SAXSdb — 4y49

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 × 1 （P07347） N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5 × 1 （Q08689） ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA × 1 GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 ACETYL COENZYME A × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 × 1 （P07347） N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5 × 1 （Q08689） ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA × 1 GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 ACETYL COENZYME A × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 × 1 （P07347） N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5 × 1 （Q08689） ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA × 1 GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 ACETYL COENZYME A × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NAT1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 G； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854 作者链 M； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854

N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P07347

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 × 1 （P12945） N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5 × 1 （Q08689） ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA × 1 GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 ACETYL COENZYME A × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 × 1 （P12945） N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5 × 1 （Q08689） ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA × 1 GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 ACETYL COENZYME A × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 × 1 （P12945） N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5 × 1 （Q08689） ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA × 1 GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 ACETYL COENZYME A × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARD1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 H； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 N； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238

N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q08689

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 × 1 （P12945） N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 × 1 （P07347） ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA × 1 GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 ACETYL COENZYME A × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 × 1 （P12945） N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 × 1 （P07347） ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA × 1 GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 ACETYL COENZYME A × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 × 1 （P12945） N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 × 1 （P07347） ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA × 1 GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 ACETYL COENZYME A × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NAT5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 I； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 O； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4y49
沉积日期 deposition_date	2015-02-10
结构标题 title	Crystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase (ppGpp) NatE in complex with a bisubstrate
关键词 keywords	N-terminal acetyltransferase, NatE, ppGpp, bisubstrate, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4y49__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4y49__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4y49__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.38 Å
Rg（电子密度）	33.65 Å
总 Rg	34.07 Å
原子数	6728
残基数	1095
排除体积	112690 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4y49__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4y49__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4y49__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
分子量 formula_weight	99084.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,M
原子数 atom_count	20122

MSRKRSTKPKPAAKIALKKYNDQFLEALKLYEGKQYKKSLKLLDAILKKDGSHVDSLALKGLDLYSVGEKDDAASYVANAIRKIEGASASPICCHVLGIYMRNTKEYKESIKWFTAALNNGSTNKQIYRDLATLQSQIGDFKNALVSRKKYWEAFLGYRANWTSLAVAQDVNGERQQAINTLSQFEKLAEGKISDSEKYEHSECLMYKNDIMYKAASDNQDKLQNVLKHLNDIEPCVFDKFGLLERKATIYMKLGQLKDASIVYRTLIKRNPDNFKYYKLLEVSLGIQGDNKLKKALYGKLEQFYPRCEPPKFIPLTFLQDKEELSKKLREYVLPQLERGVPATFSNVKPLYQRRKSKVSPLLEKIVLDYLSGLDPTQDPIPFIWTNYYLSQHFLFLKDFPKAQEYIDAALDHTPTLVEFYILKARILKHLGLMDTAAGILEEGRQLDLQDRFINCKTVKYFLRANNIDKAVEVASLFTKNDDSVNGIKDLHLVEASWFIVEQAEAYYRLYLDRKKKLDDLASLKKEVESDKSEQIANDIKENQWLVRKYKGLALKRFNAIPKFYKQFEDDQLDFHSYCMRKGTPRAYLEMLEWGKALYTKPMYVRAMKEASKLYFQMHDDRLKRKSDSLDENSDEIQNNGQNSSSQKKKAKKEAAAMNKRKETEAKSVAAYPSDQDNDVFGEKLIETSTPMEDFATEFYNNYSMQVREDERDYILDFEFNYRIGKLALCFASLNKFAKRFGTTSGLFGSMAIVLLHATRNDTPFDPILKKVVTKSLEKEYSENFPLNEISNNSFDWLNFYQEKFGKNDINGLLFLYRYRDDVPIGSSNLKEMIISSLSPLEPHSQNEILQYYL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
分子量 formula_weight	27635.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.88
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H,N

MPINIRRATINDIICMQNANLHNLPENYMMKYYMYHILSWPEASFVATTTTLDCEDSDEQDENDKLELTLDGTNDGRTIKLDPTYLAPGEKLVGYVLVKMNDDPDQQNEPPNGHITSLSVMRTYRRMGIAENLMRQALFALREVHQAEYVSLHVRQSNRAALHLYRDTLAFEVLSIEKSYYQDGEDAYAMKKVLKLEELQISNFTHRRLKENEEKLEDDLESDLLEDIIKQGVNDIIV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5
分子量 formula_weight	19753.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I,O

MGRDICTLDNVYANNLGMLTKLAHVTVPNLYQDAFFSALFAEDSLVAKNKKPSSKKDVHFTQMAYYSEIPVGGLVAKLVPKKQNELSLKGIQIEFLGVLPNYRHKSIGSKLLKFAEDKCSECHQHNVFVYLPAVDDLTKQWFIAHGFEQVGETVNNFIKGVNGDEQDAILLKKHIS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA
分子量 formula_weight	1058.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,K,Q

SYSMEHFR

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE
分子量 formula_weight	603.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CARBOXYMETHYL COENZYME *A
分子量 formula_weight	825.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETYL COENZYME *A
分子量 formula_weight	809.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4y49B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

结构域编号 domain_id	4y49C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

结构域编号 domain_id	4y49H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

结构域编号 domain_id	4y49I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

结构域编号 domain_id	4y49N00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

结构域编号 domain_id	4y49O00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

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晶胞边长 a length_a	111.723 Å
晶胞边长 b length_b	146.486 Å
晶胞边长 c length_c	254.107 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.950 Å
最低分辨率 resolution_low	49.630 Å
R 因子 r_factor	0.3580
R_work r_work	0.3548
R_free r_free	0.4209

Crystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase (ppGpp) NatE in complex with a bisubstrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4y49__assembly_2__model_1

4y49__assembly_2__model_1 | I(q)

4y49__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase (ppGpp) NatE in complex with a bisubstrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4y49__assembly_2__model_1

4y49__assembly_2__model_1 | I(q)

4y49__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)