4xm6

Anthrax toxin lethal factor with ligand-induced binding pocket

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lethal factor

Bacillus anthracis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 298–809	片段：UNP residues 298-809 突变：A266S	41R N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-N~2~-(2-methylpropyl)-D-valinamide × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.35 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4XM6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1J7N Anthrax Toxin Lethal factor 提交 2001-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–809（776 aa）链 B 34–809（776 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；ammonium sulfate, TRIS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
1JKY Crystal Structure of the Anthrax Lethal Factor (LF): Wild-type LF Complexed with the N-terminal Sequence of MAPKK2 提交 2001-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–809（776 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；1.9M Ammonium sulfate, 0.2M Tris pH 8.0, 2mM EDTA	分辨率 3.90 Å R-free 0.316
1PWP Crystal Structure of the Anthrax Lethal Factor complexed with Small Molecule Inhibitor NSC 12155 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 34–809（776 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NSC N,N'-BIS(4-AMINO-2-METHYLQUINOLIN-6-YL)UREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.274
1PWP Crystal Structure of the Anthrax Lethal Factor complexed with Small Molecule Inhibitor NSC 12155 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 34–809（776 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NSC N,N'-BIS(4-AMINO-2-METHYLQUINOLIN-6-YL)UREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.274
1PWQ Crystal structure of Anthrax Lethal Factor complexed with Thioacetyl-Tyr-Pro-Met-Amide, a metal-chelating peptidyl small molecule inhibitor 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 34–809（776 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SD2 N-(SULFANYLACETYL)TYROSYLPROLYLMETHIONINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.52 Å R-free 0.311
1PWQ Crystal structure of Anthrax Lethal Factor complexed with Thioacetyl-Tyr-Pro-Met-Amide, a metal-chelating peptidyl small molecule inhibitor 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 34–809（776 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SD2 N-(SULFANYLACETYL)TYROSYLPROLYLMETHIONINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.52 Å R-free 0.311
1PWU Crystal Structure of Anthrax Lethal Factor complexed with (3-(N-hydroxycarboxamido)-2-isobutylpropanoyl-Trp-methylamide), a known small molecule inhibitor of matrix metalloproteases. 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 34–809（776 aa）	突变：E720C	ZN ZINC ION × 1 GM6 3-(N-HYDROXYCARBOXAMIDO)-2-ISOBUTYLPROPANOYL-TRP-METHYLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
1PWU Crystal Structure of Anthrax Lethal Factor complexed with (3-(N-hydroxycarboxamido)-2-isobutylpropanoyl-Trp-methylamide), a known small molecule inhibitor of matrix metalloproteases. 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 34–809（776 aa）	突变：E720C	ZN ZINC ION × 1 GM6 3-(N-HYDROXYCARBOXAMIDO)-2-ISOBUTYLPROPANOYL-TRP-METHYLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
1PWV Crystal structure of Anthrax Lethal Factor wild-type protein complexed with an optimised peptide substrate. 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–809（776 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.85 Å R-free 0.279
1PWV Crystal structure of Anthrax Lethal Factor wild-type protein complexed with an optimised peptide substrate. 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 34–809（776 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.85 Å R-free 0.279
1PWV Crystal structure of Anthrax Lethal Factor wild-type protein complexed with an optimised peptide substrate. 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 34–809（776 aa）链 B 34–809（776 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.85 Å R-free 0.279
1PWW Crystal structure of Anthrax Lethal Factor active site mutant protein complexed with an optimised peptide substrate in the presence of zinc. 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–809（776 aa）	突变：E687C	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA. , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1PWW Crystal structure of Anthrax Lethal Factor active site mutant protein complexed with an optimised peptide substrate in the presence of zinc. 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 34–809（776 aa）	突变：E687C	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA. , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1PWW Crystal structure of Anthrax Lethal Factor active site mutant protein complexed with an optimised peptide substrate in the presence of zinc. 提交 2003-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 34–809（776 aa）链 B 34–809（776 aa）	突变：E687C 突变：E687C	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl, EDTA. , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1YQY Structure of B. Anthrax Lethal factor in complex with a hydroxamate inhibitor 提交 2005-02-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 297–809（513 aa）片段：domains II-IV (residues 297-809)	未记录	ZN ZINC ION × 1 915 (2R)-2-{[(4-FLUORO-3-METHYLPHENYL)SULFONYL]AMINO}-N-HYDROXY-2-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YLACETAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；Peg 8K, magnesium acetate, Sodium cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
2L0R Conformational Dynamics of the Anthrax Lethal Factor Catalytic Center 提交 2010-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 705–809（105 aa）片段：C-terminal 106 residues catalytic core domain (Domain IV), UNP residues 705-809	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）Pi 50；压力 ambient NMR样品组成 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Anthrax LF C-term-1, 10 % % [U-99% 2H] D2O-2, 90 % % H2O-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3KWV Structural basis for the unfolding of anthrax lethal factor by protective antigen oligomers 提交 2009-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 34–296（263 aa）片段：protective antigen binding domain (UNP residues 34-296)	未记录	CA CALCIUM ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；16% PEG 3000, 0.1M cacodylic acid, 0.2M magnesium chloride, 10 mM Tris-Cl, 75 mM sodium chloride, 10 mM adenosine-5'-triphosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.281
3KWV Structural basis for the unfolding of anthrax lethal factor by protective antigen oligomers 提交 2009-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 F 34–296（263 aa）片段：protective antigen binding domain (UNP residues 34-296)	未记录	CA CALCIUM ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；16% PEG 3000, 0.1M cacodylic acid, 0.2M magnesium chloride, 10 mM Tris-Cl, 75 mM sodium chloride, 10 mM adenosine-5'-triphosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.281
4DV8 Anthrax Lethal Factor metalloproteinase in complex with the Hydroxamic acid based small molecule PT8421 提交 2012-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 296–809（514 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 0LX (2S)-6-[(4-fluorobenzyl)amino]-2-[(2R)-2-(4-fluorophenyl)-2-methoxyethyl]-N-hydroxyhexanamide × 1 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；0.03M citric acid, 0.01M BIS-Tris, Propane, pH7.6, 20% PEG3350, 14 mg/mL protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.63 Å R-free 0.204
4PKQ Anthrax toxin lethal factor with bound zinc 提交 2014-05-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：UNP residues 298-809	突变：A266S	ZN ZINC ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.20 Å R-free 0.217
4PKR Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor 10 提交 2014-05-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：UNP residues 298-809	突变：A266S	2ZL N~2~-benzyl-N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.20 Å R-free 0.253
4PKS Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor 11 提交 2014-05-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：UNP residues 298-809	突变：A266S	ZN ZINC ION × 1 30H N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-N~2~-(pyridin-3-ylmethyl)-D-alaninamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
4PKT Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor 13 提交 2014-05-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：UNP residues 298-809	突变：A266S	30O N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-N~2~-(4-nitrobenzyl)-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.40 Å R-free 0.240
4PKU Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor 15 提交 2014-05-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：UNP residues 298-809	突变：A266S	30P N~2~-(3-aminobenzyl)-N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.40 Å R-free 0.249
4PKV Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor 16 提交 2014-05-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：UNP residues 298-809	突变：A266S	30R N~2~-[4-(aminomethyl)benzyl]-N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
4PKW Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor GM6001 提交 2014-05-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：UNP residues 298-809	突变：A266S	ZN ZINC ION × 1 GM6 3-(N-HYDROXYCARBOXAMIDO)-2-ISOBUTYLPROPANOYL-TRP-METHYLAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 1.75 Å R-free 0.207
4WF6 Anthrax toxin lethal factor with bound small molecule inhibitor MK-31 提交 2014-09-12	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：UNP residues 298-809	突变：A266S	ZN ZINC ION × 1 407 N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.65 Å R-free 0.240
4XM7 Anthrax toxin lethal factor with ligand-induced binding pocket 提交 2015-01-14	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：UNP residues 298-809	突变：A266S	41S N~2~-[(4-fluoro-3-methoxyphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-N~2~-(2-methylpropyl)-D-valinamide × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.70 Å R-free 0.269
4XM8 Anthrax toxin lethal factor with ligand-induced binding pocket 提交 2015-01-14	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：UNP residues 298-809	突变：A266S	41T N-hydroxy-N~2~-{[3-(methoxymethyl)phenyl]sulfonyl}-N~2~-(2-methylpropyl)-D-valinamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
5D1S Anthrax toxin lethal factor with hydroxamic acid inhibitor 提交 2015-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：residues 298-809	突变：A299S	56Q N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-N~2~-methyl-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
5D1T Anthrax toxin lethal factor with hydroxamic acid inhibitor 提交 2015-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：residues 298-809	突变：A299S	ZN ZINC ION × 1 56R N~2~-[3-(aminomethyl)benzyl]-N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
5D1U Anthrax toxin lethal factor with hydroxamic acid inhibitor 提交 2015-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–809（512 aa）片段：residues 298-809	突变：A299S	56P N~2~-(6-aminohexyl)-N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-D-alaninamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；286 K；11-16% PEG 8K, 50 mM Bis-Tris, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.85 Å R-free 0.252
6PSN Anthrax toxin protective antigen channels bound to lethal factor 提交 2019-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 L 1–809（809 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
6ZXJ Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state, in which the third lethal factor is masked out (PA7LF3-masked) 提交 2020-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 H 1–809（809 aa）链 I 1–809（809 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to grid (with 2 nm additional carbon layer) and incubated for 45 s prior blotting.	分辨率 3.50 Å
6ZXK Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state and PA7LF(2+1B) arrangement 提交 2020-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 H 1–809（809 aa）链 I 1–809（809 aa）链 J 1–809（809 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to grid (with 2 nm additional carbon layer) and incubated for 45 s prior blotting.	分辨率 3.80 Å
6ZXL Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state and PA7LF(2+1A) arrangement 提交 2020-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 H 1–809（809 aa）链 I 1–809（809 aa）链 J 1–809（809 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to grid (with 2 nm additional carbon layer) and incubated for 45 s prior blotting.	分辨率 4.20 Å
7KXR Protective antigen pore translocating lethal factor N-terminal domain 提交 2020-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 L 34–296（263 aa）片段：UNP Residues 34-296	突变：E126C	CA CALCIUM ION × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8FVU Cryo-EM structure of human Needle/NAIP/NLRC4 (R288A) 提交 2023-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 U 34–296（263 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEF_BACAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–515； UniProt 298–809

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xm6
沉积日期 deposition_date	2015-01-14
结构标题 title	Anthrax toxin lethal factor with ligand-induced binding pocket
关键词 keywords	;Anthrax toxin, lethal factor, metalloproteinase, metalloprotease, structural dynamics, ligand-induced conformational change, TOXIN, HYDROLASE ;; TOXIN,HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.96 Å
零角强度 I(0) i0	53222700.00
分子量 molecular_weight	57071.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71767 Å³
包络体积 envelope_volume	88051 Å³
水化壳体积 shell_volume	29394 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.8 Å
壳层 Rg shell_rg	32.19 Å
包络 Rg envelope_rg	25.02 Å
形状 Rg shape_rg	24.96 Å
总 Rg total_rg	25.81 Å
总原子数 total_atoms	4028
残基数 n_residues	486
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53220000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8893
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.293
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.327
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.840

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lethal factor
分子量 formula_weight	60436.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.83
突变 mutation	A266S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4149

SNALSRYEKWEKIKQHYQHWSDSLSEEGRGLLKKLQIPIEPKKDDIIHSLSQEEKELLKRIQIDSSDFLSTEEKEFLKKLQIDIRDSLSEEEKELLNRIQVDSSNPLSEKEKEFLKKLKLDIQPYDINQRLQDTGGLIDSPSINLDVRKQYKRDIQNIDALLHQSIGSTLYNKIYLYENMNINNLTATLGADLVDSTDNTKINRGIFNEFKKNFKYSISSNYMIVDINERPALDNERLKWRIQLSPDTRAGYLENGKLILQRNIGLEIKDVQIIKQSEKEYIRIDAKVVPKSKIDTKIQEAQLNINQEWNKALGLPKYTKLITFNVHNRYASNIVESAYLILNEWKNNIQSDLIKKVTNYLVDGNGRFVFTDITLPNIAEQYTHQDEIYEQVHSKGLYVPESRSILLHGPSKGVELRNDSEGFIHEFGHAVDDYAGYLLDKNQSDLVTNSKKFIDIFKEEGSNLTSYGRTNEAEFFAEAFRLMHSTDHAERLKVQKNAPKTFQFINDQIKFIINSLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus anthracis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1392
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N~2~-[(4-fluoro-3-methylphenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-N~2~-(2-methylpropyl)-D-valinamide
分子量 formula_weight	360.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	121

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4xm6a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

结构域编号 domain_id	d4xm6a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.14 — Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4xm6A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	176 — Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4xm6A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2030 — Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A

结构域编号 domain_id	4xm6A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.936 Å
晶胞边长 b length_b	76.922 Å
晶胞边长 c length_c	138.576 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.352 Å
最低分辨率 resolution_low	23.380 Å
R 因子 r_factor	0.2071
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2457

fit	/app/data/saxs_computation/xm/4xm6/4xm6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xm/4xm6/4xm6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xm/4xm6/4xm6.dat