4yln

E. coli Transcription Initiation Complex - 17-bp spacer and 4-nt RNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_ECO24
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–242； UniProt 1–235 作者链 B； PDB构建体 8–242； UniProt 1–235 作者链 G； PDB构建体 8–242； UniProt 1–235 作者链 H； PDB构建体 8–242； UniProt 1–235 作者链 M； PDB构建体 8–242； UniProt 1–235 作者链 N； PDB构建体 8–242； UniProt 1–235

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Escherichia coli

UniProt A7ZUK1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_ECO24
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1342； UniProt 1–1342 作者链 I； PDB构建体 1–1342； UniProt 1–1342 作者链 O； PDB构建体 1–1342； UniProt 1–1342

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Escherichia coli

UniProt A7ZUK2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOC_ECO24
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1407； UniProt 1–1407 作者链 J； PDB构建体 1–1407； UniProt 1–1407 作者链 P； PDB构建体 1–1407； UniProt 1–1407

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Escherichia coli

UniProt A7ZTK1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOZ_ECO24
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–90； UniProt 2–91 作者链 K； PDB构建体 1–90； UniProt 2–91 作者链 Q； PDB构建体 1–90； UniProt 2–91

RNA polymerase sigma factor RpoD

Escherichia coli

UniProt P00579

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A7ZSI4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A7ZUK1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A7ZUK2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A7ZTK1） NT strand DNA (49-MER) × 1 T strand DNA (49-MER) × 1 ;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 16–628； UniProt 1–613 作者链 L； PDB构建体 16–628； UniProt 1–613 作者链 R； PDB构建体 16–628； UniProt 1–613

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4yln
沉积日期 deposition_date	2015-03-05
结构标题 title	E. coli Transcription Initiation Complex - 17-bp spacer and 4-nt RNA
关键词 keywords	RNA Polymerase, Initiation Complex, DNA Bubble, TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex; TRANSCRIPTION/DNA/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4yln__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4yln__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4yln__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.89 Å
Rg（电子密度）	51.52 Å
总 Rg	51.74 Å
原子数	31536
残基数	3849
排除体积	554570 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4yln__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4yln__assembly_2__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4yln__assembly_3__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	26899.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H,M,N
原子数 atom_count	94608

AHHHHHHMQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILEILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIHSEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	150820.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I,O

MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVFDVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSDKGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQMELVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLDLLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAVGRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLSLGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCPIETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKGESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKRGGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNMRVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGGDILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDLSEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGDDLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMAAKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLKLGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	155366.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,J,P

MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKHRGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQILTEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILTVLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSNKRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKMVEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEARALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDANGELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVGIDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFNSIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRLVDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAVKVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKLSNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDMIDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDTLARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFEGERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQVEYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAGTGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDNE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	10118.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,K,Q

ARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAELQAVTAIAEGRR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor RpoD
分子量 formula_weight	72206.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L,R

MRGSHHHHHHTDQFTMEQNPQSQLKLLVTRGKEQGYLTYAEVNDHLPEDIVDSDQIEDIIQMINDMGIQVMEEAPDADDLMLAENTADEDAAEAAAQVLSSVESEIGRTTDPVRMYMREMGTVELLTREGEIDIAKRIEDGINQVQCSVAEYPEAITYLLEQYDRVEAEEARLSDLITGFVDPNAEEDLAPTATHVGSELSQEDLDDDEDEDEEDGDDDSADDDNSIDPELAREKFAELRAQYVVTRDTIKAKGRSHATAQEEILKLSEVFKQFRLVPKQFDYLVNSMRVMMDRVRTQERLIMKLCVEQCKMPKKNFITLFTGNETSDTWFNAAIAMNKPWSEKLHDVSEEVHRALQKLQQIEEETGLTIEQVKDINRRMSIGEAKARRAKKEMVEANLRLVISIAKKYTNRGLQFLDLIQEGNIGLMKAVDKFEYRRGYKFSTYATWWIRQAITRSIADQARTIRIPVHMIETINKLNRISRQMLQEMGREPTPEELAERMLMPEDKIRKVLKIAKEPISMETPIGDDEDSHLGDFIEDTTLELPLDSATTESLRAATHDVLAGLTAREAKVLRMRFGIDMNTDYTLEEVGKQFDVTRERIRQIEAKALRKLRHPSRSEVLRSFLDD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	NT strand DNA (49-MER)
分子量 formula_weight	15024.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	1,4,7

ACTTGACATCCCACCTCACGTATGCTATAATGTGTGCAGTCTGACGCGG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	T strand DNA (49-MER)
分子量 formula_weight	15233.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2,5,8

CCGCGTCAGACTCGTAGGATTATAGCATACGTGAGGTGGGATGTCAAGT

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	;RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') ;
分子量 formula_weight	1440.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	3,6,9

GAGU

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

晶胞边长 a length_a	237.401 Å
晶胞边长 b length_b	206.052 Å
晶胞边长 c length_c	248.690 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.500 Å
最低分辨率 resolution_low	39.900 Å
R 因子 r_factor	0.2489
R_work r_work	0.2447
R_free r_free	0.3281

E. coli Transcription Initiation Complex - 17-bp spacer and 4-nt RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase sigma factor RpoD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4yln__assembly_1__model_1

4yln__assembly_1__model_1 | I(q)

4yln__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)