5abz

Complex of the FimH lectin with a C-linked naphtyl alpha-D-mannoside in soaked trigonal crystals at 2.40 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIMH

ESCHERICHIA COLI

UniProt P08191

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–179 片段:LECTIN DOMAIN, UNP RESIDUES 22-179 Z47 (2R,3S,4R,5S,6R)-2-(HYDROXYMETHYL)-6-[3-(NAPHTHALEN-1-YL)PROPYL]OXANE-3,4,5-TRIOL × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.6;PH 8.6 分辨率 2.40 Å R-free 0.206
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 22–179 片段:LECTIN DOMAIN, UNP RESIDUES 22-179 Z47 (2R,3S,4R,5S,6R)-2-(HYDROXYMETHYL)-6-[3-(NAPHTHALEN-1-YL)PROPYL]OXANE-3,4,5-TRIOL × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.6;PH 8.6 分辨率 2.40 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 57 个其他 PDB 条目、137 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMH_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–158; UniProt 22–179 作者链 B; PDB构建体 1–158; UniProt 22–179

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5abz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5abz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5abz
沉积日期 deposition_date2015-08-10
结构标题 titleComplex of the FimH lectin with a C-linked naphtyl alpha-D-mannoside in soaked trigonal crystals at 2.40 A resolution
关键词 keywordsCELL ADHESION, BACTERIAL ADHESIN, TYPE 1 FIMBRIAE, URINARY TRACT INFECTION, VARIABLE IMMUNOGLOBULIN FOLD; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.18
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.14
零角强度 I(0) i019867200.00
分子量 molecular_weight34596.0 kDa
排除体积 excluded_volume43511 ų
包络体积 envelope_volume49916 ų
水化壳体积 shell_volume20242 ų
包络直径 envelope_diameter67.9
壳层 Rg shell_rg27.07
包络 Rg envelope_rg21.20
形状 Rg shape_rg21.13
总 Rg total_rg21.96
总原子数 total_atoms4818
残基数 n_residues316
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.7
Rg (实空间) rg_real22.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real1.9870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19870000.0000
解质量估计 total_estimate0.9150
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.3
偏度 Skewness skewness0.097
峰度 Kurtosis kurtosis-0.699
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3797000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5abza_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits
结构域编号 domain_idd5abzb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5abzA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id5abzB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)