5a7c

Crystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with compound

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 306–416	片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416	5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 306–416	片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416	5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 306–416	片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416	5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 306–416	片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416	5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5A7C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
24OS Crystal Structure of BRD3 BD1 domain in complex with small molecule inhibitor IBET-762 提交 2026-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–143（120 aa）片段：BD1 domain 链 B 24–143（120 aa）片段：BD1 domain	未记录	EAM 2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-N-ethylacetamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；10mM HEPES (pH 7.5),150mM NaCl, 0.5mM TCEP	分辨率 1.83 Å R-free 0.314
2E7N Solution structure of the second Bromodomain from human Bromodomain-containing protein 3 提交 2007-01-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 306–415（110 aa）片段：Bromodomain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.22mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NXB Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2006-11-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–144（121 aa）片段：bromo 1 domain	未记录	NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20M KSCN, 0.1M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.40 Å R-free 0.185
2NXB Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2006-11-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–144（121 aa）片段：bromo 1 domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20M KSCN, 0.1M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.40 Å R-free 0.185
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 307–416（110 aa）片段：Bromo 2 Domain	未记录	NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 307–416（110 aa）片段：Bromo 2 Domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 307–416（110 aa）片段：Bromo 2 Domain	未记录	7PE 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 307–416（110 aa）片段：Bromo 2 Domain	未记录	NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2YW5 Solution structure of the bromodomain from human bromodomain containing protein 3 提交 2007-04-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–155（131 aa）片段：UNP residues 25-155, bromodomain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.2mM 13C/15N-PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3S91 Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD3 in complex with the inhibitor JQ1 提交 2011-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–144（121 aa）	未记录	JQ1 (6S)-6-(2-tert-butoxy-2-oxoethyl)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6,7-dihydrothieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-10-ium × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；14% isopropanol, 0.14M CaCl2, 30% glycerol, 0.7M acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.06 Å R-free 0.233
3S92 Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with the inhibitor JQ1 提交 2011-05-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 306–416（111 aa）	未记录	JQ1 (6S)-6-(2-tert-butoxy-2-oxoethyl)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6,7-dihydrothieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-10-ium × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M (NH4)2Hcit, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.36 Å R-free 0.186
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 306–416（111 aa）片段：UNP residues 306-416	突变：H395R	NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 306–416（111 aa）片段：UNP residues 306-416	突变：H395R	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 306–416（111 aa）片段：UNP residues 306-416	突变：H395R	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 306–416（111 aa）片段：UNP residues 306-416	突变：H395R	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HJC BRD3 second bromodomain in complex with histone H3 acetylation at K18 提交 2016-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 307–416（110 aa）片段：second bromodomain, UNP residues 307-416	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30%(w/v) polyethylene glycol methyl ether 5000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 0.1 M guanidine hydrochloride	分辨率 2.60 Å R-free 0.269
6BGG Solution NMR structures of the BRD3 ET domain in complex with a CHD4 peptide 提交 2017-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 557–644（88 aa）片段：unp residues 557-644	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）.2；压力 1 NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] BRD3, 500 uM CHD4, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] BRD3, 500 uM CHD4, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 500 uM BRD3, 500 uM CHD4, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6BGH Solution NMR structure of Brd3 ET domain bound to Brg1 peptide 提交 2017-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 557–643（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 NaCl；压力 1 NMR样品组成 300 uM Brd3_ET, 600 uM Brg1, 0.02 % Roche Complete Protease Inhibitor, 166 uM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 300 uM [U-15N] Brd3_ET, 600 uM Brg1, 0.02 % Roche Complete Protease Inhibitor, 166 uM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] Brd3_ET, 600 uM Brg1, 0.02 % Roche Complete Protease Inhibitor, 166 uM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6I41 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (wild-type) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 245–253（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM NaCl, 25% (w/v) PEG3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 245–253（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 245–253（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 245–253（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 245–253（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 245–253（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 245–253（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 245–253（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 245–253（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 245–253（9 aa）链 F 245–253（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 245–253（9 aa）链 H 245–253（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
6QJU Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with 3-bromo-1H-indazol-5-amine 提交 2019-01-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–144（121 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 1 J58 3-bromanyl-2~{H}-indazol-5-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20 M KSCN, 0.1 M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, soaked with 14% DMSO containing 42mM 3-bromo-1H-imidazol-5-amine	分辨率 1.20 Å R-free 0.160
6QJU Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with 3-bromo-1H-indazol-5-amine 提交 2019-01-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–144（121 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20 M KSCN, 0.1 M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, soaked with 14% DMSO containing 42mM 3-bromo-1H-imidazol-5-amine	分辨率 1.20 Å R-free 0.160
6U4A BRD3-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.1_3 提交 2019-08-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium sulfate 0.1 M Bis-Tris propane 8.5 20 % w/v PEG 3350	分辨率 1.88 Å R-free 0.188
6U4A BRD3-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.1_3 提交 2019-08-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–147（123 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium sulfate 0.1 M Bis-Tris propane 8.5 20 % w/v PEG 3350	分辨率 1.88 Å R-free 0.188
6ULP BRD3-BD2 in complex with the cyclic peptide 3.2_3 提交 2019-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 307–419（113 aa）片段：second bromodomain 链 B 307–419（113 aa）片段：second bromodomain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Tris 8.0, 20 % w/v PEG 6000	分辨率 2.80 Å R-free 0.248
7JMY Solution NMR structure of human Brd3 ET domain 提交 2020-08-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 554–640（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] Brd3 ET Domain, 100 mM sodium chloride, 20 mM Na3PO4, 2 mM 2-mercapto ethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] Brd3 ET Domain, 100 mM sodium chloride, 20 mM Na3PO4, 2 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7JQ8 Solution NMR structure of human Brd3 ET domain 提交 2020-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 554–640（87 aa）片段：NET domain, residues 554-640	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV IN TP, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7JYN Solution NMR structure of human Brd3 ET complexed with NSD3(148-184) peptide 提交 2020-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 554–640（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NSD3(148-184), 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.25 mM NSD3(148-184), 0.25 mM U-100% 13C; U-100% 15 Brd3ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NSD3(148-184), 0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7JYZ Solution NMR structure and dynamics of human Brd3 ET in complex with MLV IN CTD 提交 2020-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 554–640（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3 ET, 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV-IN-CTD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.25 mM [U-15N] Brd3 ET, 0.25 mM [U-15N] MLV-IN-CTD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7L72 Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to Ro3280 提交 2020-12-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 306–416（111 aa）	未记录	79C 4-[(9-cyclopentyl-7,7-difluoro-5-methyl-6-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-yl)amino]-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.50 Å R-free 0.182
7L9L Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to BI2536 提交 2021-01-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 306–416（111 aa）	未记录	R78 4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 5 % v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol	分辨率 1.55 Å R-free 0.178
7LAY Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to SG3-179 提交 2021-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–144（121 aa）	未记录	5W2 4-[[4-[[3-(~{tert}-butylsulfonylamino)-4-chloranyl-phenyl]amino]-5-methyl-pyrimidin-2-yl]amino]-2-fluoranyl-~{N}-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.45 Å R-free 0.188
7LAY Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to SG3-179 提交 2021-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–144（121 aa）	未记录	5W2 4-[[4-[[3-(~{tert}-butylsulfonylamino)-4-chloranyl-phenyl]amino]-5-methyl-pyrimidin-2-yl]amino]-2-fluoranyl-~{N}-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.45 Å R-free 0.188
7LAZ Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–144（121 aa）	未记录	VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4.3 M Sodium chloride	分辨率 2.30 Å R-free 0.240
7LAZ Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–144（121 aa）	未记录	VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4.3 M Sodium chloride	分辨率 2.30 Å R-free 0.240
7LB4 Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to bromosporine 提交 2021-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 306–416（111 aa）	未记录	BMF Bromosporine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 5 % v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
7LB4 Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to bromosporine 提交 2021-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 306–416（111 aa）	未记录	BMF Bromosporine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 5 % v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 306–416（111 aa）	未记录	VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 306–416（111 aa）	未记录	VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 306–416（111 aa）	未记录	VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 306–416（111 aa）	未记录	VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7R8R Physachenolide C with Bromodomain (BRD3-BD1) 提交 2021-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–144（121 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10mM CaCl, 50mM Tris-HCl pH 8.5, 30% w/v PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.235
7RJK Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–144（121 aa）片段：UNP residues 24-144	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.85 Å R-free 0.217
7RJK Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–144（121 aa）片段：UNP residues 24-144	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.85 Å R-free 0.217
7RJL Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with SHMT 提交 2021-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–144（121 aa）片段：UNP residues 24-144	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；35% v/v Tacsimate	分辨率 1.50 Å R-free 0.185
7RJL Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with SHMT 提交 2021-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–144（121 aa）片段：UNP residues 24-144	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；35% v/v Tacsimate	分辨率 1.50 Å R-free 0.185
7RJM Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with ILF3 提交 2021-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–144（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；292 K；25% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M sodium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
7RJM Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with ILF3 提交 2021-07-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–144（121 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；292 K；25% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M sodium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
7RJN Crystal structure of human bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with BCLTF1 提交 2021-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–144（121 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
7RJN Crystal structure of human bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with BCLTF1 提交 2021-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–144（121 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 306–416（111 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 306–416（111 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 306–416（111 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 306–416（111 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 306–416（111 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 306–416（111 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 306–416（111 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 306–416（111 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 306–416（111 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 306–416（111 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 306–416（111 aa）	未记录	8L6 Physachenolide C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7TO7 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 1xAcK.4XE (monoAcK.4xE) 提交 2022-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147) 链 B 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M PCTP, pH 4.0, 25% w/v PEG1500	分辨率 1.93 Å R-free 0.251
7TO7 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 1xAcK.4XE (monoAcK.4xE) 提交 2022-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147) 链 E 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M PCTP, pH 4.0, 25% w/v PEG1500	分辨率 1.93 Å R-free 0.251
7TO8 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 2xAcK.1 (diAcK.1) 提交 2022-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147) 链 B 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MMT, pH 6.0, 25% w/v PEG1500	分辨率 1.50 Å R-free 0.200
7TO9 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 2xAcK.4xE (diAcK.4xE) 提交 2022-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–147（123 aa）链 B 25–147（123 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M sodium chloride, 10% v/v 2-propanol	分辨率 1.60 Å R-free 0.227
7TOA BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 3xAcK.1 (triAcK.1) 提交 2022-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 32–147（116 aa）片段：BD1 (UNP residues 32-147) 链 B 32–147（116 aa）片段：BD1 (UNP residues 32-147)	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% w/v PEG3350	分辨率 1.41 Å R-free 0.196
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 306–416（111 aa）	未记录	N6I (3M)-4-{[(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-hydroxyethyl]amino}-3-[4-methyl-6-(morpholin-4-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]pyridin-2(1H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 306–416（111 aa）	未记录	N6I (3M)-4-{[(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-hydroxyethyl]amino}-3-[4-methyl-6-(morpholin-4-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]pyridin-2(1H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 306–416（111 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 306–416（111 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
8B5A Human BRD3 bromodomain 2 in complex with a H4 peptide containing ApmTri (H4K20ApmTri) 提交 2022-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 307–416（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM potassium sodium tatrate 100 mM sodium citrate pH 5.6 2 M ammonium sulfate	分辨率 1.92 Å R-free 0.250
8CV5 Peptide 4.2B in complex with BRD3.2 提交 2022-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 307–419（113 aa）片段：BD2 (UNP residues 307-419)	未记录	ACE ACETYL GROUP × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium sulfate, 20% w/v PEG3350	分辨率 1.47 Å R-free 0.197
9MPF BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1B 提交 2024-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2, 20 % w/v PEG 1000	分辨率 2.70 Å R-free 0.219
9MPH BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 4.1D 提交 2024-12-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147) 链 D 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M lithium chloride pH 6.8, 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.249
9MPH BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 4.1D 提交 2024-12-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147) 链 C 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M lithium chloride pH 6.8, 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.249
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000	分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000	分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000	分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000	分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000	分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000	分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPM BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-W11A 提交 2024-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
9MPM BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-W11A 提交 2024-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–147（123 aa）片段：BD1 (UNP residues 25-147)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD	分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 25–147（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD	分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 25–147（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD	分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 25–147（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD	分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9NN4 BET BRD3-BD1 in complex with peptide 7.2 提交 2025-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–147（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.0 PEG 8000	分辨率 1.37 Å R-free 0.195
9NN4 BET BRD3-BD1 in complex with peptide 7.2 提交 2025-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–147（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.0 PEG 8000	分辨率 1.37 Å R-free 0.195

共 47 个其他 PDB 条目、98 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRD3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–113； UniProt 306–416 作者链 B； PDB构建体 3–113； UniProt 306–416 作者链 C； PDB构建体 3–113； UniProt 306–416 作者链 D； PDB构建体 3–113； UniProt 306–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5a7c
沉积日期 deposition_date	2015-07-03
结构标题 title	Crystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with compound
关键词 keywords	DNA BINDING PROTEIN, BRD3, BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 3, RING3-LIKE PROTEIN, BRD3 DOMAIN 2; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.48 Å
零角强度 I(0) i0	46345800.00
分子量 molecular_weight	53135.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66541 Å³
包络体积 envelope_volume	82610 Å³
水化壳体积 shell_volume	26389 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.18 Å
包络 Rg envelope_rg	27.52 Å
形状 Rg shape_rg	27.48 Å
总 Rg total_rg	28.10 Å
总原子数 total_atoms	3726
残基数 n_residues	441
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8671
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.477
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.386
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8255000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.869

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3
分子量 formula_weight	13307.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4107

SMGKLSEHLRYCDSILREMLSKKHAAYAWPFYKPVDAEALELHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMDGREYPDAQGFAADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	366

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d5a7ca1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5a7ca2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5a7cb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5a7cc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5a7cd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5a7cA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	5a7cB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	5a7cC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	5a7cD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.365 Å
晶胞边长 b length_b	92.013 Å
晶胞边长 c length_c	64.898 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.2295
R_work r_work	0.2281
R_free r_free	0.2556

fit	/app/data/saxs_computation/a7/5a7c/5a7c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a7/5a7c/5a7c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a7/5a7c/5a7c.dat