4x4r

Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix ending in CCACC and AMPcPP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCA-adding enzyme

Archaeoglobus fulgidus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	G70A tRNA minihelix ending in CCACC × 1 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GLYCEROL × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 2	G70A tRNA minihelix ending in CCACC × 1 ;RNA (5'-D(CPG)-3') ; × 1 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 1 D(-)-TARTARIC ACID × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCA_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437 作者链 C； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4x4r
沉积日期 deposition_date	2014-12-03
结构标题 title	Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix ending in CCACC and AMPcPP
关键词 keywords	protein-RNA complex, tRNA, non-coding RNA, CCA-adding enzyme, nucleotidyltransferase, ncRNA, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4x4r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4x4r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4x4r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.93 Å
Rg（电子密度）	27.71 Å
总 Rg	28.29 Å
原子数	8571
残基数	478
排除体积	76972 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4x4r__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4x4r__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CCA-adding enzyme
分子量 formula_weight	53672.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.72
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	16960

MKVEEILEKALELVIPDEEEVRKGREAEEELRRRLDELGVEYVFVGSYARNTWLKGSLEIDVFLLFPEEFSKEELRERGLEIGKAVLDSYEIRYAEHPYVHGVVKGVEVDVVPCYKLKEPKNIKSAVDRTPFHHKWLEGRIKGKENEVRLLKGFLKANGIYGAEYKVRGFSGYLCELLIVFYGSFLETVKNARRWTRRTVIDVAKGEVRKGEEFFVVDPVDEKRNVAANLSLDNLARFVHLCREFMEAPSLGFFKPKHPLEIEPERLRKIVEERGTAVFAVKFRKPDIVDDNLYPQLERASRKIFEFLERENFMPLRSAFKASEEFCYLLFECQIKEISRVFRRMGPQFEDERNVKKFLSRNRAFRPFIENGRWWAFEMRKFTTPEEGVRSYASTHWHTLGKNVGESIREYFEIISGEKLFKEPVTAELCEMMGVKDSNSSSVDKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	G70A tRNA minihelix ending in CCACC
分子量 formula_weight	11868.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,D

GGCCGCGGCAGGUUCGAGUCCUGCCGCGAUCGCCACC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-D(CPG)-3') ;
分子量 formula_weight	605.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	H

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	D(-)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4x4rA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4rA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4rA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain

结构域编号 domain_id	4x4rA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1550 — Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain

结构域编号 domain_id	4x4rC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4rC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	4x4rC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain

结构域编号 domain_id	4x4rC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1550 — Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	111.100 Å
晶胞边长 b length_b	217.368 Å
晶胞边长 c length_c	58.562 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.202 Å
最低分辨率 resolution_low	29.906 Å
R 因子 r_factor	0.2116
R_work r_work	0.2087
R_free r_free	0.2664

Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix ending in CCACC and AMPcPP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCA-adding enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4x4r__assembly_1__model_1

4x4r__assembly_1__model_1 | I(q)

4x4r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix ending in CCACC and AMPcPP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCA-adding enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4x4r__assembly_1__model_1

4x4r__assembly_1__model_1 | I(q)

4x4r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)