4xek

Pyk2-FAT domain in complex with leupaxin LD4 motif

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 63.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein-tyrosine kinase 2-beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 871–1005	片段：FAT domain (UNP residues 871-1005) 突变：C899S, C972A	19-mer peptide containing Leupaxin LD4 motif × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291.2 K；4 ul drop contained 2 ul protein/LD4 peptide mixture (20 mM MES, pH 6.2, 1 mM protein, and 2 mM peptide) and 2 ul well solution (100 mM Tris pH 9.0 and 45 % PEG 600)	分辨率 1.79 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4XEK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LK4 Structural and mechanistic insights into the interaction between PAT Pyk2 and Paxillin LD motif 提交 2011-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 871–1005（135 aa）片段：Focal adhesion targeting (FAT) region residues 871-1005	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；305 K；离子强度（mmCIF原始值）7；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3CC6 Crystal structure of kinase domain of protein tyrosine kinase 2 beta (PTK2B) 提交 2008-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–692（279 aa）片段：Kinase domain: Residues 414-692	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.05M Magnesium chloride, 0.1M Bis-tris, 17.5% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
3ET7 Crystal structure of PYK2 complexed with PF-2318841 提交 2008-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–692（277 aa）	未记录	349 5-{[4-{[2-(pyrrolidin-1-ylsulfonyl)benzyl]amino}-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino}-1,3-dihydro-2H-indol-2-one × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.70 Å R-free 0.328
3FZO Crystal Structure of PYK2-Apo, Proline-rich Tyrosine Kinase 提交 2009-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–692（277 aa）片段：UNP residues 416-692, Protein kinase domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M Bis-Tris, 0.2M MgCl2, 20-27% PEG3350, 1mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
3FZP Crystal structure of PYK2 complexed with ATPgS 提交 2009-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–692（277 aa）片段：UNP residues 416-692, Protein kinase domain	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Citrate, 0.5-1.5M Lithium Sulfate, 0.2-0.4M Ammonium Sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
3FZR Crystal structure of PYK2 complexed with PF-431396 提交 2009-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–692（277 aa）片段：UNP residues 416-692, Protein kinase domain	未记录	3JZ N-methyl-N-{2-[({2-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)amino]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl}amino)methyl]phenyl}methanesulfonamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；297 K；0.1M Bis-Tris, 0.2M MgCl2, 20-27% PEG3350, 1mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
3FZS Crystal Structure of PYK2 complexed with BIRB796 提交 2009-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–692（277 aa）片段：UNP residues 416-692, Protein kinase domain	未记录	B96 1-(5-TERT-BUTYL-2-P-TOLYL-2H-PYRAZOL-3-YL)-3-[4-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHOXY)-NAPHTHALEN-1-YL]-UREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris, 0.2M MgCls, 20-27% PEG3350, 1mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.75 Å R-free 0.224
3FZT Crystal structure of PYK2 complexed with PF-4618433 提交 2009-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–692（277 aa）片段：UNP residues 416-692, Protein kinase domain	未记录	4JZ 1-[5-tert-butyl-2-(4-methylphenyl)-1,2-dihydro-3H-pyrazol-3-ylidene]-3-{3-[(pyridin-3-yloxy)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris, 0.2M MgCl2, 20-27% PEG3350, 1mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.95 Å R-free 0.242
3GM1 Crystal Structure of the Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain of Pyk2 in Complex with Paxillin LD4 Motif-Derived Peptides 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 861–1009（149 aa）片段：Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain, UNP residues 861-1009	突变：C899A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；4.1 M NaCl, 100 mM HEPES, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.95 Å R-free 0.290
3GM1 Crystal Structure of the Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain of Pyk2 in Complex with Paxillin LD4 Motif-Derived Peptides 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 861–1009（149 aa）片段：Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain, UNP residues 861-1009	突变：C899A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；4.1 M NaCl, 100 mM HEPES, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.95 Å R-free 0.290
3GM2 Crystal Structure of the Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain of Pyk2 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 861–1009（149 aa）片段：Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain, UNP residues 861-1009	突变：C899A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；298 K；3.4 M NaCl, 100 mM HEPES, 1% glycerol, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.71 Å R-free 0.295
3GM3 Crystal Structure of the Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain of Pyk2 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 861–1009（149 aa）片段：Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain, UNP residues 861-1009	突变：C899A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG 8000, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
3H3C Crystal structure of PYK2 in complex with Sulfoximine-substituted trifluoromethylpyrimidine analog 提交 2009-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–692（277 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 P1E 4-{[4-{[(1R,2R)-2-(dimethylamino)cyclopentyl]amino}-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino}-N-methylbenzenesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.2M MgCl2, 20-27% PEG3350, 1mM TCEP, 0.1M bis-Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.273
3U3F Structural basis for the interaction of Pyk2 PAT domain with paxillin LD motifs 提交 2011-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 871–1005（135 aa）片段：unp residues 871-1005	突变：C899S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein-LD4 peptide mixture (20mM Mes, pH6.2, 1mM protein, 2 mM peptide) and 2 ul ML (100 mM MES pH6.3, 4.2 M NaCl, 2%(v/v) glycerol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.2K	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
3U3F Structural basis for the interaction of Pyk2 PAT domain with paxillin LD motifs 提交 2011-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 871–1005（135 aa）片段：unp residues 871-1005	突变：C899S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein-LD4 peptide mixture (20mM Mes, pH6.2, 1mM protein, 2 mM peptide) and 2 ul ML (100 mM MES pH6.3, 4.2 M NaCl, 2%(v/v) glycerol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.2K	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
3U3F Structural basis for the interaction of Pyk2 PAT domain with paxillin LD motifs 提交 2011-10-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 871–1005（135 aa）片段：unp residues 871-1005	突变：C899S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein-LD4 peptide mixture (20mM Mes, pH6.2, 1mM protein, 2 mM peptide) and 2 ul ML (100 mM MES pH6.3, 4.2 M NaCl, 2%(v/v) glycerol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.2K	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
3U3F Structural basis for the interaction of Pyk2 PAT domain with paxillin LD motifs 提交 2011-10-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 871–1005（135 aa）片段：unp residues 871-1005	突变：C899S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein-LD4 peptide mixture (20mM Mes, pH6.2, 1mM protein, 2 mM peptide) and 2 ul ML (100 mM MES pH6.3, 4.2 M NaCl, 2%(v/v) glycerol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.2K	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
4EKU Crystal Structure of FERM Domain of Proline-rich Tyrosine Kinase 2 提交 2012-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–409（389 aa）片段：UNP residues 21-409	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；1 M AMMONIUM CITRATE TRIBASIC, pH 7.0, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.25 Å R-free 0.212
4EKU Crystal Structure of FERM Domain of Proline-rich Tyrosine Kinase 2 提交 2012-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–409（389 aa）片段：UNP residues 21-409	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；1 M AMMONIUM CITRATE TRIBASIC, pH 7.0, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.25 Å R-free 0.212
4H1J Crystal structure of PYK2 with the pyrazole 13a 提交 2012-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–692（277 aa）片段：protein kinase domain (UNP residues 416-692)	未记录	0YH 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(4-methoxy-2-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M magnesium chloride, 20-27% PEG3350, 1 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.209
4H1M Crystal structure of PYK2 with the indole 10c 提交 2012-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–692（277 aa）片段：protein kinase domain (UNP residues 416-692)	未记录	0YJ 7-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-N-(propan-2-yl)-1H-indole-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；295 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M magnesium chloride, 20-27% PEG3350, 1 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 1.99 Å R-free 0.296
4R32 Crystal Structure Analysis of Pyk2 and Paxillin LD motifs 提交 2014-08-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 871–1005（135 aa）片段：Focal Adhesion Targeting (FAT) domain (UNP residues 871-1005)	突变：C899S, C972A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；THE WELL SOLUTION CONTAINED 100 mM TRIS, 2.0 M AMMONIUM PHOSPHATE MONOBASIC. THE 4 UL DROP CONTAINED 2 uL OF WELL SOLUTION PLUS 2 uL MIXTURE OF PYK2 AND LD2 IN 20 MM MES, PH 6.0, AT 1 mM PROTEIN TO 2 mM PEPTIDE RATIO , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.240
4XEF Pyk2-FAT complexed with Leupaxin LD motif LD1 提交 2014-12-23	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 871–1005（135 aa）片段：FAT domain (UNP residues 871-1005)	突变：C899S, C972A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；400 nl drop contained 200 nl protein/LD1 peptide mixture (20 mM MES, pH 6.2, 1 mM protein, and 2 mM peptide) and 200 nl well solution (100 mM Tris, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, and 30% PEG 4000).	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
4XEF Pyk2-FAT complexed with Leupaxin LD motif LD1 提交 2014-12-23	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 871–1005（135 aa）片段：FAT domain (UNP residues 871-1005)	突变：C899S, C972A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；400 nl drop contained 200 nl protein/LD1 peptide mixture (20 mM MES, pH 6.2, 1 mM protein, and 2 mM peptide) and 200 nl well solution (100 mM Tris, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, and 30% PEG 4000).	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
4XEV Fusion of Pyk2-FAT domain with Leupaxin LD1 motif, complexed with Leupaxin LD4 peptide 提交 2014-12-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 871–1005（135 aa）	突变：C899S, C972A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein/LD4 peptide mixture (20 mM MES pH 6.2, 1 mM protein, and 2 mM peptide) and 2 ul well solution (100 mM MES pH 6.5 and 25 % PEG 3000).	分辨率 2.01 Å R-free 0.250
4XEV Fusion of Pyk2-FAT domain with Leupaxin LD1 motif, complexed with Leupaxin LD4 peptide 提交 2014-12-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 871–1005（135 aa）	突变：C899S, C972A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein/LD4 peptide mixture (20 mM MES pH 6.2, 1 mM protein, and 2 mM peptide) and 2 ul well solution (100 mM MES pH 6.5 and 25 % PEG 3000).	分辨率 2.01 Å R-free 0.250
5TO8 Selectivity switch between FAK and Pyk2: Macrocyclization of FAK inhibitors improves Pyk2 potency 提交 2016-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–692（279 aa）片段：UNP Residues 414-692	未记录	7FM 25-(methylsulfonyl)-8-(trifluoromethyl)-5,17,18,21,22,23,24,25-octahydro-12H-7,11-(azeno)-16,13-(metheno)pyrido[3,2-i]pyrrolo[1,2-q][1,3,7,11,17]pentaazacyclohenicosin-20(6H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；19% PEG1000, 100 mM LiSulfate, 50 mM Disodium hydrogen phosphate, 50 mM Citric Acid	分辨率 1.98 Å R-free 0.235
5TOB Selectivity switch between FAK and Pyk2: Macrocyclization of FAK inhibitors improves Pyk2 potency 提交 2016-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–692（279 aa）片段：UNP Residues 414-692	未记录	YAM N-methyl-N-{3-[({2-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)amino]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl}amino)methyl]pyridin-2-yl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；25% PEG3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 100 mM MgCl2	分辨率 2.12 Å R-free 0.262
6LF3 3D domain-swapped dimer of the maltose-binding protein fused to a fragment of the protein-tyrosine kinase 2-beta 提交 2019-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 790–839（50 aa）链 B 790–839（50 aa）	突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A 突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；298 K；30% (v/v) PEG 400, 0.1M CAPS/Sodium hydroxide	分辨率 3.20 Å R-free 0.284
6LF3 3D domain-swapped dimer of the maltose-binding protein fused to a fragment of the protein-tyrosine kinase 2-beta 提交 2019-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 790–839（50 aa）链 D 790–839（50 aa）	突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A 突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；298 K；30% (v/v) PEG 400, 0.1M CAPS/Sodium hydroxide	分辨率 3.20 Å R-free 0.284
6LF3 3D domain-swapped dimer of the maltose-binding protein fused to a fragment of the protein-tyrosine kinase 2-beta 提交 2019-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 790–839（50 aa）链 F 790–839（50 aa）	突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A 突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；298 K；30% (v/v) PEG 400, 0.1M CAPS/Sodium hydroxide	分辨率 3.20 Å R-free 0.284
8XOX The Crystal Structure of FAK2 from Biortus. 提交 2024-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–692（277 aa）	未记录	YAM N-methyl-N-{3-[({2-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)amino]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl}amino)methyl]pyridin-2-yl}methanesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M LiCl2, 0.1M Tris pH8.0, 20% PEG 6000	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
8YGX Structure of the PYK2 from Biortus. 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–692（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH5.5-5.9, 19-29% PEG3,350,1mM TCEP	分辨率 2.00 Å R-free 0.270

共 24 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FAK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–139； UniProt 871–1005

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xek
沉积日期 deposition_date	2014-12-24
结构标题 title	Pyk2-FAT domain in complex with leupaxin LD4 motif
关键词 keywords	4-HELIX BUNDLE, FOCAL ADHESION, TYROSINE KINASE, LEUPAXIN, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.78 Å
零角强度 I(0) i0	5019940.00
分子量 molecular_weight	16287.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20545 Å³
包络体积 envelope_volume	24068 Å³
水化壳体积 shell_volume	12930 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.2 Å
壳层 Rg shell_rg	21.65 Å
包络 Rg envelope_rg	17.37 Å
形状 Rg shape_rg	16.79 Å
总 Rg total_rg	17.63 Å
总原子数 total_atoms	1140
残基数 n_residues	153
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.9 Å
Rg (实空间) rg_real	17.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0200e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4370e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7291
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	17.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.527
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.046
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1412000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.569; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.767; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein-tyrosine kinase 2-beta
分子量 formula_weight	15228.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.2
突变 mutation	C899S, C972A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1212

GSHMANLDRTDDLVYLNVMELVRAVLELKNELSQLPPEGYVVVVKNVGLTLRKLIGSVDDLLPSLPSSSRTEIEGTQKLLNKDLAELINKMRLAQQNAVTSLSEEAKRQMLTASHTLAVDAKNLLDAVDQAKVLANLAH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	19-mer peptide containing Leupaxin LD4 motif
分子量 formula_weight	2090.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

KTSAAAQLDELMAHLTEMQ

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	67

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4xekA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — Nucleotidyltransferases domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	138.006 Å
晶胞边长 b length_b	30.547 Å
晶胞边长 c length_c	40.576 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.793 Å
最低分辨率 resolution_low	34.977 Å
R 因子 r_factor	0.2094
R_work r_work	0.2083
R_free r_free	0.2312

fit	/app/data/saxs_computation/xe/4xek/4xek.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xe/4xek/4xek.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xe/4xek/4xek.dat

Pyk2-FAT domain in complex with leupaxin LD4 motif

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein-tyrosine kinase 2-beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)