4ygc

Crystal structure of ERGIC-53/MCFD2, monoclinic calcium-bound form 1

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein ERGIC-53

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Multiple coagulation factor deficiency protein 2 × 1 （Q8NI22） CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Multiple coagulation factor deficiency protein 2 × 1 （Q8NI22） CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Multiple coagulation factor deficiency protein 2 × 1 （Q8NI22） CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Multiple coagulation factor deficiency protein 2 × 1 （Q8NI22） CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LMAN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–246； UniProt 31–269 作者链 C； PDB构建体 8–246； UniProt 31–269 作者链 E； PDB构建体 8–246； UniProt 31–269 作者链 G； PDB构建体 8–246； UniProt 31–269

Multiple coagulation factor deficiency protein 2

Homo sapiens

UniProt Q8NI22

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein ERGIC-53 × 1 （P49257） CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein ERGIC-53 × 1 （P49257） CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein ERGIC-53 × 1 （P49257） CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein ERGIC-53 × 1 （P49257） CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCFD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 25–104； UniProt 67–146 作者链 D； PDB构建体 25–104； UniProt 67–146 作者链 F； PDB构建体 25–104； UniProt 67–146 作者链 H； PDB构建体 25–104； UniProt 67–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ygc
沉积日期 deposition_date	2015-02-26
结构标题 title	Crystal structure of ERGIC-53/MCFD2, monoclinic calcium-bound form 1
关键词 keywords	BETA-SANDWICH, EF-HAND, CARGO RECEPTOR, CALCIUM BINDING, ER, ERGIC, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ygc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ygc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ygc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.48 Å
Rg（电子密度）	19.43 Å
总 Rg	20.46 Å
原子数	2312
残基数	292
排除体积	40649 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ygc__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ygc__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4ygc__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4ygc__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein ERGIC-53
分子量 formula_weight	27154.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	9345

MNHKVHMDGVGGDPAVALPHRRFEYKYSFKGPHLVQSDGTVPFWAHAGNAIPSSDQIRVAPSLKSQRGSVWTKTKAAFENWEVEVTFRVTGRGRIGADGLAIWYAENQGLEGPVFGSADLWNGVGIFFDSFDNDGKKNNPAIVIIGNNGQIHYDHQNDGASQALASCQRDFRNKPYPVRAKITYYQNTLTVMINNGFTPDKNDYEFCAKVENMIIPAQGHFGISAATGGLADDHDVLSFLTFQLTE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Multiple coagulation factor deficiency protein 2
分子量 formula_weight	12056.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHMLEMSPQELQLHYFKMHDYDGNNLLDGLELSTAITHVHKEEGSEQAPLMSEDELINIIDGVLRDDDKNNDGYIDYAEFAKSLQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	238

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4ygca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.13 — Lectin leg-like

结构域编号 domain_id	d4ygcc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.13 — Lectin leg-like

结构域编号 domain_id	d4ygce_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.13 — Lectin leg-like

结构域编号 domain_id	d4ygcg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.13 — Lectin leg-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4ygcA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	4ygcB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	4ygcC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	4ygcD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	4ygcE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	4ygcF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	4ygcG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	4ygcH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

▶

晶胞边长 a length_a	73.616 Å
晶胞边长 b length_b	168.892 Å
晶胞边长 c length_c	73.955 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2460

Crystal structure of ERGIC-53/MCFD2, monoclinic calcium-bound form 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein ERGIC-53

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Multiple coagulation factor deficiency protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ygc__assembly_1__model_1

4ygc__assembly_1__model_1 | I(q)

4ygc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of ERGIC-53/MCFD2, monoclinic calcium-bound form 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein ERGIC-53

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Multiple coagulation factor deficiency protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ygc__assembly_1__model_1

4ygc__assembly_1__model_1 | I(q)

4ygc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)