4yef

beta1 carbohydrate binding module (CBM) of AMP-activated protein kinase (AMPK) in complex with glucosyl-beta-cyclododextrin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 ;

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 76–156	片段：UNP residues 76-156	Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；281.15 K；0.2 M lithium sulphate, 25 % w/v PEG 8000 and 0.1 M sodium acetate pH 4.5	分辨率 1.72 Å R-free 0.213
2	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 76–156	片段：UNP residues 76-156	Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；281.15 K；0.2 M lithium sulphate, 25 % w/v PEG 8000 and 0.1 M sodium acetate pH 4.5	分辨率 1.72 Å R-free 0.213
3	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 76–156	片段：UNP residues 76-156	Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；281.15 K；0.2 M lithium sulphate, 25 % w/v PEG 8000 and 0.1 M sodium acetate pH 4.5	分辨率 1.72 Å R-free 0.213
4	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 76–156	片段：UNP residues 76-156	Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；281.15 K；0.2 M lithium sulphate, 25 % w/v PEG 8000 and 0.1 M sodium acetate pH 4.5	分辨率 1.72 Å R-free 0.213
5	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 76–156	片段：UNP residues 76-156	Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；281.15 K；0.2 M lithium sulphate, 25 % w/v PEG 8000 and 0.1 M sodium acetate pH 4.5	分辨率 1.72 Å R-free 0.213
6	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 76–156	片段：UNP residues 76-156	Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；281.15 K；0.2 M lithium sulphate, 25 % w/v PEG 8000 and 0.1 M sodium acetate pH 4.5	分辨率 1.72 Å R-free 0.213
7	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 76–156	片段：UNP residues 76-156	Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；281.15 K；0.2 M lithium sulphate, 25 % w/v PEG 8000 and 0.1 M sodium acetate pH 4.5	分辨率 1.72 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4YEF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z0M the glycogen-binding domain of the AMP-activated protein kinase beta1 subunit 提交 2005-03-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 67–162（96 aa）片段：68-163 of beta1 subunit	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；299 K；PEG, monomethyl ether 5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K	分辨率 1.91 Å R-free 0.243
1Z0M the glycogen-binding domain of the AMP-activated protein kinase beta1 subunit 提交 2005-03-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 67–162（96 aa）片段：68-163 of beta1 subunit	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；299 K；PEG, monomethyl ether 5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K	分辨率 1.91 Å R-free 0.243
1Z0M the glycogen-binding domain of the AMP-activated protein kinase beta1 subunit 提交 2005-03-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 67–162（96 aa）片段：68-163 of beta1 subunit	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；299 K；PEG, monomethyl ether 5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K	分辨率 1.91 Å R-free 0.243
1Z0N the glycogen-binding domain of the AMP-activated protein kinase 提交 2005-03-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 67–162（96 aa）片段：68-163 fragment	突变：L105M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；299 K；PEG, monomethyl ether 5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K	分辨率 1.49 Å R-free 0.213
1Z0N the glycogen-binding domain of the AMP-activated protein kinase 提交 2005-03-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 67–162（96 aa）片段：68-163 fragment	突变：L105M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；299 K；PEG, monomethyl ether 5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K	分辨率 1.49 Å R-free 0.213
1Z0N the glycogen-binding domain of the AMP-activated protein kinase 提交 2005-03-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 67–162（96 aa）片段：68-163 fragment	突变：L105M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；299 K；PEG, monomethyl ether 5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K	分辨率 1.49 Å R-free 0.213
4EAG Co-crystal structure of an chimeric AMPK core with ATP 提交 2012-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 187–270（84 aa）片段：UNP residues 187-270	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.02；298 K；MES, 12% Methanol, 2% 1,4-butanodiol, pH 6.02 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.252
4EAK Co-crystal structure of an AMPK core with ATP 提交 2012-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 200–270（71 aa）片段：UNP residues 200-270	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；298 K；0.1M MES pH 5.9, 18% IPP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
4EAL Co-crystal of AMPK core with ATP soaked with AMP 提交 2012-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 200–270（71 aa）片段：UNP residues 200-270	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；298 K；0.1M MES pH5.9, 18% IPP, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.51 Å R-free 0.277
4QFG Structure of AMPK in complex with STAUROSPORINE inhibitor and in the absence of a synthetic activator 提交 2014-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 67–269（203 aa）片段：AMPK beta1	突变：S108D	STU STAUROSPORINE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.46 Å R-free 0.267
4QFG Structure of AMPK in complex with STAUROSPORINE inhibitor and in the absence of a synthetic activator 提交 2014-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 67–269（203 aa）片段：AMPK beta1	突变：S108D	STU STAUROSPORINE × 2 CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 6 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.46 Å R-free 0.267
4QFR Structure of AMPK in complex with Cl-A769662 activator and STAUROSPORINE inhibitor 提交 2014-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 68–270（203 aa）片段：AMPK beta 1	突变：S108D	STU STAUROSPORINE × 1 CL CHLORIDE ION × 5 32J 2-chloro-4-hydroxy-3-(2'-hydroxybiphenyl-4-yl)-6-oxo-6,7-dihydrothieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.34 Å R-free 0.249
4QFR Structure of AMPK in complex with Cl-A769662 activator and STAUROSPORINE inhibitor 提交 2014-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 68–270（203 aa）片段：AMPK beta 1	突变：S108D	STU STAUROSPORINE × 2 CL CHLORIDE ION × 10 32J 2-chloro-4-hydroxy-3-(2'-hydroxybiphenyl-4-yl)-6-oxo-6,7-dihydrothieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.34 Å R-free 0.249
4QFR Structure of AMPK in complex with Cl-A769662 activator and STAUROSPORINE inhibitor 提交 2014-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 68–270（203 aa）片段：AMPK beta 1	突变：S108D	STU STAUROSPORINE × 2 CL CHLORIDE ION × 10 32J 2-chloro-4-hydroxy-3-(2'-hydroxybiphenyl-4-yl)-6-oxo-6,7-dihydrothieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.34 Å R-free 0.249
4QFS Structure of AMPK in complex with Br2-A769662core activator and STAUROSPORINE inhibitor 提交 2014-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 68–270（203 aa）片段：AMPK beta 1	突变：S108D	STU STAUROSPORINE × 1 32H 2-bromo-3-(4-bromophenyl)-4-hydroxy-6-oxo-6,7-dihydrothieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 CL CHLORIDE ION × 5 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.55 Å R-free 0.269
4QFS Structure of AMPK in complex with Br2-A769662core activator and STAUROSPORINE inhibitor 提交 2014-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 68–270（203 aa）片段：AMPK beta 1	突变：S108D	STU STAUROSPORINE × 2 32H 2-bromo-3-(4-bromophenyl)-4-hydroxy-6-oxo-6,7-dihydrothieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 2 CL CHLORIDE ION × 10 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.55 Å R-free 0.269
5KQ5 AMPK bound to allosteric activator 提交 2016-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 68–270（203 aa）片段：residues 68-270	突变：S108D	STU STAUROSPORINE × 1 6VT 6-chloranyl-5-[4-(1-oxidanylcyclobutyl)phenyl]-1~{H}-indole-3-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；~750 mM Ammonium Acetate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM trisodium citrate, 1% ethylene glycol	分辨率 3.41 Å R-free 0.259
5T5T AMPK bound to allosteric activator 提交 2016-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 68–270（203 aa）	突变：S108D, Q109H	STU STAUROSPORINE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 75O 6-chloro-5-[6-(dimethylamino)-2-methoxypyridin-3-yl]-1H-indole-3-carboxylic acid × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；100 mM trisodium citrate, 500 mM ammonium sulfate, 900 mM lithium sulfate, and 4% glycerol	分辨率 3.46 Å R-free 0.231
5T5T AMPK bound to allosteric activator 提交 2016-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 68–270（203 aa）	突变：S108D, Q109H	STU STAUROSPORINE × 2 CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 4 75O 6-chloro-5-[6-(dimethylamino)-2-methoxypyridin-3-yl]-1H-indole-3-carboxylic acid × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；100 mM trisodium citrate, 500 mM ammonium sulfate, 900 mM lithium sulfate, and 4% glycerol	分辨率 3.46 Å R-free 0.231
5UFU Structure of AMPK bound to activator 提交 2017-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 68–270（203 aa）	未记录	STU STAUROSPORINE × 1 85V 1,4:3,6-dianhydro-2-O-(6-chloro-5-{4-[1-(hydroxymethyl)cyclopropyl]phenyl}-1H-benzimidazol-2-yl)-D-mannitol × 1 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 mM ammonium sulfate 500 mM lithium sulfate 100 mM trisodium citrate 1% ethylene glycol	分辨率 3.45 Å R-free 0.238
5UFU Structure of AMPK bound to activator 提交 2017-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 68–270（203 aa）	未记录	STU STAUROSPORINE × 2 85V 1,4:3,6-dianhydro-2-O-(6-chloro-5-{4-[1-(hydroxymethyl)cyclopropyl]phenyl}-1H-benzimidazol-2-yl)-D-mannitol × 2 CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 mM ammonium sulfate 500 mM lithium sulfate 100 mM trisodium citrate 1% ethylene glycol	分辨率 3.45 Å R-free 0.238
6E4T Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 68–270（203 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HTV 1-O-{6-chloro-5-[4-(1-hydroxycyclobutyl)phenyl]-1H-indole-3-carbonyl}-beta-D-glucopyranuronic acid × 1 STU STAUROSPORINE × 1 CL CHLORIDE ION × 5 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.40 Å R-free 0.245
6E4T Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 68–270（203 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HTV 1-O-{6-chloro-5-[4-(1-hydroxycyclobutyl)phenyl]-1H-indole-3-carbonyl}-beta-D-glucopyranuronic acid × 2 STU STAUROSPORINE × 2 CL CHLORIDE ION × 10 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.40 Å R-free 0.245
6E4U Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 68–270（203 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 HU7 1-O-{6-chloro-5-[6-(dimethylamino)-2-methoxypyridin-3-yl]-1H-indole-3-carbonyl}-beta-D-glucopyranuronic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.27 Å R-free 0.231
6E4U Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 68–270（203 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 2 HU7 1-O-{6-chloro-5-[6-(dimethylamino)-2-methoxypyridin-3-yl]-1H-indole-3-carbonyl}-beta-D-glucopyranuronic acid × 2 CL CHLORIDE ION × 8 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.27 Å R-free 0.231
6E4W Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 68–270（203 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 HUG 1-O-(4,6-difluoro-5-{4-[(2S)-oxan-2-yl]phenyl}-1H-indole-3-carbonyl)-beta-D-glucopyranuronic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 3 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.35 Å R-free 0.244
6E4W Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 68–270（203 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 2 HUG 1-O-(4,6-difluoro-5-{4-[(2S)-oxan-2-yl]phenyl}-1H-indole-3-carbonyl)-beta-D-glucopyranuronic acid × 2 CL CHLORIDE ION × 6 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.35 Å R-free 0.244

共 14 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAKB1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–89； UniProt 76–156 作者链 B； PDB构建体 9–89； UniProt 76–156 作者链 C； PDB构建体 9–89； UniProt 76–156 作者链 D； PDB构建体 9–89； UniProt 76–156 作者链 E； PDB构建体 9–89； UniProt 76–156 作者链 F； PDB构建体 9–89； UniProt 76–156 作者链 G； PDB构建体 9–89； UniProt 76–156

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4yef
沉积日期 deposition_date	2015-02-24
结构标题 title	beta1 carbohydrate binding module (CBM) of AMP-activated protein kinase (AMPK) in complex with glucosyl-beta-cyclododextrin
关键词 keywords	carbohydrate binding module, CBM, AMPK, AMP-activated protein kinase, cyclodextrin, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.24 Å
零角强度 I(0) i0	81190700.00
分子量 molecular_weight	70241.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87436 Å³
包络体积 envelope_volume	120250 Å³
水化壳体积 shell_volume	33813 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.48 Å
包络 Rg envelope_rg	30.74 Å
形状 Rg shape_rg	31.20 Å
总 Rg total_rg	31.86 Å
总原子数 total_atoms	4956
残基数 n_residues	558
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	81190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8884
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.294
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7890000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.821

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 ;
分子量 formula_weight	9910.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	6310

GPLGSPNSQARPTVFRWTGGGKEVYLSGSFNNWSKLPLTRSQNNFVAILDLPEGEHQYKFFVDGQWTHDPSEPIVTSQLGTVNNIIQVK

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose)
分子量 formula_weight	1153.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	684

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d4yefa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.21 — AMPK-beta glycogen binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4yefb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.21 — AMPK-beta glycogen binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4yefb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4yefc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.21 — AMPK-beta glycogen binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4yefd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.21 — AMPK-beta glycogen binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4yefe1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.21 — AMPK-beta glycogen binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4yefe2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4yeff_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.21 — AMPK-beta glycogen binding domain-like

结构域编号 domain_id	d4yefg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.21 — AMPK-beta glycogen binding domain-like

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	4yefA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4yefB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4yefC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4yefD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4yefE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4yefF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4yefG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.718 Å
晶胞边长 b length_b	68.394 Å
晶胞边长 c length_c	92.211 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	111.72 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.06 °
晶胞分子数 Z z_pdb	7

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.720 Å
最低分辨率 resolution_low	43.710 Å
R 因子 r_factor	0.1794
R_work r_work	0.1777
R_free r_free	0.2131

fit	/app/data/saxs_computation/ye/4yef/4yef.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ye/4yef/4yef.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ye/4yef/4yef.dat