SAXSdb — 5a8y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUTROPHIL ELASTASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;METHYL {(7R)-6-CYANO-7-(4-CYANOPHENYL)-5-METHYL-4-[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]-4,7-DIHYDRO[1,2,4]TRIAZOLO[1,5-A]PYRIMIDIN-2-YL}CARBAMATE ; × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 MALONATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELNE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–218； UniProt 30–247

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5a8y
沉积日期 deposition_date	2015-07-17
结构标题 title	Crystal Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor
关键词 keywords	TRYPSIN FAMILY FOLD, PROTEASE, HYDROLASE, HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5a8y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5a8y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5a8y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.46 Å
Rg（电子密度）	16.17 Å
总 Rg	17.26 Å
原子数	1733
残基数	216
排除体积	30747 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5a8y__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NEUTROPHIL ELASTASE
分子量 formula_weight	23319.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.37
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1945

IVGGRRARPHAWPFMVSLQLRGGHFCGATLIAPNFVMSAAHCVANVNVRAVRVVLGAHNLSRREPTRQVFAVQRIFENGYDPVNLLNDIVILQLNGSATINANVQVAQLPAQGRRLGNGVQCLAMGWGLLGRNRGIASVLQELNVTVVTSLCRRSNVCTLVRGRQAGVCFGDSGSPLVCNGLIHGIASFVRGGCASGLYPDAFAPVAQFVNWIDSIIQ

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;METHYL {(7R)-6-CYANO-7-(4-CYANOPHENYL)-5-METHYL-4-[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]-4,7-DIHYDRO[1,2,4]TRIAZOLO[1,5-A]PYRIMIDIN-2-YL}CARBAMATE ;
分子量 formula_weight	479.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	212

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5a8ya_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5a8yA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	5a8yA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	73.025 Å
晶胞边长 b length_b	73.025 Å
晶胞边长 c length_c	69.842 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	36.510 Å
R 因子 r_factor	0.1636
R_work r_work	0.1606
R_free r_free	0.2213

Crystal Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUTROPHIL ELASTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5a8y__assembly_1__model_1

5a8y__assembly_1__model_1 | I(q)

5a8y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUTROPHIL ELASTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5a8y__assembly_1__model_1

5a8y__assembly_1__model_1 | I(q)

5a8y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)