4xr7

Structure of the Saccharomyces cerevisiae PAN2-PAN3 core complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN3 × 2 （P36102）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN3 × 2 （P36102）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN3 × 2 （P36102）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN3 × 2 （P36102）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAN2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–776； UniProt 340–1115 作者链 D； PDB构建体 1–776； UniProt 340–1115 作者链 G； PDB构建体 1–776； UniProt 340–1115 作者链 J； PDB构建体 1–776； UniProt 340–1115

PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P36102

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2 × 1 （P53010）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2 × 1 （P53010）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2 × 1 （P53010）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2 × 1 （P53010）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAN3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–455； UniProt 226–679 作者链 C； PDB构建体 2–455； UniProt 226–679 作者链 E； PDB构建体 2–455； UniProt 226–679 作者链 F； PDB构建体 2–455； UniProt 226–679 作者链 H； PDB构建体 2–455； UniProt 226–679 作者链 I； PDB构建体 2–455； UniProt 226–679 作者链 K； PDB构建体 2–455； UniProt 226–679 作者链 L； PDB构建体 2–455； UniProt 226–679

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xr7
沉积日期 deposition_date	2015-01-20
结构标题 title	Structure of the Saccharomyces cerevisiae PAN2-PAN3 core complex
关键词 keywords	RNA degradation, Deadenylation, Hydrolase, Pseudokinase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4xr7__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4xr7__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4xr7__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.70 Å
Rg（电子密度）	41.41 Å
总 Rg	41.58 Å
原子数	11438
残基数	1539
排除体积	201830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4xr7__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4xr7__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4xr7__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4xr7__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2
分子量 formula_weight	89263.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,D,J,A
原子数 atom_count	46467

MLAYPDYFNDITSDGPISVDDETYPLSSVGMPYYLDKLLSAWPPVVFKSEGTIPQLTGKSPLPSSGKLKSNLAVISSQNEKLSTQEFPLLRYDRTKYGMRNAIPDYVCLRDIRKQITSGLETSDIQTYTSINKYEVPPAYSRLPLTSGRFGTDNFDFTPFNNTEYSGLDPDVDNHYTNAIIQLYRFIPEMFNFVVGCLKDENFETTLLTDLGYLFDMMERSHGKICSSSNFQASLKSLTDKRQLENGEPQEHLEEYLESLCIRESIEDFNSSESIKRNMPQKFNRFLLSQLIKEEAQTVNHNITLNQCFGLETEIRTECSCDHYDTTVKLLPSLSISGINKTVIKQLNKKSNGQNILPYIEYAMKNVTQKNSICPTCGKTETITQECTVKNLPSVLSLELSLLDTEFSNIRSSKNWLTSEFYGSIIKNKAVLRSTASELKGTSHIFKYELNGYVAKITDNNNETRLVTYVKKYNPKENCFKWLMFNDYLVVEITEEEALKMTYPWKTPEIIIYCDAEELRKPFFSVDTYSINYDILFRDYFANGIRDTARREYKLLTHDEAPKSGTLVAIDAEFVSLQSELCEIDHQGIRSIIRPKRTALARISIIRGEEGELYGVPFVDDYVVNTNHIEDYLTRYSGILPGDLDPEKSTKRLVRRNVVYRKVWLLMQLGCVFVGHGLNNDFKHININVPRNQIRDTAIYFLQGKRYLSLRYLAYVLLGMNIQEGNHDSIEDAHTALILYKKYLHLKEKAIFEKVLNSVYEEGRAHNFKVPETSKG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN3
分子量 formula_weight	54330.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,K,E,F,H,I,C,B

MHSLLQYHLYAPEQPSSLKSLLKPNERSADQLFIPNNIREDLTKKNLSILQVFPSSGKVIPSIVQDYFNLVPLNFNNNDFLNKTTLFKVFSNYDGKAYVLKRLPNIDKSMNPNKISKIYQIWSKINCTNLIKFRDIFQTTKFGDLSICLVFDYYPNSLSLYDYHFVNFPKFPITNNYLWIYLVQLTNVINSIHSQNLSIGNTLNWRKVLITGDPGRIKLSHCNFMDLLFNDDTDTVVSSGGSTIEGQQQLDYKYLGELLFNLSINIENSNNNTAPKEYRLEEITPQSIDDMRQIDDKFKDVLKYLISDNGDSKKSIHDLTSHFYDKMFMVLESSQTYTEYMESVLSRELENGRLFRLVNKLNCIFGRIESRIDINWSESGTKFPIILFYDYVFHQVDSNGKPIMDLTHVLRCLNKLDAGIQEKLMLVTPDELNCIIISYKELKDLIESTFRSITQHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	4xr7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4xr7B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4xr7B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3700 —

结构域编号 domain_id	4xr7C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4xr7C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3700 —

结构域编号 domain_id	4xr7D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4xr7E01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4xr7E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3700 —

结构域编号 domain_id	4xr7F01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4xr7F02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3700 —

结构域编号 domain_id	4xr7G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4xr7H01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4xr7H02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3700 —

结构域编号 domain_id	4xr7I01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4xr7I02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3700 —

结构域编号 domain_id	4xr7J01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4xr7K01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4xr7K02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3700 —

结构域编号 domain_id	4xr7L01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4xr7L02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3700 —

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晶胞边长 a length_a	131.443 Å
晶胞边长 b length_b	205.298 Å
晶胞边长 c length_c	234.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.796 Å
最低分辨率 resolution_low	48.828 Å
R 因子 r_factor	0.2862
R_work r_work	0.2855
R_free r_free	0.2994

Structure of the Saccharomyces cerevisiae PAN2-PAN3 core complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4xr7__assembly_3__model_1

4xr7__assembly_3__model_1 | I(q)

4xr7__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the Saccharomyces cerevisiae PAN2-PAN3 core complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4xr7__assembly_3__model_1

4xr7__assembly_3__model_1 | I(q)

4xr7__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)