4x4p

Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix ending in CCAC

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCA-adding enzyme

Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	G70A tRNA minihelix ending in CCAC × 1 SULFATE ION × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	G70A tRNA minihelix ending in CCAC × 1 SULFATE ION × 1	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	G70A tRNA minihelix ending in CCAC × 1 SULFATE ION × 2	与全部聚合物一致
4	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	G70A tRNA minihelix ending in CCAC × 1 SULFATE ION × 2	与全部聚合物一致
5	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 2	G70A tRNA minihelix ending in CCAC × 2 SULFATE ION × 6	与全部聚合物一致
6	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 2	G70A tRNA minihelix ending in CCAC × 2 SULFATE ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCA_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437 作者链 C； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437 作者链 E； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437 作者链 G； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4x4p
沉积日期 deposition_date	2014-12-03
结构标题 title	Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix ending in CCAC
关键词 keywords	protein-RNA complex, tRNA, non-coding RNA, CCA-adding enzyme, nucleotidyltransferase, ncRNA, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4x4p__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4x4p__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4x4p__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.12 Å
Rg（电子密度）	27.89 Å
总 Rg	28.49 Å
原子数	8183
残基数	464
排除体积	73507 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4x4p__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4x4p__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4x4p__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4x4p__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4x4p__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`4x4p__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CCA-adding enzyme
分子量 formula_weight	53672.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.72
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	32633

MKVEEILEKALELVIPDEEEVRKGREAEEELRRRLDELGVEYVFVGSYARNTWLKGSLEIDVFLLFPEEFSKEELRERGLEIGKAVLDSYEIRYAEHPYVHGVVKGVEVDVVPCYKLKEPKNIKSAVDRTPFHHKWLEGRIKGKENEVRLLKGFLKANGIYGAEYKVRGFSGYLCELLIVFYGSFLETVKNARRWTRRTVIDVAKGEVRKGEEFFVVDPVDEKRNVAANLSLDNLARFVHLCREFMEAPSLGFFKPKHPLEIEPERLRKIVEERGTAVFAVKFRKPDIVDDNLYPQLERASRKIFEFLERENFMPLRSAFKASEEFCYLLFECQIKEISRVFRRMGPQFEDERNVKKFLSRNRAFRPFIENGRWWAFEMRKFTTPEEGVRSYASTHWHTLGKNVGESIREYFEIISGEKLFKEPVTAELCEMMGVKDSNSSSVDKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	G70A tRNA minihelix ending in CCAC
分子量 formula_weight	11562.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,D,F,H

GGCCGCGGCAGGUUCGAGUCCUGCCGCGAUCGCCAC

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4x4pA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4pA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4pA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain

结构域编号 domain_id	4x4pA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1550 — Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain

结构域编号 domain_id	4x4pC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4pC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4pC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain

结构域编号 domain_id	4x4pC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1550 — Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain

结构域编号 domain_id	4x4pE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4pE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4pE03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain

结构域编号 domain_id	4x4pE04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1550 — Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain

结构域编号 domain_id	4x4pG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4pG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4pG03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain

结构域编号 domain_id	4x4pG04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1550 — Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	58.108 Å
晶胞边长 b length_b	58.112 Å
晶胞边长 c length_c	217.806 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	85.20 °
晶胞夹角 β angle_beta	87.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.81 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.576 Å
R 因子 r_factor	0.2257
R_work r_work	0.2235
R_free r_free	0.2738

Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix ending in CCAC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCA-adding enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4x4p__assembly_2__model_1

4x4p__assembly_2__model_1 | I(q)

4x4p__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix ending in CCAC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCA-adding enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4x4p__assembly_2__model_1

4x4p__assembly_2__model_1 | I(q)

4x4p__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)