5a4v

AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with quercetin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.4 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTATHIONE S-TRANSFERASE F2

ARABIDOPSIS THALIANA

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–212 链 B； UniProt 1–212 链 C； UniProt 1–212 链 D； UniProt 1–212 链 E； UniProt 1–212 链 F； UniProt 1–212	未记录	ACT ACETATE ION × 6 QUE 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；0.1 M PTCP (PROPIONIC ACID, CACODYLATE, BIS-TRIS PROPANE SYSTEM), 15% PEG 1.5K, PROTEIN AT 10 MG PER ML, pH 7	分辨率 2.38 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5A4V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BX9 GLUTATHIONE S-TRANSFERASE IN COMPLEX WITH HERBICIDE 提交 1998-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–212（211 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
1GNW STRUCTURE OF GLUTATHIONE S-TRANSFERASE 提交 1996-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）	未记录	GTX S-HEXYLGLUTATHIONE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
5A4U AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with indole-3-aldehyde 提交 2015-06-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）链 E 1–212（212 aa）链 F 1–212（212 aa）	未记录	I3A 1H-INDOLE-3-CARBALDEHYDE × 8 ACT ACETATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.1M PCTP (PROPIONIC ACID, CACODYLATE, BIS-TRIS PROPANE SYSTEM, 15% (W/V) PEG 1.5K PH 7.0. PROTEIN AT 10 MG PER ML	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5A4W AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with quercetrin 提交 2015-06-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 C 1–212（212 aa）链 D 1–212（212 aa）链 E 1–212（212 aa）链 F 1–212（212 aa）	未记录	QCT 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-chromen-3-yl 6-deoxy-alpha-L-mannopyranoside × 8 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.1 M PTPC (PROPIONIC ACID, CACODYLATE, BIS-TRIS PROPANE SYSTEM), 15% PEG 1.5K; 10 MG PER ML PROTEIN, pH 7	分辨率 2.25 Å R-free 0.242
5A5K AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with camalexin 提交 2015-06-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–212（212 aa）链 K 1–212（212 aa）链 M 1–212（212 aa）链 P 1–212（212 aa）链 R 1–212（212 aa）链 T 1–212（212 aa）	未记录	7WB (2Z)-2-indol-3-ylidene-3H-1,3-thiazole × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2 M SODIUM ACETATE AND 20% (W/V) PEG 3350; PH 7.0; PROTEIN AT 10 MG PER ML	分辨率 2.77 Å R-free 0.284
5A5K AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with camalexin 提交 2015-06-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–212（212 aa）链 B 1–212（212 aa）链 I 1–212（212 aa）链 J 1–212（212 aa）链 L 1–212（212 aa）链 S 1–212（212 aa）	未记录	7WB (2Z)-2-indol-3-ylidene-3H-1,3-thiazole × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2 M SODIUM ACETATE AND 20% (W/V) PEG 3350; PH 7.0; PROTEIN AT 10 MG PER ML	分辨率 2.77 Å R-free 0.284
5A5K AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with camalexin 提交 2015-06-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–212（212 aa）链 O 1–212（212 aa）链 U 1–212（212 aa）链 V 1–212（212 aa）链 W 1–212（212 aa）链 X 1–212（212 aa）	未记录	7WB (2Z)-2-indol-3-ylidene-3H-1,3-thiazole × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2 M SODIUM ACETATE AND 20% (W/V) PEG 3350; PH 7.0; PROTEIN AT 10 MG PER ML	分辨率 2.77 Å R-free 0.284
5A5K AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with camalexin 提交 2015-06-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–212（212 aa）链 F 1–212（212 aa）链 G 1–212（212 aa）链 H 1–212（212 aa）链 N 1–212（212 aa）链 Q 1–212（212 aa）	未记录	7WB (2Z)-2-indol-3-ylidene-3H-1,3-thiazole × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2 M SODIUM ACETATE AND 20% (W/V) PEG 3350; PH 7.0; PROTEIN AT 10 MG PER ML	分辨率 2.77 Å R-free 0.284

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSTF2_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 B； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 C； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 D； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 E； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 F； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5a4v
沉积日期 deposition_date	2015-06-15
结构标题 title	AtGSTF2 from Arabidopsis thaliana in complex with quercetin
关键词 keywords	TRANSFERASE, GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE, GST, PLANT, ARABIDOPSIS; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.83 Å
零角强度 I(0) i0	287034000.00
分子量 molecular_weight	140500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	177230 Å³
包络体积 envelope_volume	225430 Å³
水化壳体积 shell_volume	53080 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.8 Å
壳层 Rg shell_rg	42.36 Å
包络 Rg envelope_rg	33.75 Å
形状 Rg shape_rg	34.82 Å
总 Rg total_rg	35.38 Å
总原子数 total_atoms	9958
残基数 n_residues	1258
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.4 Å
Rg (实空间) rg_real	35.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	287100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9105
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.033
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.765
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	131500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE F2
分子量 formula_weight	24162.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	10313

MAGIKVFGHPASIATRRVLIALHEKNLDFELVHVELKDGEHKKEPFLSRNPFGQVPAFEDGDLKLFESRAITQYIAHRYENQGTNLLQTDSKNISQYAIMAIGMQVEDHQFDPVASKLAFEQIFKSIYGLTTDEAVVAEEEAKLAKVLDVYEARLKEFKYLAGETFTLTDLHHIPAIQYLLGTPTKKLFTERPRVNEWVAEITKRPASEKVQ

来源 Source

来源生物 organism	ARABIDOPSIS THALIANA
通用名 common_name	THALE CRESS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE
分子量 formula_weight	302.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	326

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d5a4va1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5a4va2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5a4vb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5a4vb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5a4vc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5a4vc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5a4vd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5a4vd2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5a4ve1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5a4ve2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5a4vf1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5a4vf2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	5a4vA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5a4vA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5a4vB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5a4vB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5a4vC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5a4vC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5a4vD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5a4vD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5a4vE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5a4vE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5a4vF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5a4vF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.030 Å
晶胞边长 b length_b	94.830 Å
晶胞边长 c length_c	153.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.380 Å
最低分辨率 resolution_low	59.590 Å
R 因子 r_factor	0.2048
R_work r_work	0.2029
R_free r_free	0.2447

fit	/app/data/saxs_computation/a4/5a4v/5a4v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a4/5a4v/5a4v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a4/5a4v/5a4v.dat