4yw7

Structural Insight into Divalent Galactoside Binding to Pseudomonas aeruginosa lectin LecA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PA-I galactophilic lectin

Pseudomonas aeruginosa

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
10	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
11	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
12	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
13	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
14	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
15	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
16	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 ;(2R,3R,4S,5R,6R,2'R,3'R,4'S,5'R,6'R)-2,2'-([(2R,3R,4S,5S,6S)-3,4-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2,5-diyl]bis{1H-1,2,3-triazole-1,4-diyl[(2S,3R,4S,5S,6S)-3,4-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2,5-diyl]-1H-1,2,3-triazole-1,4-diylpropane-3,1-diyloxy})bis[6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triol] ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 beta-D-galactopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 ;(2R,3R,4S,5R,6R,2'R,3'R,4'S,5'R,6'R)-2,2'-([(2R,3R,4S,5S,6S)-3,4-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2,5-diyl]bis{1H-1,2,3-triazole-1,4-diyl[(2S,3R,4S,5S,6S)-3,4-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2,5-diyl]-1H-1,2,3-triazole-1,4-diylpropane-3,1-diyloxy})bis[6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triol] ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA1L_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 B； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 C； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 D； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 E； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 F； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 G； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 H； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 I； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 J； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 K； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 L； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 M； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 N； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 O； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 P； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4yw7
沉积日期 deposition_date	2015-03-20
结构标题 title	Structural Insight into Divalent Galactoside Binding to Pseudomonas aeruginosa lectin LecA
关键词 keywords	Galactosides, lectins, sugar binding protein; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4yw7__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4yw7__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4yw7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.97 Å
Rg（电子密度）	13.78 Å
总 Rg	14.89 Å
原子数	899
残基数	121
排除体积	15853 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4yw7__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4yw7__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4yw7__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4yw7__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4yw7__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`4yw7__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`4yw7__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`4yw7__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`4yw7__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`4yw7__assembly_10__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`4yw7__assembly_11__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`4yw7__assembly_12__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`4yw7__assembly_13__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`4yw7__assembly_14__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
15	1	`4yw7__assembly_15__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
16	1	`4yw7__assembly_16__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PA-I galactophilic lectin
分子量 formula_weight	12770.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	16634

AWKGEVLANNEAGQVTSIIYNPGDVITIVAAGWASYGPTQKWGPQGDREHPDQGLICHDAFCGALVMKIGNSGTIPVNTGLFRWVAPNNVQGAITLIYNDVPGTYGNNSGSFSVNIGKDQS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;(2R,3R,4S,5R,6R,2'R,3'R,4'S,5'R,6'R)-2,2'-([(2R,3R,4S,5S,6S)-3,4-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2,5-diyl]bis{1H-1,2,3-triazole-1,4-diyl[(2S,3R,4S,5S,6S)-3,4-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2,5-diyl]-1H-1,2,3-triazole-1,4-diylpropane-3,1-diyloxy})bis[6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triol] ;
分子量 formula_weight	1149.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1873

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d4yw7a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7i_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7j_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7k_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7l_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7m_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7n_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7o_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d4yw7p_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4yw7A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7H00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7I00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7J00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7K00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7L00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7M00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7N00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7O00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	4yw7P00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

▶

晶胞边长 a length_a	49.570 Å
晶胞边长 b length_b	89.310 Å
晶胞边长 c length_c	100.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.04 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	79.61 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.820 Å
最低分辨率 resolution_low	16.034 Å
R 因子 r_factor	0.1809
R_work r_work	0.1789
R_free r_free	0.2206

Structural Insight into Divalent Galactoside Binding to Pseudomonas aeruginosa lectin LecA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PA-I galactophilic lectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4yw7__assembly_2__model_1

4yw7__assembly_2__model_1 | I(q)

4yw7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural Insight into Divalent Galactoside Binding to Pseudomonas aeruginosa lectin LecA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PA-I galactophilic lectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4yw7__assembly_2__model_1

4yw7__assembly_2__model_1 | I(q)

4yw7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)