SAXSdb — 5ag8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GINGIPAIN R2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 577–736	片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：30% PEG 4000, 0.2M (NH4)2SO4, 10% PEG 300	分辨率 1.90 Å R-free 0.202
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 577–736	片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：30% PEG 4000, 0.2M (NH4)2SO4, 10% PEG 300	分辨率 1.90 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5AG8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CVR Crystal structure of the Arg specific cysteine proteinase gingipain R (RGPB) 提交 1999-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–664（435 aa）	未记录	H37 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-phenylalaninamide × 1 CA CALCIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；15 % PEG 8000 100 MM ZINC ACETATE 100 MM SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.207
4IEF Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains 提交 2012-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–229（205 aa）链 B 230–662（433 aa）片段：UNP residues 230-662	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
4IEF Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains 提交 2012-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 25–229（205 aa）链 D 230–662（433 aa）片段：UNP residues 230-662	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
4IEF Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains 提交 2012-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 25–229（205 aa）链 F 230–662（433 aa）片段：UNP residues 230-662	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
4IEF Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains 提交 2012-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 25–229（205 aa）链 H 230–662（433 aa）片段：UNP residues 230-662	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
5AG9 CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665sXa) C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB 提交 2015-01-29	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 577–736（160 aa）片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 30% PEG 4000,0.2 M (NH4)2SO4	分辨率 2.11 Å R-free 0.254
5AG9 CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665sXa) C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB 提交 2015-01-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 577–736（160 aa）片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 30% PEG 4000,0.2 M (NH4)2SO4	分辨率 2.11 Å R-free 0.254
5HFS CRYSTAL STRUCTURE OF C-TERMINAL DOMAIN OF CARGO PROTEINS OF TYPE IX SECRETION SYSTEM 提交 2016-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 665–736（72 aa）链 B 665–736（72 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277 K；PEG 3350, Lithium sulphate, Bis Tris	分辨率 1.97 Å R-free 0.247

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPG2_PORGI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–168； UniProt 577–736 作者链 B； PDB构建体 3–168； UniProt 577–736

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ag8
沉积日期 deposition_date	2015-01-29
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665I6H) OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB
关键词 keywords	HYDROLASE, TYPE IX SECRETION SYSTEM; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.59 Å
零角强度 I(0) i0	18359000.00
分子量 molecular_weight	32183.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40286 Å³
包络体积 envelope_volume	53437 Å³
水化壳体积 shell_volume	19064 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.8 Å
壳层 Rg shell_rg	29.96 Å
包络 Rg envelope_rg	26.74 Å
形状 Rg shape_rg	26.57 Å
总 Rg total_rg	27.08 Å
总原子数 total_atoms	2245
残基数 n_residues	298
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.5 Å
Rg (实空间) rg_real	27.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7828
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.610
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.235
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3613000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.647; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.345; Smooth: 0.888

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GINGIPAIN R2
分子量 formula_weight	17876.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.37
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2479

GPTLVPTKMQVTAPANISASAQTFEVACDYNGAIATLSDDGDMVGTAIVKDGKAIIKLNESIADETNLTLTVVGYNKVTVIKDVKVEGTSHHHHHHIADVANDKPYTVAVSGKTITVESPAAGLTIFDMNGRRVATAKNRMVFEAQNGVYAVRIATEGKTYTEKVIVK

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	234

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5ag8A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ag8B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.470 Å
晶胞边长 b length_b	61.740 Å
晶胞边长 c length_c	55.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	48.920 Å
R 因子 r_factor	0.1623
R_work r_work	0.1609
R_free r_free	0.2025

fit	/app/data/saxs_computation/ag/5ag8/5ag8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ag/5ag8/5ag8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ag/5ag8/5ag8.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665I6H) OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GINGIPAIN R2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction