4xlw

Complex of Notch1 (EGF11-13) bound to Delta-like 4 (N-EGF2)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic locus notch homolog protein 1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Delta-like protein × 1 （D3ZHH1） CALCIUM ION × 3 beta-D-glucopyranose × 3 alpha-L-fucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Delta-like protein × 1 （D3ZHH1） CALCIUM ION × 3 beta-D-glucopyranose × 3 alpha-L-fucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Delta-like protein × 1 （D3ZHH1） CALCIUM ION × 2 beta-D-glucopyranose × 3 alpha-L-fucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Delta-like protein × 1 （D3ZHH1） CALCIUM ION × 2 beta-D-glucopyranose × 3 alpha-L-fucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOTC1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–115； UniProt 412–526 作者链 C； PDB构建体 1–115； UniProt 412–526 作者链 E； PDB构建体 1–115； UniProt 412–526 作者链 G； PDB构建体 1–115； UniProt 412–526

Delta-like protein

Rattus norvegicus

UniProt D3ZHH1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Neurogenic locus notch homolog protein 1 × 1 （Q07008） CALCIUM ION × 3 beta-D-glucopyranose × 3 alpha-L-fucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Neurogenic locus notch homolog protein 1 × 1 （Q07008） CALCIUM ION × 3 beta-D-glucopyranose × 3 alpha-L-fucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Neurogenic locus notch homolog protein 1 × 1 （Q07008） CALCIUM ION × 2 beta-D-glucopyranose × 3 alpha-L-fucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Neurogenic locus notch homolog protein 1 × 1 （Q07008） CALCIUM ION × 2 beta-D-glucopyranose × 3 alpha-L-fucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3ZHH1_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–258； UniProt 27–283 作者链 D； PDB构建体 2–258； UniProt 27–283 作者链 F； PDB构建体 2–258； UniProt 27–283 作者链 H； PDB构建体 2–258； UniProt 27–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xlw
沉积日期 deposition_date	2015-01-13
结构标题 title	Complex of Notch1 (EGF11-13) bound to Delta-like 4 (N-EGF2)
关键词 keywords	glycosylation, EGF domains, receptor-ligand complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4xlw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4xlw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4xlw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.22 Å
Rg（电子密度）	34.55 Å
总 Rg	34.44 Å
原子数	2906
残基数	365
排除体积	50821 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4xlw__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4xlw__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4xlw__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4xlw__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neurogenic locus notch homolog protein 1
分子量 formula_weight	13524.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	11773

DVDECALGANPCEHAGKCLNTLGSFECQCLQGYTGPRCEIDVNECISNPCQNDATCLDQIGEFQCICMPGYEGVYCEINTDECASSPCLHNGRCVDKINEFLCQCPKGFSGHLCQSGRLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Delta-like protein
分子量 formula_weight	29150.7 kDa
突变 mutation	G28S, F107L, L206P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

SSSIFQLRLQEFANERGMLANGRPCEPGCRTFFRICLKHYQATFSEGPCTFGNVSTPVLGTNSFVIRDKNSGSGRNPLQLPLNFTWPGTFSLNIQAWHTPGDDLRPETSPGNSLISQIIIQGSLAVGKNWKSDEQNNTLTRLRYSYRVVCSDNYYGDSCSRLCKKRDDHFGHYECQPDGSPSCLPGWTGKYCDQPICLSGCHEQNGYCSKPDECNCRPGWQGPLCNECIPHKGCRHGTCTIPWQCACDEGWGGLFCDQAAA

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-L-fucopyranose
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4xlwA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3510 —

结构域编号 domain_id	4xlwC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3510 —

结构域编号 domain_id	4xlwE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwE03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3510 —

结构域编号 domain_id	4xlwG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwG03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	4xlwH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3510 —

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晶胞边长 a length_a	84.560 Å
晶胞边长 b length_b	95.570 Å
晶胞边长 c length_c	122.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.390 Å
最低分辨率 resolution_low	84.060 Å
R 因子 r_factor	0.2600
R_work r_work	0.2570
R_free r_free	0.3100

Complex of Notch1 (EGF11-13) bound to Delta-like 4 (N-EGF2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic locus notch homolog protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Delta-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4xlw__assembly_1__model_1

4xlw__assembly_1__model_1 | I(q)

4xlw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex of Notch1 (EGF11-13) bound to Delta-like 4 (N-EGF2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic locus notch homolog protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Delta-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4xlw__assembly_1__model_1

4xlw__assembly_1__model_1 | I(q)

4xlw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)