 envelope_diameter244.7
壳层 Rg shell_rg69.66
包络 Rg envelope_rg69.24
形状 Rg shape_rg70.68
总 Rg total_rg70.54
总原子数 total_atoms47021
残基数 n_residues6144
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax209.7
Rg (实空间) rg_real70.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.16
I(0) (实空间) i0_real5.8390e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0550e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal69.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5836000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8081
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary57.2
偏度 Skewness skewness0.399
峰度 Kurtosis kurtosis-0.690
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0145
最高正则化参数 α highest_alpha1956000000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.002

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id4x2tA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id4x2tB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id4x2tC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id4x2tD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id4x2tE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id4x2tF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id4x2tG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tG02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id4x2tH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tH02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id4x2tI01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tI02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id4x2tJ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tJ02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id4x2tK01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tK02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id4x2tL01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id4x2tL02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)