SAXSdb — 4ygy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CTDS1_HUMAN
Isoform	Q9GZU7-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–189； UniProt 76–260 作者链 B； PDB构建体 5–189； UniProt 76–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ygy
沉积日期 deposition_date	2015-02-26
结构标题 title	Crystal Structure of Human Scp1 bound to trans-proline peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide
关键词 keywords	Phosphatase, Peptidomimetic, Complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ygy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ygy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ygy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.45 Å
Rg（电子密度）	16.19 Å
总 Rg	17.22 Å
原子数	1491
残基数	182
排除体积	26557 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ygy__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ygy__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4ygy__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4ygy__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
分子量 formula_weight	21573.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
突变 mutation	D96N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3044

GSHGQYLLPEAKAQDSDKICVVINLDETLVHSSFKPVNNADFIIPVEIDGVVHQVYVLKRPHVDEFLQRMGELFECVLFTASLAKYADPVADLLDKWGAFRARLFRESCVFHRGNYVKDLSRLGRDLRRVLILDNSPASYVFHPDNAVPVASWFDNMSDTELHDLLPFFEQLSRVDDVYSVLRQPRPGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide
分子量 formula_weight	1259.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

XSPYSPTXSYSX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	62

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4ygyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	4ygyB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

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晶胞边长 a length_a	125.280 Å
晶胞边长 b length_b	78.335 Å
晶胞边长 c length_c	63.031 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.360 Å
最低分辨率 resolution_low	64.860 Å
R 因子 r_factor	0.1862
R_work r_work	0.1832
R_free r_free	0.2462

Crystal Structure of Human Scp1 bound to trans-proline peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ygy__assembly_1__model_1

4ygy__assembly_1__model_1 | I(q)

4ygy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Human Scp1 bound to trans-proline peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ygy__assembly_1__model_1

4ygy__assembly_1__model_1 | I(q)

4ygy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)