4yil

OYE1 W116A COMPLEXED WITH (Z)-METHYL 3-CYANO-3-(4-FLUOROPHENYL)ACRYLATE IN A NON PRODUCTIVE BINDING MODE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.0 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH dehydrogenase 1

Saccharomyces pastorianus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–398	突变：W116A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 4D3 methyl (2Z)-3-cyano-3-(4-fluorophenyl)prop-2-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M Na HEPES, 35% PEG 400,	分辨率 1.46 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4YIL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BWK OLD YELLOW ENZYME (OYE1) MUTANT H191N 提交 1998-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–399（399 aa）	突变：H191N	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.3；pH 8.3	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
1BWL OLD YELLOW ENZYME (OYE1) DOUBLE MUTANT H191N:N194H 提交 1998-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–399（399 aa）	突变：H191N:N194H	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.3；pH 8.3	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
1K02 Crystal Structure of Old Yellow Enzyme Mutant Gln114Asn 提交 2001-09-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–399（399 aa）	突变：Q114N	MG MAGNESIUM ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；PEG-400, HEPES, Magnesium Chloride, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å
1K03 Crystal Structure of Old Yellow Enzyme Mutant Gln114Asn Complexed with Para-hydroxy Benzaldehyde 提交 2001-09-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–399（399 aa）	突变：Q114N	MG MAGNESIUM ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；PEG-400, HEPES, Magnesium chloride, para-hydroxy benzaldehyde, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å
1OYA OLD YELLOW ENZYME AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION: OVERALL STRUCTURE, LIGAND BINDING AND COMPARISON WITH RELATED FLAVOPROTEINS 提交 1994-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–399（399 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
1OYB OLD YELLOW ENZYME AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION: OVERALL STRUCTURE, LIGAND BINDING AND COMPARISON WITH RELATED FLAVOPROTEINS 提交 1994-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–399（399 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
1OYC OLD YELLOW ENZYME AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION: OVERALL STRUCTURE, LIGAND BINDING AND COMPARISON WITH RELATED FLAVOPROTEINS 提交 1994-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–399（399 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
3RND W116I-OYE1 complexed with 2-(Hydroxymethyl)-cyclopent-2-enone 提交 2011-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–400（399 aa）	突变：W116I	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 3RN 2-(hydroxymethyl)cyclopent-2-en-1-one × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.1M hepes, 35% PEG 400, 0.2M Mg2Cl2, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.40 Å R-free 0.168
3TX9 OYE1 complexed with 2-(Hydroxymethyl)-cyclopent-2-enone 提交 2011-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 3RN 2-(hydroxymethyl)cyclopent-2-en-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 35-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
3TXZ OYE1-W116Q complexed with R-carvone 提交 2011-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116Q	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 07V (5R)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.186
4GBU OYE1-W116A in complex with aromatic product of S-carvone dismutation 提交 2012-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116A	MG MAGNESIUM ION × 4 0WV 2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)phenol × 2 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 10 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 10 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；35% Peg400, 0.2M MgCl2, 0.1M Na Hepes, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.18 Å R-free 0.121
4GE8 OYE1-W116I complexed with (s)-Carvone 提交 2012-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116I	MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 6 NA SODIUM ION × 8 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 8 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 0WU (5S)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 35%peg400, 0.1M NaHepes, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.170
4GWE W116L-OYE1 complexed with (R)-carvone 提交 2012-09-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116L	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 07V (5R)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.1M hepes, 0.2M MgCl2, 35%peg400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.145
4GXM OYE1-W116L in complex with aromatic product of R-carvone dismutation 提交 2012-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：w116L	MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 5 NA SODIUM ION × 4 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 0WV 2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M Hepes, 35%PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.36 Å R-free 0.137
4H4I OYE1-W116V complexed with the dismutation product of (S)-carvone 提交 2012-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116V	MG MAGNESIUM ION × 6 0WV 2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)phenol × 2 NA SODIUM ION × 10 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 10 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 35%PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.25 Å R-free 0.146
4H6K W116I mutant of OYE1 提交 2012-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–400（399 aa）	突变：W116I	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.1M hepes, 0.2M MgCl2, peg400 35%, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.55 Å R-free 0.204
4K7V OYE1-W116A complexed with (R)-carvone 提交 2013-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 07V (5R)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one × 2 NA SODIUM ION × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.52 Å R-free 0.183
4K7Y Oye1-w116t 提交 2013-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116T	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.20 Å R-free 0.135
4K8E OYE1-W116V complexed with the aromatic product of (R)-carvone dismutation 提交 2013-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116V	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 0WV 2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)phenol × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 NA SODIUM ION × 8 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.27 Å R-free 0.127
4K8H OYE1-W116V complexed with (R)-carvone 提交 2013-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116V	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 4 07V (5R)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one × 2 NA SODIUM ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.55 Å R-free 0.162
4RNU G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 A 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.68 Å R-free 0.283
4RNU G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 B 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.68 Å R-free 0.283
4RNU G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 C 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.68 Å R-free 0.283
4RNU G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 D 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.68 Å R-free 0.283
4RNV G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme with the Inhibitor p-Hydroxybenzaldehyde 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 A 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
4RNV G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme with the Inhibitor p-Hydroxybenzaldehyde 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 B 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
4RNV G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme with the Inhibitor p-Hydroxybenzaldehyde 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 C 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
4RNV G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme with the Inhibitor p-Hydroxybenzaldehyde 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 D 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
4RNW Truncated version of the G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 307–397（91 aa）片段：UNP residues 307-397, 2-292 链 A 2–292（291 aa）片段：UNP residues 307-397, 2-292	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；20% PEG 10000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.55 Å R-free 0.231
4RNW Truncated version of the G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 307–397（91 aa）片段：UNP residues 307-397, 2-292 链 B 2–292（291 aa）片段：UNP residues 307-397, 2-292	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；20% PEG 10000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.55 Å R-free 0.231
4RNX K154 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 154–397（244 aa）片段：UNP residues 154-397, 2-153 链 A 2–153（152 aa）片段：UNP residues 154-397, 2-153	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；30% PEG 2KMME, 0.1M Potassium Thiocyanate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.25 Å R-free 0.162
4RNX K154 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 154–397（244 aa）片段：UNP residues 154-397, 2-153 链 B 2–153（152 aa）片段：UNP residues 154-397, 2-153	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；30% PEG 2KMME, 0.1M Potassium Thiocyanate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.25 Å R-free 0.162
4YNC OYE1 W116A COMPLEXED WITH (Z)-METHYL-3-CYANO-3-PHENYLACRYLATE IN A NON PRODUCTIVE BINDING MODE 提交 2015-03-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–398（397 aa）	突变：W116A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 4EG methyl (2Z)-3-cyano-3-phenylprop-2-enoate × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M NaHEPES, 35% PEG 400	分辨率 1.50 Å R-free 0.172

共 25 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OYE1_SACPS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–397； UniProt 2–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4yil
沉积日期 deposition_date	2015-03-02
结构标题 title	OYE1 W116A COMPLEXED WITH (Z)-METHYL 3-CYANO-3-(4-FLUOROPHENYL)ACRYLATE IN A NON PRODUCTIVE BINDING MODE
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, CATALYTIC ACTIVITY, FMN BINDING; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.01 Å
零角强度 I(0) i0	34028000.00
分子量 molecular_weight	45213.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56505 Å³
包络体积 envelope_volume	61968 Å³
水化壳体积 shell_volume	24919 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.7 Å
壳层 Rg shell_rg	27.60 Å
包络 Rg envelope_rg	20.27 Å
形状 Rg shape_rg	19.99 Å
总 Rg total_rg	20.98 Å
总原子数 total_atoms	3207
残基数 n_residues	397
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8973
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.140
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.417
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7293000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.999

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NADPH dehydrogenase 1
分子量 formula_weight	44567.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.99.1
突变 mutation	W116A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3799

SFVKDFKPQALGDTNLFKPIKIGNNELLHRAVIPPLTRMRALHPGNIPNRDWAVEYYTQRAQRPGTMIITEGAFISPQAGGYDNAPGVWSEEQMVEWTKIFNAIHEKKSFVWVQLAVLGWAAFPDNLARDGLRYDSASDNVFMDAEQEAKAKKANNPQHSLTKDEIKQYIKEYVQAAKNSIAAGADGVEIHSANGYLLNQFLDPHSNTRTDEYGGSIENRARFTLEVVDALVEAIGHEKVGLRLSPYGVFNSMSGGAETGIVAQYAYVAGELEKRAKAGKRLAFVHLVEPRVTNPFLTEGEGEYEGGSNDFVYSIWKGPVIRAGNFALHPEVVREEVKDKRTLIGYGRFFISNPDLVDRLEKGLPLNKYDRDTFYQMSAHGYIDYPTYEEALKLGWD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces pastorianus
通用名 common_name	Lager yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	27292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	methyl (2Z)-3-cyano-3-(4-fluorophenyl)prop-2-enoate
分子量 formula_weight	205.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	483

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4yila_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	141.395 Å
晶胞边长 b length_b	141.395 Å
晶胞边长 c length_c	42.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.461 Å
最低分辨率 resolution_low	32.521 Å
R 因子 r_factor	0.1654
R_work r_work	0.1648
R_free r_free	0.1885

fit	/app/data/saxs_computation/yi/4yil/4yil.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yi/4yil/4yil.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yi/4yil/4yil.dat