SAXSdb — 4zrq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcobalamin-2

Homo sapiens

UniProt P20062

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CD320 antigen × 1 （Q9NPF0） CYANOCOBALAMIN × 1 GLYCEROL × 3 CALCIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CD320 antigen × 1 （Q9NPF0） CYANOCOBALAMIN × 1 GLYCEROL × 1 CALCIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TCO2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–409； UniProt 19–427 作者链 B； PDB构建体 1–409； UniProt 19–427

CD320 antigen

Homo sapiens

UniProt Q9NPF0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Transcobalamin-2 × 1 （P20062） CYANOCOBALAMIN × 1 GLYCEROL × 3 CALCIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Transcobalamin-2 × 1 （P20062） CYANOCOBALAMIN × 1 GLYCEROL × 1 CALCIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD320_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–118； UniProt 53–171 作者链 D； PDB构建体 1–118； UniProt 53–171

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zrq
沉积日期 deposition_date	2015-05-12
结构标题 title	E88 deletion mutant of CD320 in complex with TC2
关键词 keywords	LDLR-R, vitamin transporter, transport protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4zrq__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4zrq__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4zrq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.69 Å
Rg（电子密度）	23.34 Å
总 Rg	24.37 Å
原子数	3754
残基数	474
排除体积	67018 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4zrq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4zrq__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcobalamin-2
分子量 formula_weight	45650.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7560

EMCEIPEMDSHLVEKLGQHLLPWMDRLSLEHLNPSIYVGLRLSSLQAGTKEDLYLHSLKLGYQQCLLGSAFSEDDGDCQGKPSMGQLALYLLALRANCEFVRGHKGDRLVSQLKWFLEDEKRAIGHDHKGHPHTSYYQYGLGILALCLHQKRVHDSVVDKLLYAVEPFHQGHHSVDTAAMAGLAFTCLKRSNFNPGRRQRITMAIRTVQEEILKAQTPEGHFGNVYSTPLALQFLMTSPMRGAELGTACLKARVALLASLQDGAFQNALMISQLLPVLNHKTYIDLIFPDCLAPRVMLEPAAETIPQTQEIISVTLQVLSLLPPYRQSISVLAGSTVEDVLKKAHELGGFTYETQASLSGPYLTSVMGKAAGEREFWQLLRDPNTPLLQGIADYRPKDGETIELRLVSW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CD320 antigen
分子量 formula_weight	12672.3 kDa
突变 mutation	DelE88
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SCPPTKFQCRTSGLCVPLTWRCDRDLDCSDGSDEECRIEPCTQKGQCPPPPGLPCPCTGVSDCSGGTDKKLRNCSRLACLAGELRCTLSDDCIPLTWRCDGHPDCPDSSDELGCGTNE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CYANOCOBALAMIN
分子量 formula_weight	1356.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4zrqA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4zrqA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	130 — Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4zrqB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4zrqB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	130 — Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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晶胞边长 a length_a	98.404 Å
晶胞边长 b length_b	98.404 Å
晶胞边长 c length_c	356.341 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	29.434 Å
R 因子 r_factor	0.2001
R_work r_work	0.1985
R_free r_free	0.2305

E88 deletion mutant of CD320 in complex with TC2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcobalamin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CD320 antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4zrq__assembly_2__model_1

4zrq__assembly_2__model_1 | I(q)

4zrq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

E88 deletion mutant of CD320 in complex with TC2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcobalamin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CD320 antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4zrq__assembly_2__model_1

4zrq__assembly_2__model_1 | I(q)

4zrq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)