SAXSdb — 4zpy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1 protein

Murine minute virus strain MVM prototype

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 60	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q84367_MUMIP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–549； UniProt 39–587

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zpy
沉积日期 deposition_date	2015-05-08
结构标题 title	Structure of N170A MVM mutant empty capsid
关键词 keywords	minute virus of mice, empty capsid, N170A mutant, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4zpy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4zpy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4zpy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	110.30 Å
总 Rg	110.40 Å
原子数	258840
残基数	32940
排除体积	4551600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4zpy__assembly_1__model_1`	60-meric （60）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4zpy__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`4zpy__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`4zpy__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4zpyA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

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晶胞边长 a length_a	410.190 Å
晶胞边长 b length_b	410.190 Å
晶胞边长 c length_c	559.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	360

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.900 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2825
R_free r_free	0.2891

描述 description	VP1 protein
分子量 formula_weight	61203.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4314

Structure of N170A MVM mutant empty capsid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4zpy__assembly_1__model_1

4zpy__assembly_1__model_1 | I(q)

4zpy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Murine minute virus strain MVM prototype
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	648235
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

Structure of N170A MVM mutant empty capsid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4zpy__assembly_1__model_1

4zpy__assembly_1__model_1 | I(q)

4zpy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)