4z3o

Quinolone(Moxifloxacin)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV from S. pneumoniae

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit B,ParE30-ParC55 fused topo IV from S. pneumoniae

Streptococcus pneumoniae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 MAGNESIUM ION × 4 1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methoxy-7-[(4aS,7aS)-octahydro-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl]-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid × 2 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARC_STRPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 249–730； UniProt 3–484 作者链 B； PDB构建体 249–730； UniProt 3–484

DNA topoisomerase 4 subunit B,ParE30-ParC55 fused topo IV from S. pneumoniae

Streptococcus pneumoniae

UniProt Q59961

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 MAGNESIUM ION × 4 1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methoxy-7-[(4aS,7aS)-octahydro-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl]-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid × 2 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARE_STRPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–241； UniProt 404–643 作者链 B； PDB构建体 2–241； UniProt 404–643

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4z3o
沉积日期 deposition_date	2015-03-31
结构标题 title	Quinolone(Moxifloxacin)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV from S. pneumoniae
关键词 keywords	Topo IV, Cleavage complex, DNA, quinolone, isomerase; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4z3o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4z3o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4z3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.60 Å
Rg（电子密度）	36.64 Å
总 Rg	37.02 Å
原子数	11039
残基数	1414
排除体积	193080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4z3o__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 4 subunit B,ParE30-ParC55 fused topo IV from S. pneumoniae
分子量 formula_weight	84211.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3,5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11053

MKNKKDKGLLSGKLTPAQSKNPAKNELYLVEGDSAGGSAKQGRDRKFQAILPLRGKVINTAKAKMADILKNEEINTMIYTIGAGVGADFSIEDANYDKIIIMTDADTDGAHIQTLLLTFFYRYMRPLVEAGHVYIALPPLYKMSKGKGKKEEVAYAWTDGELEELRKQFGKGATLQRYKGLGEMNADQLWETTMNPETRTLIRVTIEDLARAERRVNVLMGDKVEPRRKWIEDNVKFTLEEATVFHMSNIQNMSLEDIMGERFGRYSKYIIQDRALPDIRDGLKPVQRRILYSMNKDSNTFDKSYRKSAKSVGNIMGNFHPHGDSSIYDAMVRMSQNWKNREILVEMHGNNGSMDGDPPAAMRYTEARLSEIAGYLLQDIEKKTVPFAWNFDDTEKEPTVLPAAFPNLLVNGSTGISAGYATDIPPHNLAEVIDAAVYMIDHPTAKIDKLMEFLPGPDFPTGAIIQGRDEIKKAYETGKGRVVVRSKTEIEKLKGGKEQIVITEIPYEINKANLVKKIDDVRVNNKVAGIAEVRDESDRDGLRIAIELKKDANTELVLNYLFKYTDLQINYNFNMVAIDNFTPRQVGIVPILSSYIAHRREVILARSRFDKEKAEKRLHIVEGLIRVISILDEVIALIRASENKADAKENLKVSYDFTEEQAEAIVTLQLYRLTNTDVVVLQEEEAELREKIAMLAAIIGDERTMYNLMKKELREVKKKFATPRLSSLEDTAKALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E-site DNA
分子量 formula_weight	2121.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CATGAAT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	E-site DNA
分子量 formula_weight	3348.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AGTCATTCATG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	E-site DNA
分子量 formula_weight	2113.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CGTGCAT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	E-site DNA
分子量 formula_weight	3358.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GACTATGCACG

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methoxy-7-[(4aS,7aS)-octahydro-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl]-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid
分子量 formula_weight	401.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4z3oA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	4z3oA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	4z3oA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

结构域编号 domain_id	4z3oB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	4z3oB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	4z3oB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

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晶胞边长 a length_a	157.760 Å
晶胞边长 b length_b	157.760 Å
晶胞边长 c length_c	211.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.440 Å
最低分辨率 resolution_low	70.340 Å
R 因子 r_factor	0.1834
R_work r_work	0.1819
R_free r_free	0.2120

Quinolone(Moxifloxacin)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV from S. pneumoniae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit B,ParE30-ParC55 fused topo IV from S. pneumoniae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA topoisomerase 4 subunit B,ParE30-ParC55 fused topo IV from S. pneumoniae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4z3o__assembly_1__model_1

4z3o__assembly_1__model_1 | I(q)

4z3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Quinolone(Moxifloxacin)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV from S. pneumoniae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit B,ParE30-ParC55 fused topo IV from S. pneumoniae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA topoisomerase 4 subunit B,ParE30-ParC55 fused topo IV from S. pneumoniae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4z3o__assembly_1__model_1

4z3o__assembly_1__model_1 | I(q)

4z3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)