SAXSdb — 4zir

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2

Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 × 1 （Q9X1Z1） MAGNESIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 3 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ECFA2_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–267； UniProt 2–266

Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1

Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)

UniProt Q9X1Z1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 × 1 （Q9WY65） MAGNESIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 3 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ECFA1_THEMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 11–268； UniProt 2–259

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zir
沉积日期 deposition_date	2015-04-28
结构标题 title	Crystal structure of EcfAA' heterodimer bound to AMPPNP
关键词 keywords	ATPase, transmembrane transport, vitamin uptake, ABC transporter, TRANSPORT PROTEIN, HYDROLASE-INHIBITOR complex; TRANSPORT PROTEIN, HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4zir__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4zir__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4zir__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.40 Å
Rg（电子密度）	23.20 Å
总 Rg	24.03 Å
原子数	4082
残基数	510
排除体积	72969 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4zir__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
分子量 formula_weight	30333.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4102

MGRIEVVNVSHIFHRGTPLEKKALENVSLVINEGECLLVAGNTGSGKSTLLQIVAGLIEPTSGDVLYDGERKKGYEIRRNIGIAFQYPEDQFFAERVFDEVAFAVKNFYPDRDPVPLVKKAMEFVGLDFDSFKDRVPFFLSGGEKRRVAIASVIVHEPDILILDEPLVGLDREGKTDLLRIVEKWKTLGKTVILISHDIETVINHVDRVVVLEKGKKVFDGTRMEFLEKYDPRFFTSKMLVMRRLVLKGEDPFSMSDDELLERVCNS

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
分子量 formula_weight	29859.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.-
突变 mutation	K2R, T4E, E53A, E55A, E125A, K126A, E127A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSGGSHMGSGRIELNSVSFRYNGDYVLKDVNAEFETGKIYVVVGKNGSGKTTLLKILAGLLAAAGEIFLDGSPADPFLLRKNVGYVFQNPSSQIIGATVEEDVAFSLEIMGLDESEMRKRIKKVLELVGLSGLAAADPLNLSGGQKQRLAIASMLARDTRFLALDEPVSMLDPPSQREIFQVLESLKNEGKGIILVTHELEYLDDMDFILHISNGTIDFCGSWEEFVEREFDDVEIPFKWKLWKKCGKINLWEDRYENSGNQRRRDTV

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4zirA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4zirB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	107.275 Å
晶胞边长 b length_b	107.275 Å
晶胞边长 c length_c	96.758 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	25.285 Å
R 因子 r_factor	0.1979
R_work r_work	0.1925
R_free r_free	0.2465

Crystal structure of EcfAA' heterodimer bound to AMPPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4zir__assembly_1__model_1

4zir__assembly_1__model_1 | I(q)

4zir__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of EcfAA' heterodimer bound to AMPPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4zir__assembly_1__model_1

4zir__assembly_1__model_1 | I(q)

4zir__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)