SAXSdb — 4zku

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail needle protein gp26

Enterobacteria phage P22

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–233	突变：L222M	CL CHLORIDE ION × 3 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；40% PEG 4000, 0.1M CAPS pH 10.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.225
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–233	突变：L222M	CL CHLORIDE ION × 3 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；40% PEG 4000, 0.1M CAPS pH 10.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ZKU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3C9I Structure of P22 Tail-Needle GP26 Bound to Xenon Gas 提交 2008-02-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–233（233 aa）链 B 1–233（233 aa）链 C 1–233（233 aa）	突变：L222M 突变：L222M 突变：L222M	XE XENON × 7 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；298 K；18% PEG 4000, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Ammonium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 4.60	分辨率 1.95 Å R-free 0.269
3C9I Structure of P22 Tail-Needle GP26 Bound to Xenon Gas 提交 2008-02-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–233（233 aa）链 E 1–233（233 aa）链 F 1–233（233 aa）	突变：L222M 突变：L222M 突变：L222M	XE XENON × 7 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；298 K；18% PEG 4000, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Ammonium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 4.60	分辨率 1.95 Å R-free 0.269
4ZKP P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 7.0 提交 2015-04-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–233（233 aa）	突变：L222M	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；40% PEG 1000, 0.1M MOPS pH7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.189
4ZKP P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 7.0 提交 2015-04-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–233（233 aa）	突变：L222M	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；40% PEG 1000, 0.1M MOPS pH7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.189
4ZXQ P22 Tail Needle Gp26 1-140 crystallized at pH 3.9 提交 2015-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–140（140 aa）链 B 1–140（140 aa）链 C 1–140（140 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293 K；20% PEG 8000, 0.05 M Potassium phosphate monobasic pH 3.9	分辨率 2.75 Å R-free 0.252
4ZXQ P22 Tail Needle Gp26 1-140 crystallized at pH 3.9 提交 2015-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–140（140 aa）链 E 1–140（140 aa）链 F 1–140（140 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293 K；20% PEG 8000, 0.05 M Potassium phosphate monobasic pH 3.9	分辨率 2.75 Å R-free 0.252
8EAP Cryo-EM structure of the in-situ gp10-gp26 from bacteriophage P22 提交 2022-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 3–64（62 aa）链 B 3–64（62 aa）链 C 3–64（62 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VG26_BPP22
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–237； UniProt 1–233 作者链 B； PDB构建体 5–237； UniProt 1–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zku
沉积日期 deposition_date	2015-04-30
结构标题 title	P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 10.0
关键词 keywords	Viral protein, P22, Tail Needle, Membrane penetration; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	84.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	89.65 Å
零角强度 I(0) i0	25417300.00
分子量 molecular_weight	38327.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47112 Å³
包络体积 envelope_volume	121090 Å³
水化壳体积 shell_volume	17818 Å³
包络直径 envelope_diameter	337.2 Å
壳层 Rg shell_rg	40.93 Å
包络 Rg envelope_rg	89.71 Å
形状 Rg shape_rg	89.66 Å
总 Rg total_rg	87.37 Å
总原子数 total_atoms	2688
残基数 n_residues	358
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	257.9 Å
Rg (实空间) rg_real	81.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	75.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6278
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	28.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.501
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.692
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0321
最高正则化参数 α highest_alpha	5717000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.003; Oscil: 0.011; Stabil: 0.970; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.136; Smooth: 0.843

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tail needle protein gp26
分子量 formula_weight	25075.7 kDa
突变 mutation	L222M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3154

GPGSMADPSLNNPVVIQATRLDASILPRNVFSKSYLLYVIAQGTDVGAIAGKANEAGQGAYDAQVKNDEQDVELADHEARIKQLRIDVDDHESRITANTKAITALNVRVTTAEGEIASLQTNVSALDGRVTTAENNISALQADYVSKTATTSQSLASPLNVTTSYSVGGKKVLGARQTGWTAATGTANKGVFDADLTFAVSDTYTQSEIQAIANALITERRRTKAMEDALRAHGLID

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage P22
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10754
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	466

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4zkuA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

结构域编号 domain_id	4zkuA02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 —

结构域编号 domain_id	4zkuB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

结构域编号 domain_id	4zkuB02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.200 Å
晶胞边长 b length_b	43.200 Å
晶胞边长 c length_c	271.234 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3
空间群编号 int_tables_number	143
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	28.820 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2250

fit	/app/data/saxs_computation/zk/4zku/4zku.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zk/4zku/4zku.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zk/4zku/4zku.dat

P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 10.0

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail needle protein gp26

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction