4zk7

Crystal structure of rescued two-component self-assembling tetrahedral cage T33-31

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chorismate mutase

Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Divalent-cation tolerance protein CutA × 12 （Q7SIA8）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SJY4_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 B； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 C； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 E； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 F； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 G； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 H； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 I； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 J； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 K； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 L； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

Divalent-cation tolerance protein CutA

Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)

UniProt Q7SIA8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Chorismate mutase × 12 （Q5SJY4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUTA_THET8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 N； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 O； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 P； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 Q； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 R； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 S； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 T； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 U； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 V； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 W； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 X； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zk7
沉积日期 deposition_date	2015-04-30
结构标题 title	Crystal structure of rescued two-component self-assembling tetrahedral cage T33-31
关键词 keywords	Tetrahedral, computational design, Rosetta, self-assembly, symmetric, nanomaterial, solubility, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4zk7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4zk7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4zk7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.03 Å
Rg（电子密度）	41.77 Å
总 Rg	42.21 Å
原子数	20510
残基数	2646
排除体积	370510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4zk7__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chorismate mutase
分子量 formula_weight	14495.6 kDa
突变 mutation	E17A, H20L, Q21A, R24I, Q64L, R109N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	20678

MVRGIRGAITVEEDTPAAILAATIELLLKMLEANGIQSYEELAAVIFTVTEDLTSAFPAEAARLIGMHRVPLLSAREVPVPGSLPRVIRVLALWNTDTPQDRVRHVYLNEAVRLRPDLESAQLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Divalent-cation tolerance protein CutA
分子量 formula_weight	12544.4 kDa
突变 mutation	E12A, E13L, R16V, T17K, K20H, W43E, Q44E, E46S, E49S, Q51H, H62D, A73E, T78E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X

MEEVVLITVPSALVAVKIAHALVEERLAACVNIVPGLTSIYREEGSVVSDHELLLLVKTTTDAFPKLKERVKELHPYEVPEIVALPIAEGNREYLDWLRENTGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	4zk7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

结构域编号 domain_id	4zk7M00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4zk7N00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4zk7O00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4zk7P00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4zk7Q00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4zk7R00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4zk7S00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4zk7T00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4zk7U00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4zk7V00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4zk7W00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4zk7X00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

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晶胞边长 a length_a	121.100 Å
晶胞边长 b length_b	128.400 Å
晶胞边长 c length_c	204.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	88.100 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1895
R_free r_free	0.2388

Crystal structure of rescued two-component self-assembling tetrahedral cage T33-31

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chorismate mutase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Divalent-cation tolerance protein CutA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4zk7__assembly_1__model_1

4zk7__assembly_1__model_1 | I(q)

4zk7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of rescued two-component self-assembling tetrahedral cage T33-31

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chorismate mutase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Divalent-cation tolerance protein CutA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4zk7__assembly_1__model_1

4zk7__assembly_1__model_1 | I(q)

4zk7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)