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4xwx

Crystal structure of the PTB domain of SHC

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHC-transforming protein 1

Homo sapiens

UniProt P29353

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 37–201 片段：residues 37-201 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.8 M sodium/potassium tartrate, 0.1 M Hepes pH 7.5 分辨率 1.87 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4XWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1MIL TRANSFORMING PROTEIN 提交 1995-09-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 482–583（102 aa） 片段：PHOSPHOTYROSINE RECOGNITION DOMAIN SH2
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å
1N3H Coupling of Folding and Binding in the PTB Domain of the Signaling Protein Shc 提交 2002-10-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 111–317（207 aa） 片段：PTB domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）200mM；压力 1
NMR样品组成 0.5mM Shc PTB Domain, 50mM Sodium phosphate, 20mM DTT-d10, pH 6.5 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1OY2 Coupling of Folding and Binding in the PTB Domain of the Signaling Protein Shc 提交 2003-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 111–317（207 aa） 片段：PTB Domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）200mM；压力 1
NMR样品组成 0.5mM Shc PTB Domain, 50mM Sodium phosphate, 20mM DTT-d10 | 90% D2O, 10% D2O
分辨率未提供
1QG1 GROWTH FACTOR RECEPTOR BINDING PROTEIN SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH AN SHC-DERIVED PEPTIDE 提交 1999-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 423–435（13 aa） 片段：423-435
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；301 K
分辨率未提供
1SHC SHC PTB DOMAIN COMPLEXED WITH A TRKA RECEPTOR PHOSPHOPEPTIDE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 126–317（192 aa） 片段：PTB DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1TCE SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE SHC SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A TYROSINE-PHOSPHORYLATED PEPTIDE FROM THE T-CELL RECEPTOR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 480–583（104 aa） 片段：SH2 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
4JMH Crystal structure of synthetic protein in complex with double pY peptide 提交 2013-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 344–356（13 aa） 片段：unp residues 344-356
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.66% ammonium sulfate, 2.32% PEG400, 0.1 M HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.276

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SHC1_HUMAN
Isoform P29353-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–167； UniProt 37–201

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4xwx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4xwx
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4xwx
沉积日期 deposition_date2015-01-29
结构标题 titleCrystal structure of the PTB domain of SHC
关键词 keywordsSIGNALING PROTEIN, phosphotyrosine binding domain, signal transduction, Structural Genomics Consortium (SGC); SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.88 Å
零角强度 I(0) i06189520.00
分子量 molecular_weight17609.0 kDa
排除体积 excluded_volume21922 ų
包络体积 envelope_volume24898 ų
水化壳体积 shell_volume14019 ų
包络直径 envelope_diameter53.1 Å
壳层 Rg shell_rg20.84 Å
包络 Rg envelope_rg15.21 Å
形状 Rg shape_rg14.84 Å
总 Rg total_rg16.08 Å
总原子数 total_atoms1226
残基数 n_residues159
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.4 Å
Rg (实空间) rg_real15.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real6.1900e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.5960e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6190000.0000
解质量估计 total_estimate0.6452
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.5 Å
偏度 Skewness skewness0.098
峰度 Kurtosis kurtosis-0.384
角度范围 angular_range— – 0.4950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1448000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.302; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4xwxA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)