SAXSdb — 4xtc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AlgM1

Sphingomonas sp. A1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	AlgM2 × 1 （Q9KWT7） AlgS × 2 （Q9KWT9） AlgQ2 × 1 （Q9KWT5） ;beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KWT8_SPHSX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–301； UniProt 1–324

AlgM2

Sphingomonas sp. A1

UniProt Q9KWT7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	AlgM1 × 1 （Q9KWT8） AlgS × 2 （Q9KWT9） AlgQ2 × 1 （Q9KWT5） ;beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KWT7_SPHSX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293

AlgS

Sphingomonas sp. A1

UniProt Q9KWT9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	AlgM1 × 1 （Q9KWT8） AlgM2 × 1 （Q9KWT7） AlgQ2 × 1 （Q9KWT5） ;beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KWT9_SPHSX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–363； UniProt 1–363 作者链 T； PDB构建体 1–363； UniProt 1–363

AlgQ2

Sphingomonas sp. A1

UniProt Q9KWT5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	AlgM1 × 1 （Q9KWT8） AlgM2 × 1 （Q9KWT7） AlgS × 2 （Q9KWT9） ;beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KWT5_SPHSX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xtc
沉积日期 deposition_date	2015-01-23
结构标题 title	Crystal structure of bacterial alginate ABC transporter in complex with alginate pentasaccharide-bound periplasmic protein
关键词 keywords	ABC, alginate, sphingomonas, transporter, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4xtc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4xtc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4xtc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.77 Å
Rg（电子密度）	47.40 Å
总 Rg	47.42 Å
原子数	14264
残基数	1793
排除体积	256590 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4xtc__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AlgM1
分子量 formula_weight	34286.6 kDa
突变 mutation	2-24 deletion mutant
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M
原子数 atom_count	14264

MERLWKDIKRDWLLYAMLLPTIIWFLIFLYKPMIGLQMAFKQYSAWKGIAGSPWIGFDHFVTLFQSEQFIRAIKNTLTLSGLSLLFGFPMPILLALMINEVYSKGYRKAVQTIVYLPHFISIVIVAGLVVTFLSPSTGVVNNMLSWIGLDRVYFLTQPEWFRPIYISSNIWKEAGFDSIVYLAAIMSINPALYESAQVDGATRWQMITRITLPCIVPTIAVLLVIRLGHILEVGFEYIILLYQPTTYETADVISTYIYRLGLQGARYDIATAAGIFNAVVALVIVLFANHMSRRITKTGVF

来源 Source

来源生物 organism	Sphingomonas sp. A1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90322
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AlgM2
分子量 formula_weight	34496.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MLATPFYSRSDRIFGIVNAVLLGIFALCALYPIIYIFSMSISSGAAVTQGRVFLLPVDIDFSAYGRVLHDKLFWTSYANTIFYTVFGVVTSLIFIVPGAYALSKPRIRGRRVFGFIIAFTMWFNAGMIPFFLNMRDLGLLDNRFGILIGFACNAFNIILMRNYFESISASFEEAARMDGANDLQILWKVYIPLAKPALATITLLCAISRWNGYFWAMVLLRAEEKIPLQVYLKKTIVDLNVNEEFAGALLTNSYSMETVVGAIIVMSIIPVIIVYPVVQKYFTKGVMLGGVKELEHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Sphingomonas sp. A1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90322
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	AlgS
分子量 formula_weight	39574.5 kDa
突变 mutation	E160Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T

MVASVSIQNVVKRYDKTTVVHGVSLDIEPGEFVVLVGPSGCGKSTTLRMVAGLEEISGGTIRIDGRVINDLAPKDRDVAMVFQNYALYPHLNVRDNISFGLRLKRTKKSVIDAAVKTAADILGLQPLLERKPSDLSGGQRQRVAMGRAIVRDPKVFLFDQPLSNLDAKLRTQMRAEIKRLHQRLGTTVIYVTHDQVEAMTLADRIVVMRDGLIEQIGKPMDLFLHPANTFVASFIGSPPMNLMPARIAVDSTQHVELNGGNRISLLPRAGTHLAPGQEVVFGIRPEDVTLDGVEGSERAQIKATVDIVEPLGSESILHATVGDHSLVVKVGGLNEVHPGDPVTLHVDLTRVHLFDAQSQASIY

来源 Source

来源生物 organism	Sphingomonas sp. A1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90322
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	AlgQ2
分子量 formula_weight	59688.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MKKMMLSVAAVATLMAFAAPVATAKEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN

来源 Source

来源生物 organism	Sphingomonas sp. A1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90322
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid ;
分子量 formula_weight	898.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4xtcM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3720 — MetI-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MetI-like

结构域编号 domain_id	4xtcN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3720 — MetI-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MetI-like

结构域编号 domain_id	4xtcQ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	4xtcQ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	4xtcS01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4xtcS02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4xtcS03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4xtcT01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4xtcT02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4xtcT03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

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晶胞边长 a length_a	71.608 Å
晶胞边长 b length_b	132.963 Å
晶胞边长 c length_c	272.973 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	37.420 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2384
R_free r_free	0.2885

Crystal structure of bacterial alginate ABC transporter in complex with alginate pentasaccharide-bound periplasmic protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AlgM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AlgM2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AlgS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AlgQ2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4xtc__assembly_1__model_1

4xtc__assembly_1__model_1 | I(q)

4xtc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)