SAXSdb — 5a20

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PORTAL PROTEIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	15 PROTEIN × 2 （Q38584） HEAD COMPLETION PROTEIN GP16 × 2 （O48446） TAIL-TO-HEAD JOINING PROTEIN GP17 × 1 （O48448） MAJOR TAIL PROTEIN GP17.1 × 1 （O48449）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PORTL_BPSPP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 B； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503

15 PROTEIN

物种未注明

UniProt Q38584

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	PORTAL PROTEIN × 2 （P54309） HEAD COMPLETION PROTEIN GP16 × 2 （O48446） TAIL-TO-HEAD JOINING PROTEIN GP17 × 1 （O48448） MAJOR TAIL PROTEIN GP17.1 × 1 （O48449）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q38584_BPSPP
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 D； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102

HEAD COMPLETION PROTEIN GP16

物种未注明

UniProt O48446

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	PORTAL PROTEIN × 2 （P54309） 15 PROTEIN × 2 （Q38584） TAIL-TO-HEAD JOINING PROTEIN GP17 × 1 （O48448） MAJOR TAIL PROTEIN GP17.1 × 1 （O48449）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O48446_BPSPP
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 F； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

TAIL-TO-HEAD JOINING PROTEIN GP17

物种未注明

UniProt O48448

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	PORTAL PROTEIN × 2 （P54309） 15 PROTEIN × 2 （Q38584） HEAD COMPLETION PROTEIN GP16 × 2 （O48446） MAJOR TAIL PROTEIN GP17.1 × 1 （O48449）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O48448_BPSPP
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134

MAJOR TAIL PROTEIN GP17.1

物种未注明

UniProt O48449

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	PORTAL PROTEIN × 2 （P54309） 15 PROTEIN × 2 （Q38584） HEAD COMPLETION PROTEIN GP16 × 2 （O48446） TAIL-TO-HEAD JOINING PROTEIN GP17 × 1 （O48448）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GP171_BPSPP
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5a20
沉积日期 deposition_date	2015-05-06
结构标题 title	Structure of bacteriophage SPP1 head-to-tail interface filled with DNA and tape measure protein
关键词 keywords	;VIRAL PROTEIN, TAILED BACTERIOPHAGE, SIPHOVIRIDAE, SPP1, VIRAL ASSEMBLY, HEAD-TO-TAIL INTERFACE, DNA GATEKEEPER, ALLOSTERIC MECHANISM, CONCERTED REORGANISATION, DIAPHRAGM GATING ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5a20__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5a20__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5a20__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	65.74 Å
Rg（电子密度）	68.15 Å
总 Rg	67.57 Å
原子数	12799
残基数	1590
排除体积	226460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5a20__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PORTAL PROTEIN
分子量 formula_weight	57405.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12799

MADIYPLGKTHTEELNEIIVESAKEIAEPDTTMIQKLIDEHNPEPLLKGVRYYMCENDIEKKRRTYYDAAGQQLVDDTKTNNRTSHAWHKLFVDQKTQYLVGEPVTFTSDNKTLLEYVNELADDDFDDILNETVKNMSNKGIEYWHPFVDEEGEFDYVIFPAEEMIVVYKDNTRRDILFALRYYSYKGIMGEETQKAELYTDTHVYYYEKIDGVYQMDYSYGENNPRPHMTKGGQAIGWGRVPIIPFKNNEEMVSDLKFYKDLIDNYDSITSSTMDSFSDFQQIVYVLKNYDGENPKEFTANLRYHSVIKVSGDGGVDTLRAEIPVDSAAKELERIQDELYKSAQAVDNSPETIGGGATGPALEKLYALLDLKANMAERKIRAGLRLFFWFFAEYLRNTGKGDFNPDKELTMTFTRTRIQNDSEIVQSLVQGVTGGIMSKETAVARNPFVQDPEEELARIEEEMNQYAEMQGNLLDDEGGDDDLEEDDPNAGAAESGGAGQVS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	15 PROTEIN
分子量 formula_weight	11629.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MDIQRVKRLLSITNDKHDEYLTEMVPLLVEFAKDECHNPFIDKDGNESIPSGVLIFVAKAAQFYMTNAGLTGRSMDTVSYNFATEIPSTILKKLNPYRKMAR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HEAD COMPLETION PROTEIN GP16
分子量 formula_weight	12615.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MYEEFRDVITFQSYVEQSNGEGGKTYKWVDEFTAAAHVQPISQEEYYKAQQLQTPIGYNIYTPYDDRIDKKMRVIYRGKIVTFIGDPVDLSGLQEITRIKGKEDGAYVG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	TAIL-TO-HEAD JOINING PROTEIN GP17
分子量 formula_weight	15025.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MTWKLASRALQKATVENLESYQPLMEMVNQVTESPGKDDPYPYVVIGDQSSTPFETKSSFGENITMDFHVWGGTTRAEAQDISSRVLEALTYKPLMFEGFTFVAKKLVLAQVITDTDGVTKHGIIKVRFTINNN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	MAJOR TAIL PROTEIN GP17.1
分子量 formula_weight	19172.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MPETPIMGQDVKYLFQSIDAATGSAPLFPAYQTDGSVSGERELFDEQTKNGRILGPGSVADSGEVTYYGKRGDAGQKAIEDAYQNGKQIKFWRVDTVKNENDKYDAQFGFAYIESREYSDGVEGAVEISISLQVIGELKNGEIDTLPEEIVNVSKGGYDFQQPGQTTGEAPGTVPAP

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	7.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	ANGULAR RECONSTITUTION
颗粒数 num_particles	14000

Structure of bacteriophage SPP1 head-to-tail interface filled with DNA and tape measure protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PORTAL PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

15 PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HEAD COMPLETION PROTEIN GP16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TAIL-TO-HEAD JOINING PROTEIN GP17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MAJOR TAIL PROTEIN GP17.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5a20__assembly_1__model_1

5a20__assembly_1__model_1 | I(q)

5a20__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of bacteriophage SPP1 head-to-tail interface filled with DNA and tape measure protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PORTAL PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

15 PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HEAD COMPLETION PROTEIN GP16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TAIL-TO-HEAD JOINING PROTEIN GP17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

MAJOR TAIL PROTEIN GP17.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5a20__assembly_1__model_1

5a20__assembly_1__model_1 | I(q)

5a20__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)