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4yax

Crystal structure of TRIM24 PHD-bromodomain complexed with N-[6-(4-methoxyphenoxy)-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzodiazol-5-yl]benzenesulfonamide (5g)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription intermediary factor 1-alpha

Homo sapiens

UniProt O15164

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 N-[6-(4-methoxyphenoxy)-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl]benzenesulfonamide × 1 ZINC ION × 2 GLYCEROL × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 N-[6-(4-methoxyphenoxy)-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl]benzenesulfonamide × 1 ZINC ION × 2 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3o33 3o33 3o33 3o33 4yab 4yab 4yad 4yad 4yat 4yat 4yax 4yax

共 35 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
2yyn 2yyn 2yyn 2yyn

共 4 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3o34 3o35 3o35 3o36 3o36 3o37 3o37 3o37 3o37

共 9 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIF1A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–184； UniProt 824–1006 作者链 B； PDB构建体 2–184； UniProt 824–1006

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4yax
沉积日期 deposition_date2015-02-18
结构标题 titleCrystal structure of TRIM24 PHD-bromodomain complexed with N-[6-(4-methoxyphenoxy)-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzodiazol-5-yl]benzenesulfonamide (5g)
关键词 keywordsCenter for Biomolecular Structure and Function, Bromodomain, TRIM24, inhibitor, TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex; TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4yax__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4yax__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4yax__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）18.33 Å
Rg（电子密度）17.29 Å
总 Rg18.32 Å
原子数1497
残基数180
排除体积26844 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4yax__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4yax__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4yaxA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
结构域编号 domain_id4yaxA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like
结构域编号 domain_id4yaxB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
结构域编号 domain_id4yaxB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like
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7. 引用文献 (1)