4z33

Crystal structure of the syntenin PDZ1 and PDZ2 tandem in complex with the Frizzled 7 C-terminal fragment and PIP2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Syntenin-1

Homo sapiens

UniProt O00560

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 111–275 片段:residues 111-275 LYS-GLY-GLU-THR-ALA-VAL × 1 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 IP2 D-MYO-INOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate and 32,5% (w/v) PEG 4.000 分辨率 2.45 Å R-free 0.239
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 111–275 片段:residues 111-275 LYS-GLY-GLU-THR-ALA-VAL × 1 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate and 32,5% (w/v) PEG 4.000 分辨率 2.45 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、185 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SDCB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–166; UniProt 111–275 作者链 B; PDB构建体 2–166; UniProt 111–275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4z33

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4z33
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4z33
沉积日期 deposition_date2015-03-30
结构标题 titleCrystal structure of the syntenin PDZ1 and PDZ2 tandem in complex with the Frizzled 7 C-terminal fragment and PIP2
关键词 keywordssyntenin, PDZ, PIP2, frizzle 7, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.37
零角强度 I(0) i023861200.00
分子量 molecular_weight36686.0 kDa
排除体积 excluded_volume45817 ų
包络体积 envelope_volume57405 ų
水化壳体积 shell_volume21506 ų
包络直径 envelope_diameter80.8
壳层 Rg shell_rg29.28
包络 Rg envelope_rg23.37
形状 Rg shape_rg23.37
总 Rg total_rg24.13
总原子数 total_atoms2570
残基数 n_residues341
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.3
Rg (实空间) rg_real24.30
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50
I(0) (实空间) i0_real2.3860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23860000.0000
解质量估计 total_estimate0.8982
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary77.1
偏度 Skewness skewness0.339
峰度 Kurtosis kurtosis-0.379
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8106000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4z33A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id4z33A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id4z33B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id4z33B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)