SAXSdb — 4ypy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	4-(1H-imidazol-5-yl)pyridine × 2 CITRATE ANION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRMD_HAEIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–254； UniProt 1–246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ypy
沉积日期 deposition_date	2015-03-13
结构标题 title	Crystal structure of TrmD, a M1G37 tRNA Methyltransferase with SAM-competitive compounds
关键词 keywords	TrmD, Dimerization, Models, SAM-binding, knot, transferase-transferase inhibitor complex; transferase/transferase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ypy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ypy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ypy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.02 Å
Rg（电子密度）	23.85 Å
总 Rg	24.68 Å
原子数	3758
残基数	478
排除体积	67050 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ypy__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
分子量 formula_weight	28384.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.228
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2094

GLVPRGSHMWIGVISLFPEMFKAITEFGVTGRAVKHNLLKVECWNPRDFTFDKHKTVDDRPYGGGPGMLMMVQPLRDAIHTAKAAAGEGAKVIYLSPQGRKLDQGGVTELAQNQKLILVCGRYEGIDERLIQTEIDEEWSIGDYVLTGGELPAMTLIDAVARFIPGVLGKQASAEEDSFADGLLDCPHYTRPEVLEGLTVPPVLMSGHHEEIRKWRLKQSLQRTWLRRPELLEGLALTDEQRKLLKEAQAEHNS

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	71421
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-(1H-imidazol-5-yl)pyridine
分子量 formula_weight	145.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	187

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4ypya1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.116 — alpha/beta knot
超家族 Superfamily superfamily	c.116.1 — alpha/beta knot
家族 Family family	c.116.1.4 — tRNA(m1G37)-methyltransferase TrmD

结构域编号 domain_id	d4ypya2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4ypyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1280 — Alpha/beta knot
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain

结构域编号 domain_id	4ypyA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Trp Operon Repressor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2

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晶胞边长 a length_a	93.843 Å
晶胞边长 b length_b	93.843 Å
晶胞边长 c length_c	178.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	29.040 Å
R 因子 r_factor	0.1625
R_work r_work	0.1608
R_free r_free	0.1853

Crystal structure of TrmD, a M1G37 tRNA Methyltransferase with SAM-competitive compounds

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ypy__assembly_1__model_1

4ypy__assembly_1__model_1 | I(q)

4ypy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of TrmD, a M1G37 tRNA Methyltransferase with SAM-competitive compounds

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ypy__assembly_1__model_1

4ypy__assembly_1__model_1 | I(q)

4ypy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)