SAXSdb — 4yz7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–121 链 B； UniProt 1–121	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 9AR 9-HYDROXY ARISTOLOCHIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；291 K；PEG 4000, Tris HCl pH 8.1 and lithium sulfate	分辨率 1.96 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4YZ7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2OK9 PrTX-I-BPB 提交 2007-01-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）	未记录	PBP p-Bromophenacyl bromide × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；23% PEG 4000, 20% 2-propanol, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.34 Å R-free 0.252
2Q2J Crystal structure of PrTX-I, a PLA2 homolog from Bothrops pirajai 提交 2007-05-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.1M Tris HCl, 30% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.258
3QNL Crystal structure of PrTX-I complexed to Rosmarinic Acid 提交 2011-02-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 8 ROA (2R)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)-2-{[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoyl]oxy}propanoic acid × 1 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG 4000, sodium citrate pH 5.6, 20% 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.77 Å R-free 0.218
4YU7 Crystal structure of Piratoxin I (PrTX-I) complexed to caffeic acid 提交 2015-03-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）	未记录	PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 3 DHC CAFFEIC ACID × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；291 K；PEG4000, Tris HCl pH 8.1, lithium sulfate.	分辨率 1.65 Å R-free 0.229
8DND Crystal structure of Bothrops pirajai Piratoxin-I (PrTX-I) and synthetic inhibitor Varespladib (LY315920) 提交 2022-07-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）	未记录	VRD ({3-[amino(oxo)acetyl]-1-benzyl-2-ethyl-1H-indol-4-yl}oxy)acetic acid × 3 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% w/v PEG 4000, 0.1 M Tris HCl pH 8.5 and 0.2 M lithium sulfate	分辨率 2.02 Å R-free 0.217
9Z5Y Crystal structure of Bothrops pirajai myotoxin I PrTX-I complexed with inhibitor AZD2716 提交 2025-11-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）	未记录	A1C06 (2R)-3-[(1M)-5'-benzyl-2'-carbamoyl[1,1'-biphenyl]-3-yl]-2-methylpropanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Tris HCl, Lithium Sulfate	分辨率 2.75 Å R-free 0.269

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA2H1_BOTPI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121 作者链 B； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4yz7
沉积日期 deposition_date	2015-03-24
结构标题 title	Crystal structure of Piratoxin I (PrTX-I) complexed to aristolochic acid
关键词 keywords	Toxin, phospholipase A2, phospholipase A2-like, inhibitor; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.09 Å
零角强度 I(0) i0	14589800.00
分子量 molecular_weight	26153.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31509 Å³
包络体积 envelope_volume	36833 Å³
水化壳体积 shell_volume	17256 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.1 Å
壳层 Rg shell_rg	23.98 Å
包络 Rg envelope_rg	18.09 Å
形状 Rg shape_rg	18.08 Å
总 Rg total_rg	18.92 Å
总原子数 total_atoms	1808
残基数 n_residues	242
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.4 Å
Rg (实空间) rg_real	18.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8076
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.128
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.378
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3861000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1
分子量 formula_weight	13754.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1982

SLFELGKMILQETGKNPAKSYGAYGCNCGVLGRGKPKDATDRCCYVHKCCYKKLTGCNPKKDRYSYSWKDKTIVCGENNPCLKELCECDKAVAICLRENLGTYNKLYRYHLKPFCKKADDC

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL
分子量 formula_weight	354.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	9-HYDROXY ARISTOLOCHIC ACID
分子量 formula_weight	357.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	174

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4yz7a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d4yz7b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4yz7A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	4yz7B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.317 Å
晶胞边长 b length_b	70.931 Å
晶胞边长 c length_c	44.048 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.959 Å
最低分辨率 resolution_low	25.610 Å
R 因子 r_factor	0.1762
R_work r_work	0.1730
R_free r_free	0.2352

fit	/app/data/saxs_computation/yz/4yz7/4yz7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yz/4yz7/4yz7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yz/4yz7/4yz7.dat

Crystal structure of Piratoxin I (PrTX-I) complexed to aristolochic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction