SAXSdb — 4xkh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyubiquitin-C

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AN1-type zinc finger protein 2B × 1 （Q91X58） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AN1-type zinc finger protein 2B × 1 （Q91X58） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AN1-type zinc finger protein 2B × 1 （Q91X58） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 77–152 作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 77–152 作者链 D； PDB构建体 1–76； UniProt 77–152 作者链 F； PDB构建体 1–76； UniProt 77–152 作者链 G； PDB构建体 1–76； UniProt 77–152 作者链 I； PDB构建体 1–76； UniProt 77–152

AN1-type zinc finger protein 2B

Mus musculus

UniProt Q91X58

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polyubiquitin-C × 2 （P0CH28） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polyubiquitin-C × 2 （P0CH28） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polyubiquitin-C × 2 （P0CH28） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZFN2B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–55； UniProt 187–240 作者链 E； PDB构建体 2–55； UniProt 187–240 作者链 H； PDB构建体 2–55； UniProt 187–240

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xkh
沉积日期 deposition_date	2015-01-11
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE AIRAPL TANDEM UIMS IN COMPLEX WITH A LYS48-LINKED TRI-UBIQUITIN
关键词 keywords	TANDEM UBIQUITIN-INTERACTING MOTIFS, UBIQUITIN-BINDING, UBIQUITIN-BINDING PROTEIN; UBIQUITIN-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4xkh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4xkh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4xkh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.71 Å
Rg（电子密度）	19.68 Å
总 Rg	20.50 Å
原子数	1473
残基数	188
排除体积	26368 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4xkh__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4xkh__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4xkh__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polyubiquitin-C
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,B,D,G,I
原子数 atom_count	4421

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	Bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Bos taurus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AN1-type zinc finger protein 2B
分子量 formula_weight	5800.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,C,H

GSPVIALQNGLSEDEALQRALELSLAEAKPQVLSSQEEDDLALAQALSASEAEYQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4xkha_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d4xkhb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d4xkhd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d4xkhf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d4xkhg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d4xkhi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

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晶胞边长 a length_a	90.860 Å
晶胞边长 b length_b	90.860 Å
晶胞边长 c length_c	61.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.220 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2550

CRYSTAL STRUCTURE OF THE AIRAPL TANDEM UIMS IN COMPLEX WITH A LYS48-LINKED TRI-UBIQUITIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyubiquitin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

AN1-type zinc finger protein 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4xkh__assembly_1__model_1

4xkh__assembly_1__model_1 | I(q)

4xkh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF THE AIRAPL TANDEM UIMS IN COMPLEX WITH A LYS48-LINKED TRI-UBIQUITIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyubiquitin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AN1-type zinc finger protein 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4xkh__assembly_1__model_1

4xkh__assembly_1__model_1 | I(q)

4xkh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)