4xsy

Crystal structure of CBR 9379 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A8ARN6） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A8ARN6） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_ECO24
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 B； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 G； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 H； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt A7ZUK1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A8ARN6） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A8ARN6） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOB_ECO24
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1342； UniProt 1–1342 作者链 I； PDB构建体 1–1342； UniProt 1–1342

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt A7ZUK2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A8ARN6） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A8ARN6） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOC_ECO24
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1407； UniProt 1–1407 作者链 J； PDB构建体 1–1407； UniProt 1–1407

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt A8ARN6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOZ_CITK8
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 K； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

RNA polymerase sigma factor RpoD

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P00579

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A8ARN6） 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A8ARN6） 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–522； UniProt 92–613 作者链 L； PDB构建体 1–522； UniProt 92–613

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xsy
沉积日期 deposition_date	2015-01-22
结构标题 title	Crystal structure of CBR 9379 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme
关键词 keywords	bacterial RNA polymerase antibiotic complex, transcription-antibiotic complex; transcription/antibiotic
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4xsy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4xsy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4xsy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.51 Å
Rg（电子密度）	51.17 Å
总 Rg	51.36 Å
原子数	27642
残基数	3509
排除体积	492340 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4xsy__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4xsy__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	26459.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H
原子数 atom_count	55746

MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILEILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIHSEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLEVLFQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	150820.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I

MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVFDVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSDKGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQMELVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLDLLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAVGRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLSLGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCPIETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKGESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKRGGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNMRVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGGDILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDLSEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGDDLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMAAKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLKLGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	155366.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,J

MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKHRGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQILTEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILTVLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSNKRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKMVEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEARALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDANGELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVGIDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFNSIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRLVDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAVKVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKLSNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDMIDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDTLARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFEGERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQVEYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAGTGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDNE

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	10249.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,K

MARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAELQAVTAIAEGRR

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor RpoD
分子量 formula_weight	60315.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L

GRTTDPVRMYMREMGTVELLTREGEIDIAKRIEDGINQVQCSVAEYPEAITYLLEQYDRVEAEEARLSDLITGFVDPNAEEDLAPTATHVGSELSQEDLDDDEDEDEEDGDDDSADDDNSIDPELAREKFAELRAQYVVTRDTIKAKGRSHATAQEEILKLSEVFKQFRLVPKQFDYLVNSMRVMMDRVRTQERLIMKLCVEQCKMPKKNFITLFTGNETSDTWFNAAIAMNKPWSEKLHDVSEEVHRALQKLQQIEEETGLTIEQVKDINRRMSIGEAKARRAKKEMVEANLRLVISIAKKYTNRGLQFLDLIQEGNIGLMKAVDKFEYRRGYKFSTYATWWIRQAITRSIADQARTIRIPVHMIETINKLNRISRQMLQEMGREPTPEELAERMLMPEDKIRKVLKIAKEPISMETPIGDDEDSHLGDFIEDTTLELPLDSATTESLRAATHDVLAGLTAREAKVLRMRFGIDMNTDYTLEEVGKQFDVTRERIRQIEAKALRKLRHPSRSEVLRSFLDD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide
分子量 formula_weight	483.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	185.394 Å
晶胞边长 b length_b	206.773 Å
晶胞边长 c length_c	310.269 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.007 Å
最低分辨率 resolution_low	40.363 Å
R 因子 r_factor	0.2372
R_work r_work	0.2354
R_free r_free	0.2704

Crystal structure of CBR 9379 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase sigma factor RpoD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4xsy__assembly_1__model_1

4xsy__assembly_1__model_1 | I(q)

4xsy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)