5ajd

Not1 C-terminal domain in complex with Not4

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CDC39P

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4 × 1 （P34909）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4 × 1 （P34909）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4 × 1 （P34909）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4 × 1 （P34909）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4 × 1 （P34909）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4 × 1 （P34909）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	N1P976_YEASC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–556； UniProt 1542–2094 作者链 C； PDB构建体 4–556； UniProt 1542–2094 作者链 E； PDB构建体 4–556； UniProt 1542–2094 作者链 G； PDB构建体 4–556； UniProt 1542–2094 作者链 I； PDB构建体 4–556； UniProt 1542–2094 作者链 K； PDB构建体 4–556； UniProt 1542–2094

GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt P34909

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CDC39P × 1 （N1P976）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CDC39P × 1 （N1P976）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CDC39P × 1 （N1P976）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CDC39P × 1 （N1P976）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CDC39P × 1 （N1P976）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CDC39P × 1 （N1P976）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOT4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–65； UniProt 418–477 作者链 D； PDB构建体 6–65； UniProt 418–477 作者链 F； PDB构建体 6–65； UniProt 418–477 作者链 H； PDB构建体 6–65； UniProt 418–477 作者链 J； PDB构建体 6–65； UniProt 418–477 作者链 L； PDB构建体 6–65； UniProt 418–477

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ajd
沉积日期 deposition_date	2015-02-23
结构标题 title	Not1 C-terminal domain in complex with Not4
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, CCR4-NOT, NOT1, NOT4; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ajd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ajd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ajd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.82 Å
Rg（电子密度）	28.90 Å
总 Rg	29.52 Å
原子数	8053
残基数	539
排除体积	74636 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ajd__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ajd__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5ajd__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5ajd__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5ajd__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5ajd__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CDC39P
分子量 formula_weight	64811.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	47509

RSMEDENVKKFIKEFEDTKIMPVRKGTKTTRTEKFYLVFTEWVKLLQRVENNDVITTVFIKQLVEKGVISDTDNLLTFVKSSLELSVSSFKESDPTDEVFIAIDALGSLIIKLLILQDFKDDTRRDYINAIFSVIVLVFAKDHSQEGTTFNERPYFRLFSNILYEWATIRTHNFVRISDSSTRQELIEFDSVFYNTFSGYLHALQPFAFPGFSFAWVTLLSHRMLLPIMLRLPNKIGWEKLMLLIIDLFKFLDQYTSKHAVSDAVSVVYKGTLRIILGISNDMPSFLIENHYELMNNLPPTYFQLKNVILSAIPKNMTVPNPYDVDLNMEDIPACKELPEVFFDPVIDLHSLKKPVDNYLRIPSNSLLRTILSAIYKDTYDIKKGVGYDFLSVDSKLIRAIVLHVGIEAGIEYKRTSSNAVFNTKSSYYTLLFNLIQNGSIEMKYQIILSIVEQLRYPNIHTYWFSFVLMNMFKSDEWNDQKLEVQEIILRNFLKRIIVNKPHTWGVSVFFTQLINNNDINLLDLPFVQSVPEIKLILQQLVKYSKKYTTSEQDDQ

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	889517
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4
分子量 formula_weight	7434.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

GPDSMDPYDALGNAVDFLDARLHSLSNYQKRPISIKSNIIDEETYKKYPSLFSWDKIEASKKSDN

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	5ajdA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 —

结构域编号 domain_id	5ajdA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 —

结构域编号 domain_id	5ajdC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 —

结构域编号 domain_id	5ajdC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 —

结构域编号 domain_id	5ajdE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 —

结构域编号 domain_id	5ajdE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 —

结构域编号 domain_id	5ajdG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 —

结构域编号 domain_id	5ajdG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 —

结构域编号 domain_id	5ajdI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 —

结构域编号 domain_id	5ajdI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 —

结构域编号 domain_id	5ajdK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 —

结构域编号 domain_id	5ajdK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 —

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晶胞边长 a length_a	173.658 Å
晶胞边长 b length_b	173.658 Å
晶胞边长 c length_c	262.612 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.620 Å
最低分辨率 resolution_low	75.655 Å
R 因子 r_factor	0.2688
R_work r_work	0.2662
R_free r_free	0.3187

Not1 C-terminal domain in complex with Not4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CDC39P

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ajd__assembly_1__model_1

5ajd__assembly_1__model_1 | I(q)

5ajd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Not1 C-terminal domain in complex with Not4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CDC39P

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ajd__assembly_1__model_1

5ajd__assembly_1__model_1 | I(q)

5ajd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)