SAXSdb — 4yxm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA integrity scanning protein DisA

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	;(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide ; × 4 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DISA_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–377； UniProt 1–357 作者链 B； PDB构建体 21–377； UniProt 1–357

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4yxm
沉积日期 deposition_date	2015-03-23
结构标题 title	Structure of Thermotoga maritima DisA D75N mutant with reaction product c-di-AMP
关键词 keywords	DNA BINDING PROTEIN, c-di-AMP synthesis, DAC domain, Inhibitor, pre-reaction state, TRANSFERASE; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4yxm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4yxm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4yxm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.20 Å
Rg（电子密度）	53.43 Å
总 Rg	53.54 Å
原子数	22584
残基数	2792
排除体积	406200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4yxm__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA integrity scanning protein DisA
分子量 formula_weight	42763.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.85
突变 mutation	D75N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5797

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMGVKSLVPQELIEKIKLISPGTELRKALDDIINANFGALIFLVDDPKKYEDVIQGGFWLDTDFSAEKLYELSKMNGAIVLSEDITKIYYANVHLVPDPTIPTGETGTRHRTAERLAKQTGKVVIAVSRRRNIISLYYKNYKYVVNQVDFLISKVTQAISTLEKYKDNFNKLLSELEVLELENRVTLADVVRTLAKGFELLRIVEEIRPYIVELGEEGRLARMQLRELTEDVDDLLVLLIMDYSSEEVEEETAQNILQDFITRREPSPISISRVLGYDVQQAAQLDDVLVSARGYRLLKTVARIPLSIGYNVVRMFKTLDQISKASVEDLKKVEGIGEKRARAISESISSLKHRKTSE

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide ;
分子量 formula_weight	658.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	143

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4yxmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1700 — YojJ-like (1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4yxmA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DNA integrity scanning linker region

结构域编号 domain_id	4yxmA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	4yxmB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1700 — YojJ-like (1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4yxmB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DNA integrity scanning linker region

结构域编号 domain_id	4yxmB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

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晶胞边长 a length_a	108.550 Å
晶胞边长 b length_b	108.550 Å
晶胞边长 c length_c	165.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	49.279 Å
R 因子 r_factor	0.1906
R_work r_work	0.1886
R_free r_free	0.2373

Structure of Thermotoga maritima DisA D75N mutant with reaction product c-di-AMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA integrity scanning protein DisA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4yxm__assembly_1__model_1

4yxm__assembly_1__model_1 | I(q)

4yxm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Thermotoga maritima DisA D75N mutant with reaction product c-di-AMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA integrity scanning protein DisA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4yxm__assembly_1__model_1

4yxm__assembly_1__model_1 | I(q)

4yxm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)