SAXSdb — 5aj2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NLR FAMILY CARD DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–355 链 B； UniProt 356–580 链 C； UniProt 580–1024	片段：RESIDUES 1-355 片段：RESIDUES 356-580 片段：RESIDUES 580-1024	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：100 MM NACL, 20 MM HEPES, 2MM BENZAMIDIN, 2MM DTT；pH 7.5；100 MM NACL, 20 MM HEPES, 2MM BENZAMIDIN, 2MM DTT cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- LEICA EM GP, METHOD- 3 SECONDS BLOTTING,	分辨率 40.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5AJ2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JBL Cryo-EM Structure of the Activated NAIP2/NLRC4 Inflammasome Reveals Nucleated Polymerization 提交 2015-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 93–1024（932 aa）片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 链 B 93–1024（932 aa）片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 链 C 93–1024（932 aa）片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 链 D 93–1024（932 aa）片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 链 E 93–1024（932 aa）片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 链 F 93–1024（932 aa）片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 链 G 93–1024（932 aa）片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 链 H 93–1024（932 aa）片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 链 I 93–1024（932 aa）片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 链 J 93–1024（932 aa）片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 链 K 93–1024（932 aa）片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT；pH 8；25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 Blot for one second before plunging；103 K；冷冻剂 ETHANE；Blotted for one second before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 4.70 Å R-free 0.383
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1024（1024 aa）链 F 1–1024（1024 aa）链 H 1–1024（1024 aa）链 L 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–1024（1024 aa）链 N 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 L 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 N 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 1–1024（1024 aa）链 P 1–1024（1024 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
6B5B Cryo-EM structure of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome 提交 2017-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1024（1024 aa）链 C 1–1024（1024 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.20 Å

共 3 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NLRC4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355 作者链 B； PDB构建体 1–225； UniProt 356–580 作者链 C； PDB构建体 1–445； UniProt 580–1024

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5aj2
沉积日期 deposition_date	2015-02-20
结构标题 title	Cryo electron tomography of the Naip5-Nlrc4 inflammasome
关键词 keywords	APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.53 Å
零角强度 I(0) i0	151487000.00
分子量 molecular_weight	102880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126790 Å³
包络体积 envelope_volume	114480 Å³
水化壳体积 shell_volume	28243 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.2 Å
壳层 Rg shell_rg	39.06 Å
包络 Rg envelope_rg	35.55 Å
形状 Rg shape_rg	37.63 Å
总 Rg total_rg	37.61 Å
总原子数 total_atoms	1
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.5 Å
Rg (实空间) rg_real	37.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	151500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6239
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.403
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.714
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	12220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.080; Positv: 1.000; Valcen: 0.852; Smooth: 0.537

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NLR FAMILY CARD DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
分子量 formula_weight	40914.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	904

MNFIRNNRRALIQRMGLTVTKQICDDLFALNVLNNQEANVIYCEPLEQEAARKIIHMTMQKGSAACNLFLKSLENWDYFVYQDLTGQNLSYQVTEEDLNVLAQNLKDLYNSPAFLNFYPLGEDIDIIFNLEKTFTEPIMWKKDHRHHRVEQLTLGSLLEALKSPCLIEGESGKGKSTLLQRIAMLWASGGCRALKGFRLVFFIHLRSARGGLFETLYDQLLNIPDFISKPTFKALLLKLHKEVLFLLDGYNEFHPQNCPEIEALIKENHRFKNMVIVTTTTECLRHIRHVGALTAEVGDMTEDSAKDLIEAVLVPDQVERLWAQIQESRCLRNLMKTPLFVVITCAIQMGRQEFQ

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NLR FAMILY CARD DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
分子量 formula_weight	25524.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AHTQTMLFQTFYDLLIQKNSHRYRGGASGDFARSLDYCGDLALEGVFAHKFDFEPEHGSSMNEDVLVTIGLLCKYTAQRLKPTYKFFHKSFQEYTAGRRLSSLLTSKEPEEVSKGNSYLNKMVSISDITSLYGNLLLYTCGSSTEATRAVMRHLAMVYQHGSLQGLSVTKRPLWRQESIQSLRNTTEQDVLKAINVNSFVECGINLFSESMSKSDLSQEFEAFFQ

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NLR FAMILY CARD DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
分子量 formula_weight	50611.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QGKSLYINSENIPDYLFDFFEYLPNCASALDFVKLDFYERATESQDKAEENVPGVHTEGPSETYIPPRAVSLFFNWKQEFKTLEVTLRDINKLNKQDIKYLGKIFSSATNLRLHIKRCAAMAGRLSSVLRTCKNMHTLMVEASPLTTDDEQYITSVTGLQNLSIHRLHTQQLPGGLIDSLGNLKNLERLILDDIRMNEEDAKNLAEGLRSLKKMRLLHLTHLSDIGEGMDYIVKSLSEESCDLQEMKLVACCLTANSVKVLAQNLHNLIKLSILDISENYLEKDGNEALQELIGRLGVLGELTTLMLPWCWDVHTSLPKLLKQLEGTPGLAKLGLKNWRLRDEEIKSLGEFLEMNPLRDLQQLDLAGHCVSSDGWLYFMNVFENLKQLVFFDFSTEEFLPDAALVRKLSQVLSKLTLLQEVKLTGWEFDDYDISAIKGTFKLVTA

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	40.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	40.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	CROSS-COMMON LINES
颗粒数 num_particles	50

fit	/app/data/saxs_computation/aj/5aj2/5aj2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aj/5aj2/5aj2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aj/5aj2/5aj2.dat

Cryo electron tomography of the Naip5-Nlrc4 inflammasome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NLR FAMILY CARD DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)