4z4q

Quinazolinedione(PD 0305970)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV from S. pneumoniae

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	V-site DNA × 1 V-site DNA × 1 V-site DNA × 1 V-site DNA × 1 MAGNESIUM ION × 4 3-amino-7-{(3R)-3-[(1S)-1-aminoethyl]pyrrolidin-1-yl}-1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methylquinazoline-2,4(1H,3H)-dione × 2 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARC_STRPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 249–730； UniProt 3–484 作者链 B； PDB构建体 249–730； UniProt 3–484

DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4)

UniProt Q59961

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	V-site DNA × 1 V-site DNA × 1 V-site DNA × 1 V-site DNA × 1 MAGNESIUM ION × 4 3-amino-7-{(3R)-3-[(1S)-1-aminoethyl]pyrrolidin-1-yl}-1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methylquinazoline-2,4(1H,3H)-dione × 2 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARE_STRPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–241； UniProt 404–643 作者链 B； PDB构建体 2–241； UniProt 404–643

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4z4q
沉积日期 deposition_date	2015-04-02
结构标题 title	Quinazolinedione(PD 0305970)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV from S. pneumoniae
关键词 keywords	Topoisomerase IV, Cleavage complex, DNA, quinolone, isomerase; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4z4q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4z4q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4z4q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.53 Å
Rg（电子密度）	36.59 Å
总 Rg	36.97 Å
原子数	11330
残基数	1434
排除体积	197820 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4z4q__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
分子量 formula_weight	84211.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3,5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11338

MKNKKDKGLLSGKLTPAQSKNPAKNELYLVEGDSAGGSAKQGRDRKFQAILPLRGKVINTAKAKMADILKNEEINTMIYTIGAGVGADFSIEDANYDKIIIMTDADTDGAHIQTLLLTFFYRYMRPLVEAGHVYIALPPLYKMSKGKGKKEEVAYAWTDGELEELRKQFGKGATLQRYKGLGEMNADQLWETTMNPETRTLIRVTIEDLARAERRVNVLMGDKVEPRRKWIEDNVKFTLEEATVFHMSNIQNMSLEDIMGERFGRYSKYIIQDRALPDIRDGLKPVQRRILYSMNKDSNTFDKSYRKSAKSVGNIMGNFHPHGDSSIYDAMVRMSQNWKNREILVEMHGNNGSMDGDPPAAMRYTEARLSEIAGYLLQDIEKKTVPFAWNFDDTEKEPTVLPAAFPNLLVNGSTGISAGYATDIPPHNLAEVIDAAVYMIDHPTAKIDKLMEFLPGPDFPTGAIIQGRDEIKKAYETGKGRVVVRSKTEIEKLKGGKEQIVITEIPYEINKANLVKKIDDVRVNNKVAGIAEVRDESDRDGLRIAIELKKDANTELVLNYLFKYTDLQINYNFNMVAIDNFTPRQVGIVPILSSYIAHRREVILARSRFDKEKAEKRLHIVEGLIRVISILDEVIALIRASENKADAKENLKVSYDFTEEQAEAIVTLQLYRLTNTDVVVLQEEEAELREKIAMLAAIIGDERTMYNLMKKELREVKKKFATPRLSSLEDTAKALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	170187
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-site DNA
分子量 formula_weight	2121.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GTAATAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-site DNA
分子量 formula_weight	3317.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AACCGTATTAC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-site DNA
分子量 formula_weight	2168.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

TGTGGAT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-site DNA
分子量 formula_weight	3333.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GGTTATCCACA

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	3-amino-7-{(3R)-3-[(1S)-1-aminoethyl]pyrrolidin-1-yl}-1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methylquinazoline-2,4(1H,3H)-dione
分子量 formula_weight	361.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4z4qA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	4z4qA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	4z4qA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

结构域编号 domain_id	4z4qB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	4z4qB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	4z4qB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

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晶胞边长 a length_a	158.020 Å
晶胞边长 b length_b	158.020 Å
晶胞边长 c length_c	211.220 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.040 Å
最低分辨率 resolution_low	44.588 Å
R 因子 r_factor	0.1639
R_work r_work	0.1617
R_free r_free	0.2047

Quinazolinedione(PD 0305970)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV from S. pneumoniae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4z4q__assembly_1__model_1

4z4q__assembly_1__model_1 | I(q)

4z4q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Quinazolinedione(PD 0305970)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV from S. pneumoniae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4z4q__assembly_1__model_1

4z4q__assembly_1__model_1 | I(q)

4z4q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)